愛德與艾爾為了讓溫柔的媽媽復活，挑戰被視為最大禁忌的「人體鍊成」。不過他們將要面對的是要付出極大的代價。某壹天，有壹位軍人在已陷入絕望深淵的艾力克兄弟而前出現。他向兄弟們提示指他們可以踏上國家鍊金術師之路。為了取回失去的東西，他們展開了漫長的路途！
第3話
愛德與艾爾聽到懂得使用「奇跡之術」的教主的傳聞，於是來到稱為利奧爾的城市。原來那個雷特教教主．哥尼羅，正在進行違反等價交換的鍊金術。為了查明真相，愛德和艾爾在偶然認識的少女．羅莎的引路下，終於來到哥尼羅的身處的地方，但他們竟然被教團員用槍指嚇，到底雷特教背後的真面目是甚麼？
第4話
萊向愛德和艾爾介紹了壹名「綴命之鍊金術師」修．塔加。塔加在兩年前成功鍊成了懂人話的合成獸，成為生體鍊成的權威。愛德等人在塔加的住宅尋找資料的期間，與他的女兒妮娜變得很友好。另壹方面，每年進行壹次的國家鍊金術師的「審查」日子快將來臨，塔加為此顯得很焦躁。
第5集
轟動亞美斯特利斯全大陸，只殺害國家鍊金術師的神秘人物「傷疤人（斯卡）」，神出鬼沒地在東城出現。愛德和艾爾在城裏偶然遇上這位斯卡。由於他們在毫無先兆之下受到斯卡的襲擊，所以唯有應戰，但面對著超凡的身體技巧和不可思議的「破壞的右手」，被壓倒的愛德和艾爾生命危在旦夕…
第6集
為了修理好機械鎧，愛德和艾爾與阿姆士唐壹起前往故鄉利正布爾。
在中途休息的車站裏，阿姆士唐偶然看見壹名男子。這男子的名字叫馬爾哥醫生。
他曾在軍隊研究所裏進行把鍊金術應用在醫療上的研究，伊修巴爾內亂後，他突然消聲匿跡。
愛德等人到馬爾哥的家探訪，他們在那裏知道了壹個驚人的真相，原來在軍隊的命令下，馬爾哥曾經進行關於「賢者之石」的研究。
第7集
愛德和艾爾為了尋找馬爾哥的研究資料而來到國立中央圖書館第壹分館。但他們看見的是完全燒毀的分館遺跡。為了確認馬厭哥的資料是否真的在分館裏，愛德等人在瑪利亞．羅斯少尉的安排下，前往精通分館資料的少女．謝西嘉的地方。可是他們確認的是資料在分館被燒光的事實。雖然愛德等人很沮喪，但謝西嘉看見他們的樣子，於是提出壹個意想不到的奇策。
第8集
愛德為了探索賢者之石的真相，於是潛入前第五研究所，他在那裏的地板上發現為鍊成賢者之石而畫上的鍊成陣。那時候，他被穿上鎧甲，名叫48號的男人襲擊。另壹方面，在研究所外面等候愛德的艾爾也受到名叫66號的穿鎧甲男人襲擊。在連番激戰之後，居然發現意想不到的真相。原來48號和66號也和艾爾壹樣，是只有靈魂被固定在鎧甲裏的人。
第9集
愛德在第五研究所的戰鬥中，不單止令機械鎧受到破損，而且他還受了重傷。於是他馬上召雲尼由利正布爾到來替他修理機械鎧。那時候，艾爾正為巴利的壹句話令心情很混亂。「我是個靈魂和記憶，壹切都是哥哥制造的虛假的人？」這句話壹直在腦海中未能消除，而且還漸漸廣大，令從未崩潰過的兄弟之情出現裂痕…。
第10集
愛德與艾爾在病房和修茲及阿姆士唐等人談論第五研究所的事。人柱、賢者之石的鍊成陣，以及擁有鎖定靈魂的血印的人…不過，這些都是令謎團變得更深奧的東西。後來大總統肯格．布拉多萊突然出現。他向愛德等人表示，軍隊內部有連大總統本人也掌握不到的不安情況，並忠告所有人在了解事態之前不要輕舉妄動。不過這忠告後不久，原來敵人已經向意想不到的人伸出魔掌…。
第11集
由於雲尼提出請求，於是她便和愛德與艾爾壹起前往機械鎧技師的聖地「拉修山谷」，但他們到達不久，作為國家鍊金術師的證明的銀懷表竟然被叫為帕妮娜的少女偷了。不過愛德等人藉著這次事件，遇上了替帕妮娜的雙腳裝上機械鎧的技師多米尼克，後來更與多米尼克的家人有意想不到的接觸。由於多米尼克是個出色的機械鎧技師，所以雲尼提出希望成為他的徒弟。就在這個時候，正在懷孕的多米尼克的兒子的妻子．莎特拉卻突然要早產。
