1、意思不同：指導員指的是高等學校中的教師職稱，在大學中承擔著學科課程的教學、科研和指導學生的任務，而輔導員是高等學校中的管理職位，在大學中主要負責學生管理、思想政治教育、心理疏導、職業規劃方面的工作。
2、要求不同：指導員要求具有高的政治素質和堅定的理想信念，有強的政治敏感性和政治辨別力，具備本科以上學歷，熱愛大學生思想政治教育事業，甘於奉獻，潛心育人，具有強烈的事業心和責任感，而輔導員要求具有高的政治素質和堅定的理想信念，堅決貫徹執行黨的基本路線和各項方針政策，有強的政治敏感性和政治辨別力，具備本科以上學歷，熱愛大學生思想政治教育事業，甘於奉獻，潛心育人，具有強烈的事業心和責任感。