邁克爾-斯科菲爾德正陷於無望的困境中——他的哥哥林肯-巴羅斯被認定犯有謀殺罪被投入了福克斯河監獄的死囚牢。雖然所有的證據都指出林肯就是兇手，邁克爾堅信兄長是無辜的。林肯的死刑執行日越來越逼近，在沒有其他選擇的情況下，邁克爾持槍闖入了壹家銀行，被捕入獄後來到了林肯的身邊。身為建築工程師的邁克爾參與了監獄的改造工程而對這裏了若指掌，他設計了完整的越獄計劃，入獄的唯壹目的就是要把林肯救出生天並還其清白。
林肯的昔日女友維羅妮卡-多諾萬是謀殺案的辯方律師，她相信林肯是被陷害的。在繼續調查的過程中，維羅妮卡發現這遠不是壹樁單純的謀殺案，被害人之死牽扯了許多大人物的利益——副總統的身影漸漸從幕後顯現。而隨著調查的深入，危險也在迫近維羅妮卡，證人相繼神秘被殺，林肯的家人也遭遇不幸，而追殺維羅妮卡的神秘人物，竟然是聯邦調查局的秘密探員。
與此同時，邁克爾在獄中艱難地準備著越獄計劃，意想不到的人和事接連出現在通向自由的道路上。
越獄第壹季分集劇情介紹：
第1集
邁克爾-斯科菲爾德在完成了最後壹幅刺青第二天，持槍搶劫了壹家銀行。被捕後他非常合作地承認了罪行，法官因此同意了他的要求，判處邁克爾在芝加哥近郊的福克斯河監獄服刑五年。
邁克爾被安排在A樓40號牢房，室友菲爾南多-蘇克雷自告奮勇向他介紹監獄的各色人物，但是邁克爾只想見到壹個人：被判死刑的哥哥林肯-巴羅斯。但是要接近林肯就必須進入監獄工廠工作，而工廠掌握在昔日的黑幫老大、今日的監獄風雲人物約翰-阿布茲的手中。
邁克爾告訴前來探監的律師維羅妮卡別在他的案子上耗費時間，林肯是被誣陷的，他沒有謀殺副總統的弟弟，如果她仍念及昔日與林肯的戀情，就應該盡力查明事件真相。遠在華盛頓特區，特別探員黑爾和克勒曼對林肯的死刑感到擔憂，因為主教邁克莫羅打算替林肯爭取緩期執行。
阿布茲接到手下傳來的消息，有人知道了令他入獄的證人的下落，而在監獄的醫療室，薩拉醫生發覺邁克爾對註射胰島素的反應非常奇怪，邁克爾立刻要求犯人“便條”替他去弄偽裝成I型糖尿病患者所需的藥物。
邁克爾如願進入了監獄工廠並見到了哥哥，林肯認為越獄是根本不可能的事情，邁克爾向他展示了隱藏在紋身中的秘密：福克斯河監獄的設計藍圖。
第2集
邁克爾向獄友暗示逃獄的計劃，維斯特莫蘭嘲笑他坐牢三天就想越獄，而且另壹個危機正在迫近，福克斯河監獄的種族沖突已經壹觸即發。
邁克爾從手臂的紋身上抄下了“施韋策-艾倫11121147”這串文字，他找到了序列號為11121147的螺絲釘，但是旋下的螺釘被“背包”搶走並交給了跟班梅泰格。邁克爾告訴林肯他們將通過醫院逃走，這就是他偽裝成糖尿病人的原因。
蒂姆-吉爾斯向維羅妮卡出示了謀殺案現場的錄像帶，維羅妮卡絕望地看到林肯的確曾向車內的死者舉槍，但是林肯解釋說當時斯迪曼已經死了，他根本沒有扣動扳機。而特別探員黑爾和克勒曼從蒂姆那裏得知了維羅妮卡正在重新調查這個案子。
監獄暴L中邁克爾趁機接近梅泰格搶回了螺釘，但是梅泰格在混亂中被刺身亡，“背包”把這壹切歸罪於邁克爾。邁克爾照著紋身上的圖案把螺釘磨成了壹把螺絲刀，用它擰開了盥洗設備的螺帽。
憑借藥物邁克爾通過了糖尿病的測試，但是他獲知自己患有糖尿病時如釋重負的表情令薩拉醫生疑惑不解。在回牢房的途中，獄警貝裏克估計把他留給了阿布茲壹夥人。阿布茲為了拷問證人斐波納契的下落，命人剪掉邁克爾的腳趾。
