第壹章：窮路末路
支線情節：
（1）大寨內師兄鐘洪需要額外的木板，和馬由、裘蒙談話後可以得到。
（2）與曹秀、陶孟、劉少、朝富對話，猜誰跑得快（隨機）。
（3）乃風師姐要求捕捉六只大寨內的野狗。
（4）憶凡師姐要求準確排列詩句，必須與大寨內幾乎所有人對話後才觸發。
（5）幫小桃問鐘洪要割傷藥，完成鐘洪任務後才能觸發。
主線：
下了無名丘返回墨家大寨，逐壹與同門交談能完成很多支線情節。水鏡得知墨家昔日機關技術冠絕天下，即使是暴秦用以掃平六國、橫行天下的機關部隊“踏弩”和“巨雷”，與墨家科技最盛之時相比也是天差地別。墨家創始人墨子擔憂被壞人濫用機關術，便禁止此技術的使用和推廣，致使墨家機關技術逐漸失傳。加上墨家壹向提倡“兼愛”、“非攻”，因此即便是如今面臨存亡絕續的緊要關頭，夫人仍不願意使用機關術，甚至不肯公開機關術在墨家實際的存在。墨家上下在人心惶惶的同時，普遍存在著對夫人紋錦的猜疑，水鏡自己也在為此感到迷惑，在主廳背面與屈嫻談話，對於夫人在如此情勢下仍不願意動用機關術大為不解，現在墨家大寨整日奔忙於修繕和移防，墨門隨時都可能大廈將傾，而眾人的血肉之軀又如何能和暴秦的機關獸對抗？
水鏡和屈嫻進入主廳，知道夫人主持完修繕工作正在休息，水鏡執意要即刻晉見。在二樓將形勢告知夫人紋錦，水鏡忍不住又提起墨家機關技術壹事，卻被紋錦以沈默相對，神色之間頗為猶豫，屈嫻連忙拉走了水鏡。晚上水鏡想起日間紋錦的奇怪神色，不禁越發生疑，她決定再次晉見紋錦，問個明白。紋錦告訴水鏡，墨家的機關術當年的確無人能及，但因恐為惡人用以為禍天下，故墨子禁止本門弟子使用和鉆研，以致於失傳。而身為趙國遺民的水鏡除感激墨家收養之恩外，更願意為墨家興衰出力，紋錦便讓水鏡到大寨西南方的潛元洞去取自己密藏的壹份200年前遺留下來的竹簡，裏面記錄了機關技術的奧妙。
於是水鏡連夜前往潛元洞，壹路殺進去拿到竹簡，壹直尾隨觀察其表現的紋錦現身，對她的表現十分滿意。回到大寨後，紋錦即將竹簡授予水鏡，並告訴她此物是其夫君所留，裏面記載了墨家研究魯班機關術的精華所在，還集兵法、思想於其中。她令水鏡好好研究其中奧妙，萬壹墨家不幸滅亡而暴秦無道，水鏡可將竹簡中的奇術擇人傳授，以推翻秦朝，復興天下。
壹覺醒來，水鏡得知田閔已被救回，但代價慘重--姬伯常重傷昏迷，季子耕陣亡，眾弟子聞知都傷痛不已，對水鏡的沖動頗有微辭。屈嫻等人被紋錦召去執行神秘任務，水鏡則協助墨家大寨移防，為躲避秦軍四處流浪。這日和師妹虞紫談起眼前形勢，水鏡想拿出竹簡研究，卻不認識上面的奇怪文字，虞紫說淳於醫官識得多國文字，不如向他求教。來到醫館，淳於醫官辨出簡上文字乃是300年前的晉文，晉國後來分成魏、韓、趙3國，而夫人紋錦的夫君以前正是晉國人。同時他告訴水鏡，由於秦始皇醉心於仙術，正在東遊尋求長生之法，屈嫻等人正是奉夫人之命，在其東遊途中等待機會，伺機行刺。水鏡決定按醫官指點，偷偷前往洛陽尋找能解讀竹簡之人，順便找機會協助屈嫻刺殺秦皇。
從虞紫處得到外出的令牌，離開墨家大寨來到博浪沙前段（地圖右方）。在主道邊的山坡上發現制造精巧的投石機，本以為是同門準備行刺秦王，誰知不久卻看到壹位年輕公子和壹名力士隨從出現，在調試好投石機後秦皇車隊出現，力士隨即發射巨石刺殺秦皇。想不到車中出現壹紫面老者，揮手間便將空中砸下的巨石炸成碎片！震驚之下山上眾人紛紛遁逃，水鏡在博浪沙後段遇到了被追兵截住的年輕公子和秦兵中的傻瓜“砍頭三人組”，水鏡除掉他們救下年輕公子後，眼見追兵趕到自己卻體力難支。這時屈嫻等墨家同門出現，解決追兵將兩人帶回墨家大寨。墨家弟子中行憲、禽兌等人力主因水鏡破壞行刺計劃而將她治罪，公子表明身份，自言名叫姬良，乃是韓國後裔，韓亡國前受封於張邑，日間博浪沙刺秦事件是他自己壹手策劃，因為神秘方士赤松子出手護駕，才徒勞無功。紋錦得知赤松子暗中跟隨秦皇，在此情況下墨家子弟能全身而退實是天大僥幸，便不再責怪水鏡。
第二章：柳暗花明
支線情節：
（1）天書功能開啟後，玩家可在天書中建造可居住房屋，並收服妖怪成為天書世界的居民。還可以建造各種用途的廠房，將居民放置於內。在遊戲過程中可拾到或買到金屬、木材、煤炭3種資源，與妖怪戰鬥勝利可獲得金錢。合理分配這4種資源，可建造不同用途的房屋並煉化各種武器、防具、藥品、法寶。詳見“天書說明”。
