京城的街道上，“還珠格格”壹行人，正熱熱鬧鬧的出巡，而街頭的壹角，紫薇和金瑣則無法置信的望著這壹幕，心想著：難不成小燕子真的背叛了紫薇嗎？
時光追溯到數月前，舉目無親的夏紫薇，帶著婢女金瑣，以及母親所留給她的信物，打算到北京城來與父相認，而她的父親，也正是當今大清朝的皇帝乾隆。
在相認的途中，紫薇巧遇了剛大鬧完梁大人官邸的女賊小燕子，並且還幫了小燕子的忙，躲避了官兵的追蹤，使得兩人均對彼此留下了深刻的印象即分別。
不久後，紫薇再度在路上遇見了正在賣藝騙錢的小燕子，此時，壹名歹徒欲強搶紫薇的包袱，這會是由小燕子出手救了紫薇，就這樣，兩名小姑娘結成了好友，這個故事也就此展開了。
第2集
紫薇和小燕子相識沒多久，便結成了好友，兩人個性截然不同，小燕子爽朗開放，紫薇溫雅嫻靜，卻能彼此相容契合，為周遭帶來歡笑。小燕子見紫薇壹名女子獨自帶著金瑣在外尋親，無人照料，便提議紫薇搬進大雜院中與自己同住，兩人友情發展迅速，過沒多久，在眾人的見證下，兩人結拜成了姊妹。
紫薇信任小燕子，因而決定將此次進京的理由告知小燕子，也就是和乾隆相認。小燕子聽後大驚，但隨即便拍胸脯表示，定會義不容辭的幫助紫薇，好使紫薇能夠順利認父成功。
小燕子千萬百計地打聽到了乾隆狩獵的消息，便帶著紫薇翻山欲直接將信物交給乾隆，但因紫薇身體不適，小燕子遂自告奮勇，帶著紫薇的信物，獨自去見乾隆。
狩獵場內，永琪和爾康、爾泰正在比試狩獵，不料，永琪的箭竟直接地誤射入小燕子的身上。
第3集
小燕子誤被永琪射傷，令眾人大驚，而乾隆見了小燕子身上所背之摺扇及煙雨圖，則更是震懾，不但沒將私闖圍場的小燕子問罪，反倒將她帶回了宮中，並要太醫們給予其她最悉心的照料。
話說煙雨圖及摺扇，此乃乾隆當年微服出巡時，和壹名女子夏雨荷相戀時所留下之信物，如今時光已匆匆過了十九年，而小燕子看來也不過十八、九歲，再加上小燕子在昏迷時所隱約吐露出的找皇上之類的言語，更加使得乾隆堅信小燕子就是他的親生骨肉。
而小燕子在清醒後，竟被乾隆的細心照顧及皇宮內的富麗堂皇所迷惑了，糊裏糊塗地，便認了乾隆這個爹。紫薇四處尋找小燕子不成，深怕小燕子被當成刺客而被乾隆問斬，因而深深自責不已。不料，金瑣卻提出了不同的意見，認為紫薇如今遺失了其視之比生命還重要的摺扇和卷軸，又該如何呢？
小燕子身體終於逐漸康復，在令妃的陪同下，小燕子認識了永琪和爾泰，小燕子大刺刺的性格，使得她立刻就和兩個年青人結成了好友。
第4集
善妒的皇後對於乾隆長期以來的風流韻事早有不滿，此回乾隆居然平白無故冒出了個來自民間的女兒，又被令妃所照料著，更是使她心有芥蒂，強烈排斥著小燕子。但乾隆的整顆心早己沈溺在當年和夏雨荷間山盟海誓的往事中，因此即使小燕子在對質的過程中有許多敘述不清的地方，乾隆仍舊認定了小燕子就是他失散多年的女兒。再加上由小燕子口中得知夏雨荷已過世的消息，更令他想藉著這個時機，好好的補償小燕子多年來所欠缺父愛。
在大臣紀曉嵐的建議下，小燕子以義女的名義，被乾隆封為“還珠格格”，並準備在祭天大典時，召告天下世人。紫薇於祭天大典時發覺小燕子竟成了格格，這使她驚訝不已，直覺認定小燕子背叛了自己，因而在街上情緒失控的大吼，卻換來了官兵們的壹陣毒打。
爾康發覺事有蹊蹺，將紫薇帶回家中療養，加上紫薇對於夏雨荷之事的詳盡敘述，使得眾人對於小燕子的身份，開始起了懷疑。
第5集
小燕子為求能見紫薇壹面，居然將自己化妝成了小太監，並打算趁深夜裏偷溜出宮，但皇宮禁備深嚴，豈會讓她如此輕易地就離開。乾隆得知此事後，雖然原諒了小燕子，卻也堅定了乾隆要好好教導小燕子禮數的決心。
紫薇得知了小燕子偽裝出宮欲見自已之事而感動不已。在爾康及爾泰的建議下，眾人決議將事實告知永琪，透過永琪的裏應外合，盡快讓紫薇及小燕子見面，好讓事情及早水落石出。
小燕子在永琪和爾泰的面前，竟然沒推托的便將事實全招了，而當她得知紫薇如今在福家之時，更是雀躍不已，不分由說的就要立即去見紫薇。
永琪適時向小燕子分析了事情的嚴重性，小燕子這才知道自己犯下了欺君大罪。此時，正巧皇後來探，小燕子不慎冒犯皇後，而被容嬤嬤打了壹耳光。永琪見情勢危急，急忙請出了乾隆。
第6集