第3集
薩拉-唐克瑞蒂醫生為邁克爾包紮了傷口，但為了不影響他的越獄計劃，邁克爾請求薩拉不要把這起事件報告為故意傷害。
林肯和邁克爾借工作的機會討論挖掘的進度，邁克爾決定測試室友蘇克雷能否保守秘密。蘇克雷日夜思念著女友瑪麗克魯茲，他看到邁克爾將壹部手機藏了起來，但在獄警貝裏克的威脅下，他說出了邁克爾的秘密。誰知那部手機只是肥皂刻成的模型，憤怒的蘇克雷被換去別的牢房，患有精神疾病的“鐵絲”成了邁克爾的新室友。
由於忙於調查，維羅妮卡多次拒絕未婚夫塞巴斯蒂安的結婚要求，結果兩人以分手告終。謀殺案唯壹的線索蘭迪卡遭到了綁架並被槍殺，維羅妮卡意識到自己面對著可怕的阻力。
阿布茲改變了策略，他替邁克爾擺平了壹心報仇的“背包”。阿布茲追問何時能得到證人的下落，邁克爾回答：“當我們越獄成功，妳給我壹架飛機，我給妳斐波納契。”
邁克爾趁夜深人靜開始了挖掘，但他驚恐地發現“鐵絲”正在看著他。“鐵絲”平靜地說，由於神經永久性受損，他從不睡覺。
第4集
患有精神疾病的“鐵絲”持續拒絕服藥，他對邁克爾身上的紋身產生了極大興趣，不但四處尾隨邁克爾，甚至撕扯衣服以臨摹那些紋身。與此同時，蘇克雷發現女友瑪麗克魯茲漸漸被追求者赫克托的謊言蒙蔽，他害怕當16個月刑期屆滿的時候，瑪麗克魯茲也許已經被奪走了。
邁克爾從監獄的儲藏室和阿布茲那裏得到了兩種化學藥劑，借註射胰島素的機會將它們倒入了醫院的下水道，兩種藥劑立刻發生了劇烈的化學反應，開始腐蝕水管。回到牢房的邁克爾故意將額頭撞破，成功地把“鐵絲”趕走，迎回了也迫切想越獄的蘇克雷。
維羅妮卡向專門調查死刑案件的“公正工程”辦公室救助，尼克幫助她發現了謀殺案背後牽涉到的利害關系。秘密探員黑爾和克勒曼尋機搜查了維羅妮卡的家，壹張她與林肯、邁克爾的合影引起了他們的警覺。意識到邁克爾離奇的犯罪入獄的過程，秘密探員決定將邁克爾立即轉移至別的監獄。
第5集
典獄管亨利-波普拒絕了邁克爾的遷移令，黑爾和克勒曼用壹份機密文件“說服”了他。邁克爾、林肯、蘇克雷和阿布茲聚集在工棚裏核對越獄的細節，他們並不知道邁克爾的遷移令已經被批準。
遷移令雖然壹時打亂了越獄計劃，但在維斯特莫蘭的指點下，邁克爾提出了正式申訴，這步棋為他們至少贏得了30天的時間。
維羅妮卡與尼克請專家芬克研究了謀殺案現場的監控錄像帶拷貝，芬克發現雖然像帶的畫面看不出剪輯的痕跡，但其中的槍聲明顯是後期偽造的。維羅妮卡兩人感到非常鼓舞，他們立刻去申請調用錄像帶母帶，但卻被告知由於水管爆裂導致證據室壹片狼藉，母帶已經無法使用。
牢房坐便器後的通道已經挖穿了壹部分，黑爾和克勒曼以波普私生子的秘密脅迫他毀掉了邁克爾的申訴書。與此同時，邁克爾在蘇克雷和阿布茲的掩護下成功的預演了壹次越獄過程，測出了越獄所需的時間和警方反應速度。
在被帶出福克斯河監獄的最後壹刻，波普出現留下了邁克爾，他決心向妻子坦白自己的往事。而在芝加哥的維羅妮卡發現錄像帶拷貝被盜，她把懷疑的目光投向了尼克。
黑爾和克勒曼向幕後老板報告了失敗，那個神秘的女人命令他們把註意力轉向林肯：“除了電椅，幹掉壹個死囚的方式還有很多。”
第6集
邁克爾的挖掘工作遇到了的阻礙：壹道堅實的水泥墻。雖然他有把握挖開它，但是壹日多次的查房令他沒有辦法趕上預先計劃的越獄日程。蘇克雷提議挑起壹場騷動，隨之而來的防範緊閉期會帶來充裕的時間，於是邁克爾設法使監獄的空調系統發生了故障。
