1972年夏，美國海軍對古巴發動了猛烈的進攻。盡管遇到了蘇軍巨型烏賊（mindcontrolledsquids）的阻撓，美國還是成功地封鎖了該島。在盟軍部署超時空部隊（Chronosphereforces）時，羅曼洛夫下令發射部署在古巴的核導彈。但是美國艦隊很快摧毀了導彈發射臺，而且所有的超時空進攻的準備都已就緒。
7月4日，盟軍從蘇軍手中收復並占領了墨西哥全境。盡管已經全力反擊盟軍的進攻，但鮑裏斯和其余的蘇軍士兵只得撤離，並試圖與維拉蒂摩的艦隊會合，但艦隊根本沒有前來支援墨西哥。同時，美國將他的大部分部隊部署在佛羅裏達準備對莫斯科的最終壹擊。為了避免消耗壹兵壹卒，杜根總統選擇了封鎖古巴而不是拿下它。
在卡維爾將軍的葬禮之後，杜根總統下令對莫斯科的總攻開始。盟軍首先攻擊了城外的壹個戰俘營，在冰雪覆蓋的莫斯科站住了腳][2]。頂著蘇軍猛烈的反撲，美軍迅速在戰俘營部署好了它的部隊。愛因斯坦和其他科學家壹起部署了天氣控制裝置（theWeatherControlDevice），以對抗蘇軍的核威脅。天氣控制器能在短時間內在壹片地區內制造猛烈的閃電風暴。光棱坦克（Prismtanks）以遠程光束攻擊核武器發射臺，盟軍的戰鬥機則對蘇軍坦克群展開不間斷空襲。在先進的光棱坦克面前，老舊的磁暴坦克完全不是對手。最艱難的戰鬥發生在殲滅羅曼洛夫的黑色精英衛隊時。裝備有可以將任何物體從歷史上抹去的武器的超時空軍團的士兵（Chronolegionnaires）承擔了這項任務[3]。當防守部隊被最終殲滅時，譚雅和她的攻擊小隊通過空間轉移到達克裏姆林宮。1972年7月31日，譚雅和她的小隊進入克裏姆林宮搜索羅曼洛夫。在羅曼洛夫的辦公室，他們發現Yershenko正無助地試圖喬裝打扮成羅曼洛夫。把他修理壹番後，譚雅搜索了整個屋子，發現了在桌子底下縮成壹團的羅曼洛夫。
抓住羅曼洛夫之後，盟軍在倫敦迫使他簽訂了和平條約。在找到更合適的地方之前，羅曼洛夫被囚禁在倫敦塔中。膽小鬼Yershenko招認了他所知的壹切以求從輕處罰。在發表勝利演說後不久，杜根總統發布了9A66號行政令。愛因斯坦教授被委托研究精神部隊的科技並協助抓捕尤裏。譚雅和伊娃中尉也被派往舊金山執行這壹任務。舊金山是戰爭中精神部隊的第壹個目標。
大部分美國部隊占領著莫斯科。維拉蒂摩艦隊的殘部被下令駛往舊金山向美軍投降，全世界的蘇軍被要求放下武器，停止抵抗。
再也不會有自由的意誌，只有我的意誌。”——尤裏
為搜捕尤裏而組建的先遣隊剛剛在舊金山集合，愛因斯坦突然發現從惡魔島（AlcatrazIsland）上傳來了奇怪的波動。杜根總統和他的顧問們立刻召開了壹次緊急會議，由伊娃中尉向他簡要地匯報情況。她剛說完，尤裏幹擾了通訊，出現在與會者面前的屏幕上。尤裏要求美國和盟軍方面向他投降。尤裏解釋說惡魔島上的裝置是他最新的心靈控制科技的產物——心靈控制器（PsychicDominator）。杜根總統停了壹下，對尤裏說可以讓他做俄羅斯的新的領導人，此時他的將軍們正在準備對心靈控制器發動空襲。尤裏看穿了杜根的計策，回答說：“總統先生，如果我能控制整個世界的話，我為什麽要只滿足於掌握壹個國家呢？”接著尤裏切斷了通信，開始準備啟動心靈控制器。杜根總統下令立即發動空襲。
等盟軍的鷂式飛機接近惡魔島的時候，尤裏的精神部隊早已部署好了防空火力。尤裏軍新兵（Yuri'sInitiates）們拼命地對空射擊。蓋特炮（GattlingCannons）防空火力及其優秀，擊落了多架飛機。幸運的是，其中壹架飛機墜落時損壞了為心靈控制器供電的核能反應堆，使心靈控制器失效了.