（2）回答鬼魂呂凱的問題，可向鬼魂商人購買物品。
（3）與廣小懿談愛情觀（並無後續劇情）。
（4）幫助黃榮找到其子小強（蟑螂？），事後在鹹陽集市會再次遇到黃榮，得到蜂王露和天地符紙。
（5）判斷諸子百家誰的問題正確，在墨家處可得到元氣妙丹（防永久+10），儒家得舍利子（仙防永久+10），道家得到詳慧之書（仙攻永久+10），法家得到活靈芝（攻永久+10）。
（6）在凱叔處可高價買到封印之蛋1個。
（7）聆聽祖師爺的“教誨”，可得還靈丹。
（8）在驛館可和周員外賭錢9次（可以壹直按Ctrl鍵），最多可贏4500錢。
（9）在驛館二樓幫嘉嘉父母尋找偷跑出去玩的嘉嘉，得到指向傀儡，之後回到找到嘉嘉處和仔仔對話，得到神秘果。
（10）在驛館旁幫鬼物主人驅鬼，如選擇收100錢，事後洪明會送喚雲符紙；如選擇不收，則須依次找藥店老板和梁員外，在梁員外處得到千年人參給洪明母親治病。在和梁員外對話時選擇“欺騙他”，則最後洪明送毒砂罐，如選擇“如實相告”則洪明送入夢鈴。
（11）在洛陽城內亂逛，可以兩次遇到會消失的神秘乞丐，後來可以在臨淄第3次遇到神秘乞丐，在鹹陽集市入口第4次遇到，得到法寶非常門標誌。
（12）在洛陽遇見與兄弟失散的林斌，他要求幫忙尋找兄弟林源。
主線：
水鏡被罰壹個月不準離開墨家大寨，無聊之際想起姬良也許能夠解讀竹簡文字，從同門口中得知他正在韓國古墓中研究機關。來到古墓內，看到姬良在古墓第1層鉆研機關，水鏡頗感興趣，壹起幫忙尋找，卻觸動了機關，讓內層的妖怪啟動將古墓大門和通往內層的木門雙雙鎖死。水鏡第2次開啟機關，妖怪在內層仍然將門鎖上，水鏡只好先將墨家竹簡交給姬良解讀，卻被姬良帶入了竹簡中的“天書世界”。姬良慢慢得悉竹簡的妙用後，對天書世界產生了極大興趣，甚至還打算在此世界長久居住，全然不管水鏡正在為尋找出路而著急，水鏡又急又氣，也無可奈何。
在姬良基本了解天書功能後，水鏡找到了回現實世界的路（和姬良連續對話兩次）。回到古墓，發現墓門不知何時打開了，而來到古墓的屈嫻竟然又觸碰機關，墓門再次鎖死。兩人正在發呆，幸好姬良及時出來，讓屈嫻上前觸碰機關，姬良則趁通向內層的墓門打開後將搗亂的妖怪收入天書，內層墓門便不再關上。3人進入古墓深處，點燃兩盞燈後竟然遇到了砍頭三人組的鬼魂，三鬼大義凜然，欲解放陪葬眾人的魂魄。在墓室內和其他鬼魂交談，得知此乃韓國貴族長壽君的墓穴，觸碰棺蓋將長壽君鬼魂驚醒，剛打倒他，砍頭三人組找到了當年建墓的白灰師傅的魂魄，他告知墓穴底層的出路，鬼魂們紛紛離去，3人連忙跟上。在墓穴底層打開通連接大禹水道的門（需要先打開左右兩個開關）便來到了洛陽城外。姬良掛念和他壹起刺殺秦皇的力士田角，又要追尋天書中的機關術線索，於是前往洛陽拜會前輩倉海君，水鏡和屈嫻也陪同前往。
在洛陽城門口救下了被強盜打劫的楚地商人項伯，然後進入洛陽。洛陽本是豪華富庶的大城，但被秦始皇為鑄造十二金人弄得洛陽城內怨聲載道，民眾苦不堪言。來到倉海君家門前，得知倉海君已和眾富商壹起被帶到驛館，不日便將啟程前往鹹陽，於是眾人前往驛館拜會倉海君，見過倉海君後到客棧（城門邊）休息，姬良研究竹簡，天書功能升級）。倉海君介紹項伯與眾人認識，並告訴姬良以後若有事可請項伯幫忙。在項伯資助下為長工安渠贖身，安渠感激不已，贈送前往魯班船屋遺跡的地圖。
水鏡在與項伯的交談中得知秦始皇壹心求仙，只身壹人在東海海濱的之罘山，將軍隊和方士赤松子（即片頭動畫裏的老者，而動畫裏和他對戰的則是楓之舞的主角：輔子澈）派遣到南方的瑯琊臺，便欲趁機刺殺秦皇，姬良卻認為這是秦皇為了找出刺客故意布置的陷阱，水鏡只得先和姬良去尋找魯班機關船的遺跡。在洛陽東北方找到了魯班船屋遺跡的入口，進入遺跡來到魯班船屋遺跡的中心地帶——魯班書房（中間會經歷20場戰鬥，走路速度快的話不打完也可），姬良留下來研究，水鏡則和屈嫻在最下層見到機關術的精華之壹---機關鳶。此刻水鏡壹心只想去刺殺秦皇，姬良卻沈迷於研讀魯班留下的機關術精義，而屈嫻對刺秦壹事也抱反對態度，水鏡氣急之下決定單獨行動。