第12集
愛德與艾爾到達了達布裏斯之後，成功地與很久不見的師父．泉重逢。他們重逢不久，愛德便從泉的口中知道父親．賀恩漢的消息。當晚愛德回憶起初次遇上泉的事。雖然母親死後不久，他便為了磨練鍊金術的技巧而強行提出當泉的徒弟，但他們兩將要面對的是在無人島居住壹個月的求生生活。泉對他們說「要找出”壹即是全，全即是壹”的答案」。到底他們兩的修行結果如何？
第13集
萊馬斯丹終於被調派到中央。另壹方面，被人造人的攻擊而受了重傷的斯卡也去到中央再開始行動。這時候，艾爾為了回復真理之門的記憶而留在泉的身邊，但居然有壹班人聲稱「我知道妳的秘密」而前來與他接觸。原來這班人全部也是合成獸……
第14集
由於泉的介入，令愛德與格利特的戰鬥出現轉機。但就在此時，肯格．布拉多萊率領國家軍隊闖入，開始殲滅格利特壹派等人。雖然格利特企圖抱著艾爾逃走，但布拉多萊居然親自站在他面前阻擋去路，並且向身為人造人的格利特發動猛烈的攻擊。後來在戰鬥中途，格利特從布拉多萊的眼中找到難以置信的東西。
第15集
壹名神秘的少女．張梅在正前往中央的斯卡和尤基面前出現。懂得使用名為「鍊丹術」這不可思議之術的她，自稱是由東方的大國新國而來，她是為了學成長生不老之法而來到亞美斯特利斯。另壹方面，愛德和艾爾為了修理機械鎧而前往拉修山谷，他們在那裏認識了壹度倒在地上，名為姚林的少年。原來他也是新國的人，他的目的是要得到賢者之石。姚林向愛德問及關於石的事，但愛德向他說謊，說自己甚麼也不知道，但後來兩名隱藏在姚林背後的人拿出刀他們襲擊。
第16集
透過與巴利接觸，萊馬斯丹開始掌握到修茲被殺害的真相。他的動向不久就被人造人知道了。這時候，雲尼為了與修茲見面，於是與愛德和艾爾壹起來到中央，他們在軍部裏遇上瑪利亞．羅斯少尉時知道了令人震驚的事實。不過全不知情的雲尼卻先壹步前往修茲宅……
第17集
羅斯涉嫌是殺害修茲的犯人而被拘留。在她壹直處於不利狀況的期間，巴利居然襲擊拘留所，並帶著剛巧在那裏的姚林和羅斯壹起逃亡。在軍方發出可以射殺的捕獲命令之下，愛德和艾爾為打探事件的真相而前往中央司令部。不過在他們采取行動之前，萊馬斯丹已先壹步阻擋羅斯的去路，並向她發放了火焰的閃光。
第18集
渺小的人類的傲慢手掌
在萊馬斯丹的命令下，艾爾留在中央市，而愛德則和阿姆士唐前往利正布爾。他們到達後馬上便向秘密的傳說王都．克塞爾克塞斯遺跡進發。他們越過大砂漠到達遺跡後，居然與付爺爺重逢，愛德等人在他的引路下前往遺跡的深處，後來他們在那裏遇上了意想不到的人。
第19集
不可能死的人之死
萊馬斯丹安排的對人造人的戰略進入最後階段。萊馬斯丹等人追著尋找自己的肉體的巴利，後來與夏蔔和艾爾等人壹起潛入第三研究所的地下。他們兵分兩路，夏蔔與萊馬斯丹遇上前來收拾他們的賴斯黛。人造人的真正身分和秘密首次被揭露。在處於下鋒的情況下，萊馬斯丹發動了反敗為勝的大爆炸，把賴斯黛炸成粉碎。不過賢者之石的力量相當強勁，不過賴斯黛在壹瞬間的空隙下復活，並用矛貫穿了夏蔔和萊馬斯丹的身體。
第20集
墓前的父親
愛德與艾爾的父親賀恩漢相隔很久後回到利正布爾。可是，愛德面對著令母親杜麗莎吃了不少苦頭的他，無法隱藏憎恨的情緒。賀恩漢知道愛德他們進行過人體鍊成之後提出壹個疑問，那就是「那個東西真的是杜麗莎嗎？」。第二天，賀恩漢離開村莊之後，愛德與皮納高壹起前往以前的居所的遺跡，目的是掘出自己藉著人體鍊成而制造出來的母親的遺體。
第21集
愚者的前進