尤裏對這壹個心靈控制器的失效毫不在意，他隨即啟動了設在世界各地的其他的心靈控制器，使世界上大多數人們成為沒有思想的尤裏的奴仆。和第壹代的心靈信標和心靈控制增幅器所使用的科技不同，心靈控制器使用的是壹種嚴格的心靈控制。第壹代心靈控制器是使目標興高采烈而變得易於說服，而第二代科技則是把目標變成沒有思想的奴隸。
正當盟軍的先遣隊在舊金山艱難抵抗尤裏軍的壹波又壹波的進攻時，愛因斯坦提出了壹個大膽的計劃。為了防止這場災難，他改裝了壹臺空間轉移發生器使之成為了壹臺時間機器。不過此時時間機器和整個舊金山市區都處於電力中斷的狀態，盟軍和尤裏都在試圖控制市內的發電站。盟軍最近部署的重裝大兵（GuardianGIs）消滅了精神部隊的坦克，與此同時盟軍的工程師在城內尋找可用的發電站。就在尤裏的工程師重新開啟心靈控制器，並馬上就要啟動它來控制盟軍時，時間機器及時啟動了，盟軍回到了過去。據說在盟軍和尤裏打的熱火朝天時，維拉蒂摩的先遣隊也到達舊金山灣，並且偷乘時間機器希望能同時改變戰爭的結果。愛因斯坦令人吃驚地選擇留下來，留在原來的時間線繼續他的使命。
到達的時間是蘇軍剛剛向內陸推進時的1971年春。譚雅溜過城中少量的蘇聯守軍後將惡魔島上正在建設中的心靈控制器摧毀。
意識到情況緊急，特別任務分隊向索恩?卡維爾將軍匯報了未來的情況。卡維爾將軍立刻同意幫助他們，以防止蘇聯和尤裏帶來的更多災難。同時，盟軍將未來會出現的心靈控制災難通知了在德國的愛因斯坦。
解放在精神部隊控制下的西海岸地區現在成了盟軍的首要任務。尤裏利用好萊塢的市民們作為壹種資源。他將他們心靈控制，讓他們走進城市各處的研磨機（Grinders）裏。其他市民則自願進入生物發電站（BioReactors）。這種發電站利用人體的生物電荷來提高輸出。在尤裏軍士兵的監視下，那些天生對心靈控制免疫的市民則被命令去采礦。卡維爾將軍將新的戰鬥要塞（Battlefortress）的原型機從主要的戰事中抽調出來以援助特別任務分隊。機器人坦克也在對蘇聯戰爭的末期開發出來，他們是完全對心靈控制免疫的。在戰鬥中，好萊塢明星FlintWestwood、ArnieFrankenfurter和SammyStallion幫助了盟軍，收到了出乎意料的好效果。
緊接著的戰鬥發生在西雅圖。由於受到核武器摧毀城市的威脅，Bing總裁和他的巨軟公司（MassivesoftCorporation）被迫為心靈控制器編寫控制軟件[1]。在這場超級武器的對抗中，壹臺天氣控制器被用來對抗尤裏的核武器。不過尤裏搶先發射了壹枚短程核導彈摧毀了給天氣控制器供電的發電站而得了先手。盟軍迅速在整個城市與尤裏展開巷戰。英國狙擊手和尤裏的病毒狙擊手（Viruses）在城中貓捉耗子似的生死相鬥。最終，盟軍利用西雅圖電視塔（theSpaceNeedle）來開拓視野，並重新啟動了天氣控制器切斷了核武器發射井的電力。先遣隊解放了巨軟工業園，並摧毀了核武器發射井。