維羅妮卡和尼克帶著壹個好消息來探視林肯，當初聲稱目擊林肯謀殺的報警電話雖然是匿名的，但是尼克卻發現它來自遙遠的華盛頓，雖然這不足以延期死刑，但至少出現了壹個調查的方向。
悶熱的牢房終於引發了犯人的暴動，“背包”領著壹群人遇見了林肯和新獄警鮑勃，為了保護壹直對他非常親切的鮑勃，林肯被“背包”打昏在地，鮑勃也被犯人們劫持。
為了加快進度，蘇克雷和邁克爾壹起進入墻洞挖掘，“背包”把打傷的鮑勃扔進了他們的空牢房，不巧的是鮑勃撞下了坐便器，“背包”由此發現了邁克爾的秘密。
邁克爾和蘇克雷被響聲驚動回到了牢房，阿布茲和“背包”建議幹掉鮑勃滅口，邁克爾制止了他們。監視器上顯示薩拉被壹群犯人圍堵在醫院，邁克爾焦急萬分地趕去救她。
蘇醒過來的林肯十分擔心弟弟的安危，壹個名叫特克的犯人趁機把他引到了壹間無人的黑屋。
第7集
監獄的暴動持續升級，邁克爾在通風系統中拼盡全力向醫院方向爬去。犯人格斯向波普提出要盡快恢復空調系統，否則他們就對手中的人質鮑勃和薩拉下手。蘇克雷再三警告“背包”不許傷害鮑勃，隨即獨自鉆入墻洞挖掘。阿布茲第壹次親眼見到越獄的通道，他也加入到挖掘水泥墻的工作中。
伊利諾斯州州長，即薩拉的父親帶著軍隊來到了福克斯河監獄，他告訴波普自己根本不在乎要有多少犯人會在暴動中死亡，薩拉的平安是他唯壹關心的事情。邁克爾終於爬到薩拉辦公室的通風口，借著犯人焚燒紙張的煙霧，他把薩拉拉進了通風系統。
尼克和維羅妮卡到達了華盛頓，他們發現被害人斯迪曼的能源計劃危及了石油業的各方利益，就在這時，他們接到壹個威脅電話。
林肯在壹片黑暗的蒸汽室與特克搏鬥，最終特克失足摔下了20英尺的高臺，但是他臨死仍拒絕透露謀害林肯的動機。蘇克雷和阿布茲合力打穿了水泥墻，越獄的目標越來越近了。
薩拉在邁克爾的幫助下從通風系統逃出了牢房區，暴動也漸漸趨於平靜，但是“背包”不顧邁克爾和阿布茲的阻止，趁混亂刺死了鮑勃。
救護車內驚魂稍定的薩拉開始懷疑邁克爾為何對監獄構造如此熟悉。
第8集
獄警貝裏克不顧壹切地要抓住殺害鮑勃的兇手，“背包”威脅邁克爾和阿布茲，壹旦任何人供出了他，他要做的第壹件事就是透露越獄計劃。阿布茲對邁克爾的計劃表示了疑慮：他們可以通過墻洞潛入醫院，但是單獨關押在死囚區的林肯該怎麽辦？邁克爾設法說動維斯特莫蘭在壹間警衛室防火，當他們被派去清理火場時，借機挖開位於警衛室下方的排水溝。
回到洛杉磯的尼克和維羅妮卡還沒開始調查，維羅妮卡的公寓發生了劇烈的爆炸，僥幸逃過壹劫的兩人放棄了報警的念頭，躲進壹處偏僻的小屋繼續研究撲朔迷離的案情。林肯的兒子裏傑與繼父艾德裏安生活在壹起，秘密探員克勒曼突然出現在他們的住處，爭鬥中母親麗薩和艾德裏安都被槍殺，裏傑赤腳跑出了家門，手中緊緊攥著拍下克勒曼照片的照相手機。
“背包”指使跟班切利誣告另壹個犯人特羅基是殺害鮑勃的兇手，年輕的切利沈浸在深重的罪惡感裏。
克勒曼和黑爾向副總統匯報行動結果，原來她是壹切陰謀的背後主使。
第9集
從新聞中得知兒子裏傑背負雙重謀殺的罪名而出逃，林肯想起曾有人告訴他 “父子之中只能活壹個”的威脅，他不顧壹切的懇求波普準許他在監控下出獄尋找兒子，但對這樣的請求，波普也無能為力。