愛德與艾爾去探望因為賴斯黛的事而留院的馬斯丹和夏蔔。他們知道了在推測是人造人的大本營中，有部分範圍是包大總統官邸在內。大家都為與自己的對手是巨大的人物而感到震驚。不久，在艾力克兄弟尋找人造人的秘密途中，他們收到斯卡在中央市出現的消息。
第22集
遙遠的背影
蘭芳被布拉多萊斬傷。雖然姚林馬上來拯救，但他也被布拉多萊和桂杜尼趕入絕境。另壹方面，雲尼與格蕾沙壹起去拜祭修茲，她在回程時知道愛德和艾爾正與斯卡戰鬥，於是馬上趕去現場，但她在那裏偶然聽到壹個真相，原來斯卡就是曾殺死自己父母的犯人。
第23集
戰場的少女
為了捕捉人造人，愛德和艾爾把傷心的雲尼交托給軍隊，然後再次與斯卡戰鬥。後來愛德等人和***同進退的萊．馬斯丹及福艾趕到現場。那時候，背著蘭芳的姚林為逃走而與布拉多萊展開激烈的戰鬥。不過，雖然他逃過了眼前的危機，但由於布拉多萊的命令桂杜尼采取行動，後來把姚林追趕至無路可逃。蘭芳覺得自己會成為姚林的拖累，她居然拿起刀向自己刺去……
24集
腹之中
被捕捉的馬爾哥就在人造人的大本營裏。他推測人造人的目的，是要構築壹個會令亞美斯特利斯所有國民都受到牽連的「國土鍊成陣」。另壹方面，雖然愛德和艾爾企圖制止失控的桂杜尼，但面對著可以把眼前任何東西「吞噬」的他，實在束手無策。而且在這場戰鬥當中，姚林還察覺到壹些不尋常的氣息。
第25集
黑暗之門
愛德被桂杜尼吞噬了。當他醒覺的時候，他已身處於壹個不可思議的空間，那裏只有無止境的血海和黑暗。雖然他後來總算與姚林相遇，但始終找不到逃脫的方法。不久，他們遇上壹起被吞噬的安比。安比對愛德等人說，這裏是桂杜尼的肚裏，他是「父親大人」制造的真理之門的失敗作，壹旦入了來就沒可能離開這裏。
第26集
再會
為了去見「父親大人」艾爾和小梅與桂杜尼壹起前往人造人的大本營。途中，正在尋找小梅的張梅和斯卡也從後追來潛入地下。另壹方面，在桂杜尼的肚裏露出真面目的安比，原本是與愛德和姚林戰鬥，但當愛德看見構成安比的身體的各個人的樣子後，在攻擊時顯得很猶豫，於是被打倒了。這樣下去的話，愛德就會被吞噬。不過在中途，愛德在蒙朧的意識下想起克塞爾克塞斯遺跡的鍊成陣，後來他想出從桂杜尼的肚子裏逃出來的方法……
第27集
夾縫的宴會
賀恩漢在凝望著某個村莊的祭典。這時有壹位年青的少女拿著酒靠近他。她的名字叫皮納高．諾貝爾。皮納高和賀恩漢壹邊喝酒，壹邊談論這個國家應走的路和愛德等人的旅途。在祭典的中途，有壹位少女在賀恩漢面前出現。後來還有壹名樣貌與賀恩漢壹模壹樣的男人出現。他將會把他們卷入壹個扭曲的世界裏…。
第28集
父親大人
艾爾和小梅在桂杜尼的引導下，到達了「父親大人」身處的地方。那時候桂杜尼的肚子突然裂開，愛德、姚林和安比從肚裏出現。愛德和艾爾為重聚而高興，但不久因為在他們面前出現的父親大人而感到驚訝。他的樣子居然與兩兄弟的父親．賀恩漢壹模壹樣。雖然父親大人握著兄弟們的手，但卻向人造人下令殺死姚林。愛德等人曾壹度反抗，但父親大人擁有不可思議的力量，令他們不能使用鍊金術，並與姚林壹起被壓制著。後來父親大人說「有壹個格利特的空缺」，於是他從體內取出賢者之石，然後接近姚林。
第29集
愚者的掙紮
安比等人捕捉到愛德和艾爾之後，依照父親大人的指示把他們帶去見中央司令部的布拉多萊。愛德等人從早已在那房間馬斯丹的口知道，福艾以下的馬斯丹部下調職的事，還有軍方高層已陷入敵方手中的事。愛德為了不想再成為父親大人的計劃中的棋子，於是對布拉多萊說把國家鍊金術師的資格還給他，不過……
第30集
伊修巴爾殲滅戰
愛德為了把槍歸還而去到福艾的公寓探訪。他對福艾說在戰鬥之中無法向敵人開槍，並且提及手持著槍的沈重感覺，以及令福艾願意拿起槍的原因，那就是伊修巴爾殲滅戰。同壹時間，在中央司令部的地下，馬爾哥正向傷疤人說出，軍部在伊修巴爾所幹的恐怖行為。