在未通知羅曼洛夫的情況下，尤裏的軍隊綁架了愛因斯坦，強迫他在埃及幫助建立壹座心靈控制器[2]。由於愛因斯坦對心靈控制免疫，所以他實在強迫下幫助完成了那臺心靈控制器。譚雅和德**隊壹起開赴埃及解救愛因斯坦博士。由於受過訓練，譚雅現在也對心靈控制免疫。她溜過幾座心靈控制塔（thePsychicTowers）和壹些尤裏軍士兵找到並解救了愛因斯坦。愛因斯坦告訴她，在建設心靈控制器時他動了壹些手腳，所以現在盟軍可以短時間利用它，不久之後它將自毀。盟軍於是用這臺心靈控制器對付尤裏，擊潰了埃及境內的所有尤裏的精神部隊。雖然卡維爾將軍百般懇求，愛因斯坦還是回到了她在黑森林的實驗室繼續研究時空轉移發生器。
利比亞和伊拉克對盟軍在聖路易斯的勝利和即將展開的對墨西哥的進攻很是關註，要求羅曼洛夫與其他的WSA領導人進行面對面會談。在離開莫斯科前，羅曼洛夫簽署了命令，要求在古巴訓練的恐怖分子開始進攻美國。
在澳大利亞悉尼記錄到了奇怪的信號。在那裏發現了尤裏的主要的克隆設施。在心靈控制器的部署受到顯著的延遲後，尤裏的新計劃是用克隆體代替各盟國的領導人。尤裏希望借此控制那些國家，不是用心靈控制，而是組建傀儡政權。特別任務分隊抵達悉尼開始了與尤裏的激戰。從珍珠港來的盟軍海軍艦隊幫助攻擊尤裏的雷鳴潛艇（BoomerSubmarines）。韓國也派出了黑鷹戰鬥機（BlackEagle）編隊空襲了尤裏在悉尼港中的潛艇生產設施。盟軍占領了整個城市，摧毀了尤裏的克隆設施和克隆士兵。
在悉尼激戰的同時，蘇聯的坦克師向愛因斯坦的黑森林實驗室進發。當羅曼洛夫從與WSA的會議返回時，他的專機在摩洛哥上空被擊落。利比亞和伊拉克立刻出兵救援羅曼洛夫，並且發現是精神部隊擊落了羅曼洛夫的專機。回到莫斯科，羅曼洛夫發現尤裏已經不知去向，於是大發雷霆。
蘇聯最近派往墨西哥的補給運輸艦隊都神秘地消失了，羅曼洛夫命令維拉蒂摩率領他的艦隊前去調查。在珍珠港遭遇失敗後，維拉蒂摩的艦隊又得到了重建。本來他們是要被派往支援墨西哥駐軍的。得到了羅曼洛夫的命令後，他們立即出發，在太平洋上發現了壹個以前未發現的小島，上面建立著壹個精神軍隊的基地[3]。本來用於支援墨西哥的絕望的守軍的蘇聯新式的火炮直升機（SiegeChoppers）被用於炮轟尤裏的基地。這種直升機在展開後便成為壹門155毫米火炮。維拉蒂摩的艦隊懷著極大的仇恨猛攻尤裏的精神部隊。精神部隊完全沒有預料到會遭到如此猛烈的打擊，尤裏剩余的雷鳴潛艇也被蘇聯艦隊悉數擊沈。蘇軍搜索了整個島嶼，發現了壹個火箭發射臺，和壹枚準備就緒飛往月球的火箭。
蘇聯的工程師們乘坐那枚火箭飛抵月球。在那裏他們發現了壹個精神部隊的基地。他們發現早在剛開始部署心靈控制器的攻擊時尤裏就計劃逃到月球，因為甚至他自己也不知道巨大的心靈能量波橫掃地球將帶來什麽後果。利用在那個太平洋小島找到的激光武器，蘇軍蕩平了尤裏的月球基地，隨後把自己的國旗插在了尤裏基地的廢墟上。蘇聯由此成為了世界上第二個把人送上月球的國家。與此同時，不顧他的眾多顧問的反對，羅曼洛夫並沒有讓他的部隊退回蘇聯境內，而是讓從黑森林進攻撤回的部隊轉向攻擊特蘭西瓦尼亞的尤裏的家鄉。
由於維拉蒂摩的艦隊和許諾要運來的火炮直升機遲遲不到，蘇軍在墨西哥的守軍最終潰敗。美國在1972年7月4日占領了墨西哥。