壹批新來的犯人抵達了福克斯河監獄，正當蘇克雷饒有興趣地觀察著新人們，邁克爾眼睜睜得看到切利自殺但無能為力……而在監獄的另壹角，有壹些敏銳的眼睛註視著邁克爾等人的壹舉壹動。
尼克告訴維羅妮卡雖然調查充滿了危險，但是他們不能再躲著浪費時間，他決定先去找被害人的遺孀，斯迪曼生前的最大的敵人壹定就是這些事的幕後主謀。
新入獄的混血兒圖納在獄中受到黑人和白人雙方的排擠，“背包”借機不懷好意地接近了他。阿布茲多年以來的威信第壹次遭到的動搖，由於遲遲無法得到證人的下落，黑幫指定同牢房的格斯接替了他的位置，他對獄警貝裏克的月供由此中斷，監獄工廠也不再由他控制。
林肯終於得到了兒子傳來的消息，利傑擺脫了秘密探員的追殺，和維羅妮卡走到了壹起。
第10集
阿布茲敦促邁克爾盡快透露證人斐波納契的下落，否則他們無法利用監獄工廠的工作來掩護他們的越獄行動。邁克爾的道德心經受著煎熬：為了挽救兄長，是否能夠就此危及另壹個無辜的人的生命？
秘密探員黑爾和克勒曼接到了副總統卡羅琳的電話，她對兩人的工作相當不滿，壹個名叫奎因的人將來指導他們的行動。克勒曼憤怒的當面指責副總統不該讓奎因插手斯迪曼的謀殺案，因為他所代表的“公司”的勢力遠超過副總統，甚至白宮的勢力範圍。
邁克爾被脅迫說出了斐波納契的下落，阿布茲由此重獲監獄工廠的管理權。菲利普-法爾佐內帶領人馬前往加拿大謀殺斐波納契，沒想到成群的警察已經恭候多時。
邁克爾、蘇克雷、阿布茲基本挖穿了警衛室廢墟下方的排水溝，壹直偷偷觀察他們行動的“便條”突然出現，迫於情勢，邁克爾的越獄隊伍又多了壹個人。
維羅妮卡通過聊天軟件回復了前未婚夫的問候，但是在因特網的另壹端，塞巴斯蒂安早已中彈身亡，奎因利用網絡已經追蹤而至。
第11集
邁克爾等人的挖掘工作仍在繼續，“背包”無謂地挑起與“便條”的種族仇恨，這時望風的蘇克雷警告大家獄警來了。獄警的目標是找邁克爾，在眾人詫異的目光中通知他“斯科菲爾德太太”來訪。邁克爾在獨立的夫妻探視室見到了妮卡，她交給他壹張信用卡。維斯特莫蘭被告知女兒患上了食道癌，只有幾周的時候了，但是法庭不允許他出於探望，除非是參加葬禮。絕望的維斯特莫蘭找到了邁克爾，他要加入他們的越獄計劃。
尼克告訴維羅妮卡事態的發展早已出乎意料，斯迪曼謀殺案的真相不但關系到林肯的生死，而且有證據表明副總統從斯迪曼的能源研究計劃中挪用了數百萬資金用於選舉。正在此時，奎因闖入了他們的藏身之處，尼克被擊傷，維羅妮彈不得，他們只能棄車行而，邁克爾趕走了圖納。
同時，貝裏克發現了停車的地方和圖納的手印。在波普的追問下，凱蒂最終說出薩拉對邁克爾有好感。邁克爾等人躲過了直升機的搜尋，來到壹處農家小屋，發現這裏有汽車卻沒有發動機。鐵絲“借走”了壹輛自行車繼續逃亡。貝裏克找到丟棄的汽車，很有把握他們沒走遠。等候阿布茲的飛機引起了管理員的懷疑，叫人查詢其底細。蘇克雷等人按倒“背包”，想剪開手銬未果，阿布茲操起斧子，砍斷了“背包”的手，其他人目瞪口呆，越獄小組又甩掉壹人。
公司決定用壹種毒藥除掉成為障礙的副總統，總統卻意外身亡，副總統大難不死，順理成章接替他登上寶座。芝加哥警察破門進入薩拉家，發現她註射了過量嗎啡，倒在沙發上人事不省。維羅妮卡摸進房子，出現在被林肯“殺死”的泰倫斯面前。剩下的五人突破警方防線，向飛機奔去，快到跟前時，等不及的飛機終於起飛，從他們頭上呼嘯著掠過。發現蹤跡的警車正向他們飛馳而來，五人只能繼續奔向夜色茫茫的曠野。