第31集
520的約定
愛德離開福艾的家之後，在街上遇上艾爾。他向艾爾提及萊馬斯丹和福艾等人，正為達到的目標之後的事而行動，令他們重新下定決心要恢復身體。此外，愛德還對艾爾說，在與父親大人戰鬥時，連地面也不能使用鍊金術的事。他們因為看見當時仍能發揮力量的鍊丹術而感到有壹線曙光。到了第二天，他們馬上為了理解鍊丹術而尋找張梅的行蹤…。
第32集
大總統的兒子
萊馬斯丹在修茲的墓前，秘密地與古拉曼見面。他把以往的事全部告訴古拉曼，企圖得到他的協助。另壹方面，正在尋找張梅的行蹤的愛德，卻遇上阿姆士唐，他告訴愛德，張梅等人正向北方進法。於是愛德馬上采取行動，阿姆士唐把親筆寫的介紹信交給愛德，指示他到達北方之後，馬上去與稱為「布裏古茲的北壁」的布裏古茲要塞的將軍見面。正在這時候，有壹名意想不到的人也在艾爾面前出現…。
第38集
巴茲庫爾的激鬥
愛德、艾爾、雲尼和金布裏，以及邁爾茲等人，為了捕捉傷疤人而來到名為巴茲庫爾的城市。在他們分頭尋找的期間，愛德和艾爾避開軍方的耳目，企圖獨自尋找傷疤人，以及與他壹起的張梅。他們意想不到地遇上張梅、馬爾哥和尤基等人。當他們聽尤基談及他過去的故事時，與張梅等人分頭行動的傷疤人卻遇上金布裏的部下。
第40集
奧莉維亞在布拉多萊的命令下被召喚到中央司令部。她為了打開突破口，主動投向布拉多萊的懷抱，取得軍方高層的席位。另壹方面，萊馬斯丹在中央司令部的食堂遇上福艾，並從她發出的暗號中，知道大總統的兒子賽利姆的真正身份。那時候，在中央司令部的地下裏，父親大人正夢見過去某天的往事。在曾經非常繁榮的王國．克塞爾克塞斯裏，他憑著被稱為「23號」的奴隸少年的血而誕生，於是他向這位少年給予名字作為謝禮，其名字就是「班．賀恩漢」。
第41集
邁爾茲等布裏古茲要塞的人企圖鏟除金布裏和他的部下。但愛德居然提出要活捉他，不過邁爾茲向對他說，「妳這種天真的想法也許會令妳沒命」。後來邁爾茲等人企圖讓金布裏孤獨壹人後進行襲擊，可是由於金布裏已察覺他們的計劃，令他們在施行襲擊之前遇到反擊。而且愛德還遇到化成合成獸的金布裏部下，達利奧斯和凱基爾的襲擊…
第42集
雲尼等人抱著失去意識的艾爾，前往城中的山區小屋。在那裏休息的期間，張梅和馬爾哥嘗試解讀傷疤人的哥哥的書。張梅從途中回復意識的艾爾和馬爾哥的對話中得到指引，傷疤人的哥哥的書上花了壹點工夫，隱藏著壹個鍊成陣。不過這個鍊成陣居然是…。另壹方面，金布裏進入了斯洛司所掘的隧道裏遇上派拉特。派拉特命令金布裏把布裏古茲兵當是巖石般利用，在布裏古茲的地上刻上血之紋章。
第43集
馬爾哥等人隱藏在名為艾斯貝克的伊修巴爾人貧民區，安比收到贊巴洛的通知後來到他們的藏身之所。雖然馬爾哥和傑爾索應戰，但巨大化的安比捕捉到馬爾哥。馬爾哥為自己犯的罪而感到痛苦，而且還受到安比的折磨。就在這時候，安比說出以前馬爾哥的部下，全部已化成賢者之石。馬爾哥知道這事後顯得十分憤怒……
第44集
艾爾等人在利奧爾與賀恩漢重逢。艾爾向賀恩漢講述至今發生的事和愛德現在失蹤的事。在這時候，達利奧斯出現在東城的銀行裏，從愛德的戶口中取得金錢。雖然他拿著錢回到城鎮的醫院，但軍方卻偷偷地從後方跟蹤…。另壹方面，比多為了尋找格利特而潛入中央軍司令部地下，他就在那裏遇上現在的外表是姚林的格利特。
第45集
張梅為了回去新國而經過東部城市．尤斯威爾，受到當地居民熱情的招待。不過這樣卻令她的內心猶豫是否舍棄阿美斯特利斯人而回國…。另壹方面，愛德和達利奧斯為了與艾爾重逢，於是前往中央市的萊馬斯丹的匿藏地點，他們在那裏遇上暫時取回身體的主導權的姚林。後來姚林對愛德說，父親大人企圖「該來的那壹天」開真理之門。