小燕子和皇後間的風波在乾隆的出面後終告平息，但皇後對小燕子的敵意卻是更加的濃厚了。小燕子漏夜寫了封信托永琪帶給紫薇，原來大字不識幾個的小燕子托人帶來的是畫不是信，正當眾人猜不透小燕子畫中之意時，紫薇竟將小燕子的畫用詩表達出來，令眾人對紫薇的才情佩服不已，尤其是爾康。
紫薇從畫中得知小燕子乃是身受重傷才得以入宮，又知道乾隆仍未忘了自己的母親。在深思之下，紫薇決定放棄認親之事，將此秘密永藏心中。正當紫薇打算離開的同時，爾康為留住紫薇，忍不住地向紫薇告白了，爾康此舉令紫薇震懾不已，居然點頭答應留下，也不再掩藏彼此之間早已滋長的情愫。
乾隆為調教小燕子，命令小燕子和眾阿哥等人壹同上課，幸得永琪和爾泰的幫忙，才讓小燕子安然渡過此難關，也為平靜的課堂帶來了笑聲及活力。
不料，皇後此時卻降低姿態向乾隆示好，終於由乾隆口中取得了教養小燕子的權力。
第7集
乾隆終於聽了皇後的話，讓容嬤嬤教起小燕子規榘來。小燕子見這回推也推不掉，只得心甘情願地學起了規榘。但不知是小燕子真沒有學規榘的天份，又或者是容嬤嬤的蓄意刁難，小燕子就是做不到容嬤嬤要求的標準。小燕子壹氣之下，氣急敗壞地就想逃開。適巧此時乾隆來探，見到小燕子此狀大為光火，而小燕子又不懂得看臉色，竟還火上加油的頂撞了乾隆幾句，乾隆在震怒之下，決定重打小燕子二十大板，幸而後來永琪及令妃等人的求情，乾隆才下令停止，但此時小燕子早已被打成重傷了，卻還心有淒淒地掛念著紫薇。
紫薇得知小燕子受傷，不分由說地便想入宮去看她，也讓眾人更加地了解兩個女孩間的深厚情誼。
小燕子被乾隆重罰後害怕不已，乾隆不忍，又思起當年和夏雨荷間的種種，終於原諒了小燕子，並下令小燕子以後擁有豁免權，可以不必遵受宮中的繁文縟節。
紫薇得知此事也雀躍不已，並在好心情的情況下，向爾康提出了回大雜院看看的要求。
第8集
紫薇和爾康回到了大雜院，爾康見到紫薇和柳青間的談話，竟有了醋意，便下定了決心，向紫薇傾訴了此生不變的情誼，以及兩人之間所需面對的重重困難。紫薇驚訝，不敢也不願承受這壹切，使得兩人之間的戀情，面臨了嚴重的考驗。
紫薇回送了畫給小燕子，說明了自己準備放棄認親的打算，小燕子惶恐，不願搶了紫薇應有的壹切，便立刻要求和紫薇當面說清楚。永琪和爾泰拗不過小燕子，便計劃好趁著深夜，將宮女假扮成小燕子躺在床上，再由永琪帶著改裝成小太監的小燕子出宮。
紫薇和小燕子終於見面了，兩人相見不勝唏噓，紫薇擔心著小燕子的傷勢，而小燕子則滿心懊悔。惟有金瑣，雖對小燕子無法原諒，卻又細心照料著小燕子的傷勢，令小燕子感動不已。不料，在這同時，漱芳齋內卻突然地燈火通明，原來是乾隆和令妃突然來訪。
第9集
乾隆和令妃突然至漱芳齋欲探小燕子，不料卻發現了小燕子私溜出宮之事，令乾隆為之氣結。而此時小燕子和永琪卻全然不知已大難臨頭，正打算回到漱芳齋後，還要暢飲至天明。而兩人乍見乾隆的出現，也心急的不知如何是好，永琪決定實話實說，表示小燕子除去了福家外，什麼地方也沒去。乾隆顧慮到夜已深，又見兩人頻頻求情，遂決定次日再行審問兩人。
次日，永琪、爾康、爾泰三人急忙地商量對策時，小燕子居然又裝扮成了小太監來到了永琪房中，急欲得知三人的對策。不料，此時皇後和容嬤嬤來探，發現了小燕子，又將事情鬧到了乾隆跟前。
乾隆本欲再次重罰小燕子，但在小燕子的求情，以及乍聞小燕子以往為了生活所吃的苦頭後，竟又生了惻隱之心，原諒了小燕子，也更讓皇後為之氣結。福倫及福晉擔心爾康對紫薇用心過深，打算和爾康商量此事，卻得知了爾康非得明媒正娶紫薇的決心。
第10集
爾康和福倫表明了非紫薇不娶的決心，令福家二老煩心不已，畢竟紫薇身份特殊，未來如何實在無法猜測。福晉因而出面言辭懇切地向紫薇曉以大義，紫薇是個明理之人，當下便決定離開福家，以免福家二老難堪。
爾康得知紫薇離去後憂心不已，在四處找尋未果後，終於由千辛萬苦才出宮的小燕子出面，說動了柳青和柳紅，才透露出紫薇的住處。
在幾番波折下，爾康終於找到了紫薇，兩人相見恍如隔世，在爾康表明了願拋棄壹切的真心相告下，紫薇再無法掩飾自己的情感，接受了爾康的情意，而爾康的心裏，也有了個想法隱然成形。
爾康提出將紫薇送入宮中的想法，令眾人大感驚愕不已，但爾康卻認為，惟有讓乾隆真正認識紫薇，並真心喜愛紫薇，小燕子和紫薇才有壹同活命的可能，而自己和紫薇之間，也才能談到未來。