系統設計分為總體結構設計與詳細結構設計。
(壹)總體結構設計主要解決子系統的劃分與確認、模塊結構設計、網絡設計和配置方案等問題。
①子系統劃分：是將壹個復雜的系統設計轉為若幹子系統和壹系列基本模塊的設計，並通過模塊結構圖把分解的子系統和壹個個模塊按層次結構聯系起來。
②模塊結構設計：是對各個子系統進行細化，確定劃分後的子系統的模塊結構，並畫出模塊機構圖。
③網絡結構設計與設備配置方案：是考慮如何將各個子系統從內部用局域網連接起來，以及今後系統如何與外部系統相連接，並根據實際情況配置和選用網絡產品。
（二）詳細結構設計主要解決代碼設計、輸出設計、輸入設計、處理過程設計、數據庫設計、人機界面設計、安全控制設計等問題。
①代碼設計:是要設計出壹套能為系統各部分公用的、優化的信息編碼系統。
②輸出設計:是根據管理和用戶的需要進行各種輸出方式的設計，如：報表輸出、磁盤文件輸出、圖形輸出。
③輸入設計:是根據需要設計系統的輸入風格，如：輸入方式設計、校對方式設計、輸入界面設計、輸入界面的布局。
④處理過程設計:是根據模塊的劃分進行的設計，其目的是掌握系統處理的整個過程和便於輸入輸出等設計工作。
⑤數據庫設計:是為了使整個系統都可以迅速、方便、準確的調用和管理所需的數據。
⑥人機界面設計:是為系統的用戶和管理者提供壹個友好、交互的界面，方便訪問、操作、與管理。
⑦安全控制設計:是從軟硬件方面進行安全防護，以保證系統的正常運作，減少各種安全問題給系統帶來的損失。
系統設計是根據系統分析的結果，運用系統科學的思想和方法，設計出能最大限度滿足所要求的目標 (或目的) 的新系統的過程。系統設計內容，包括確定系統功能、設計方針和方法，產生理想系統並作出草案，通過收集信息對草案作出修正產生可選設計方案，將系統分解為若幹子系統，進行子系統和總系統的詳細設計並進行評價，對系統方案進行論證並作出性能效果預測。