柯南壹行人在露營的回家途中順道參觀壹座位於西多摩市境內即將在近期完成的全日本最高雙塔摩天大樓。而這摩天大樓的擁有者同時也邀請了小五郎與小蘭前來參加開幕典禮，因而與柯南壹行人偶然巧遇。壹行人在秘書的帶領之下參觀了這座兩棟長的壹模壹樣的最尖端高科技雙塔摩天大樓。但是，此時在這摩天大樓裏卻出現了多位與此建築物有著不同關系的人士，不久之後第壹個殺人事件發生了。而且，令人不敢相信的是《黑暗組織》的成員竟然同時也在大樓附近出現，這讓人不免聯想到灰原哀自從那些日子以來，在深夜裏究竟是在跟誰聯絡。 而柯南的真正身份會被那些家夥發現嗎，且灰原哀真正的身份又是？不管目暮警官等人如何的勸說，雙塔摩天大樓的開幕典禮仍按照預定進行。為了查出這場發生在總樓層高300公尺的高科技摩天大樓的殺人事件真相，柯南將與其宿敵，也就是當初逼迫工藤新壹喝下毒藥使他身體縮小的兇手--黑色組織，展開壹場史上最恐怖的攻防戰。