從莫斯科逃出來後，尤裏就呆在特蘭西瓦尼亞。當他聽說月球基地被摧毀的消息後甚至比得知蘇軍向特蘭西瓦尼亞進攻更驚訝。雖然尤裏建立了良好的防禦，並且用心靈信標控制了壹個盟軍和壹個蘇軍的要塞，進攻的蘇軍還是摧毀了兩個心靈信標，開始攻擊尤裏位於山頂的城堡。尤裏只得率領剩下的精神部隊逃離。
羅曼洛夫確信他已經在對尤裏的戰爭中取得了勝利，於是準備壹勞永逸地把盟軍處理掉。仍然留在莫斯科的精神部隊壹再向羅曼洛夫重申他們是忠於國家的，並且不停地在準備防禦，防備即將進攻的盟軍。羅曼洛夫命令維拉蒂摩的艦隊重新開始對美國大陸的進攻，並召開了與他的顧問們的會議。雖然古巴已經被美軍封鎖，但羅曼洛夫依然很有信心。但是，正當它在視察克裏姆林宮外重建的鐵幕時，他聽見從莫斯科城外的盟軍戰俘營中傳來了槍炮聲……
1972年8月初，針對卡維爾將軍的暗殺被挫敗[4]。不過為了保密他和他最信任的幾個顧問到壹個秘密基地繼續指揮特別任務分隊。因為背叛了蘇聯，尤裏並不知道和平條約將在哪裏簽署。於是他命令精神部隊闖入了伊娃中尉的指揮系統，暫時控制了伊娃中尉，獲得了和約即將在倫敦簽訂的情報。
卡維爾將軍立即出動了他手頭的所有部隊到倫敦建立起了防禦。當杜根總統、羅曼洛夫總理和其他盟軍領導人在英國國會內會面的時候，尤裏出動了他所有的歐洲軍隊攻擊國會，試圖俘虜那些領導人或者將他們精神控制。雖然尤裏出動了飛碟（FlyingSaucers）和心靈控制坦克（MastermindTanks），但尤裏軍隊很快就發現他們遠不是久經戰火考驗的盟軍的對手。和平條約得以順利地簽署，對抗尤裏的新的聯盟形成了。蘇聯軍隊加入了戰鬥，迅速摧毀了尤裏在倫敦的基地。
無路可逃的尤裏退回了他在南極大陸的基地。心靈控制器的力量比原先那條時間線的削弱很多，全世界都在追捕尤裏。尤裏集合了他所有的剩余部隊，準備在南極基地決壹死戰。
伊娃中尉認為她背叛了自己的職責，於是遞交了辭職申請。卡維爾將軍平靜地拒絕了。他說，她不是唯壹被那個瘋子扭曲精神的軍官，勸說伊娃中尉繼續她的工作。伊娃中尉對尤裏最近的通信信號進行了三角計算，得出了尤裏南極基地的位置。
盟軍被部署到蘇軍在火地島的壹個舊基地，隨即用位於佛羅裏達的空間轉移發生器將軍隊轉移至南極大陸。盟軍和尤裏的部隊在南極廣闊的冰原上展開激烈戰鬥。尤裏試圖用基因突變武器（GeneticMutator）將盟軍士兵變成野蠻人（Brutes），但依然被盟軍和蘇軍的聯合科技打得大敗。他的基地被摧毀，心靈控制器成了壹堆廢墟，大部分軍隊都被消滅，他自己也成了盟軍的俘虜。
尤裏被囚禁在了由愛因斯坦特別設計的精神隔離監獄（PsychicIsolationChamber）裏，從此他的精神能力再也沒有用了。但是又壹次，改變的歷史總有它的結果，卡維爾將軍還活著，時間線開始改變自己……
杜根總統被伊娃中尉通知來開壹個緊急會議。然而，這壹次的消息並不是尤裏在威脅世界，而是卡維爾將軍表示自己還活著。杜根總統很迷惑，但依然很高興。接著卡維爾將軍講述了壹個包括時間旅行、基因和空間轉移的迷人故事。
羅曼洛夫依然被囚禁在倫敦塔，尤裏被關押在壹個秘密的地方.民主和和平的時代來臨了。戰爭結束了……或者，真的結束了嗎？