主要區別有，科目分類不同、形態特征不同、生活習性不同，具體如下：
壹、科目分類不同
1、蟒蛇
別稱蟒、王蛇、蚺蛇、南蛇、埋頭蛇、王字蛇、琴蛇等。屬蛇目、蟒科、蟒屬、蟒蛇種。
2、森蚺
中文學名綠森蚺，別稱森蚺、綠水蟒。屬有鱗目 、蚺科、水蚺屬、森蚺種。
二、形態特征不同
1、蟒蛇
體長常見的3-5米。頭小，吻端較平扁，吻鱗寬大於高，背面可見，鼻孔位於鼻鱗兩側，頭頸部背面有壹暗棕色矛形斑，頭側有壹條黑色縱斑從鼻孔開始，經眼前鱗、眼斜向口角。眼下亦有壹黑紋向後斜向唇緣，下唇鱗略有黑褐斑，頭部腹面黃白色，體背棕褐色、灰褐色或黃色，體背及兩側均有大塊鑲黑邊雲豹狀斑紋，體腹黃白色。
2、森蚺
亞馬遜森蚺(是當今世界上最大的蛇，最長可達6米，重達二百二十五公斤，粗如成年男子的軀幹，但森蚺長度壹般在五米半以下。森蚺的嘴巴上下可張到180度左右，4排牙齒可以獨立活動，沒有下巴，上腭中間的2排牙齒可以上下遊動，有利於吞噬獵物，它的蛇皮可以拉伸，因此可以吞下比自己體型還大的獵物。森蚺的舌頭是化學物探測器，鱗片可以感知獵物是否有動，眼睛是熱能感應器，它們的氣管在喉嚨處，在吞噬獵物時，它們的氣管是在外面的，所以不必擔心氣管堵塞。
三、生活習性不同
1、蟒蛇
棲居於熱帶、亞熱帶低山叢林中，需要常綠闊葉林或常綠闊葉藤本灌木叢，以及良好的洞穴供休息及隱蔽。善攀援，可長期生活在水中，嗜昏睡，夜行性。雜食性，捕食時常慢慢爬行接近獵物，迅速咬住後用身體纏繞致死，並壓扁成長條形，然後分泌唾液，使食物潤滑吞食。可吃10-15千克重的山羊、鹿、麂、豬等動物，常食鼠類、鳥類、爬行類及兩棲類。
2、森蚺
森蚺棲息沼澤、濕地與寧靜的河川中，主要位於亞馬遜河與奧裏諾科河流域的熱帶叢林。森蚺在陸地上移動遲緩，但是在水中則十分迅速敏捷。森蚺的眼睛與鼻位於頭部前方，可以讓它們的身體在獵捕獵物時幾乎完全浸在水中。 因為經常在水中活動，森蚺的食物種類相當多元，包括魚類、鳥類、許多哺乳類與爬蟲類。許多大型哺乳類與爬蟲類也是森蚺獵食的對象，包括水豚、貘、鹿與凱門鱷等。
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