劉墉追案講述了乾隆年間山東省巡撫富國泰徇私枉法，借納貢之機大肆斂財，致使山東十幾處糧倉虧空，劉墉奉旨來到山東親查此案，為民除害的故事。劇情分集介紹如下：
第1集
富國泰因未能如期破案而進京請罪，乾隆大怒，在和珅推薦下，皇上任命劉墉為欽差大臣，與富國泰同往山東徹查此案，劉墉深知富國泰除山東巡撫之外的國舅的身份，故百般推卸，與皇上周旋，但聖意已決，劉墉只能領旨，謝恩。
第2集
在與富國泰分析探討假傳聖旨的案情後，決定以逸待勞，暫且避開和珅。東昌府內，劉墉、富國泰商議案情，和珅命和福監聽，隨時匯報。東昌府破敗不堪，和珅極不情願入住東昌府。
劉墉入住東昌府，用迷煙迷暈富國泰，和珅壹覺醒來發現不見了劉墉和富國泰的蹤跡，懊惱至極，急忙趕到會客廳見富國泰正在昏睡，而此時自己也吸入迷煙，昏睡在會客廳內。
第3集
壹行人來到吉陽鎮，途遇壹送殯隊伍甚是可疑，劉墉命開棺查驗，竟然在棺材內發現了大批的金銀珠寶，正是蔡永昌府上搜出之物。當找到雇傭送葬隊伍的住處時，卻發現只有閆秉正死亡當場，手中還握著聖旨的壹角，劉墉迅速藏好聖旨，連忙又返回送殯隊伍，卻發現送殯隊伍已人間蒸發，負責在此看守的壹眾捕快也都昏迷倒地。
第4集
皇宮內，和珅主張劉墉瀆職之罪，被貶為庶人，眾臣附議，六王爺和金婉兒去求皇太後，最終劉墉被官降三級被貶為東昌府知府。皇上同意金婉兒去山東，並密招賀子楓保護金婉兒周全，同時緊盯劉墉，隨時稟報。金婉兒收拾行囊，隨帶七彩，賀子楓去東昌府。
第5集
賭坊內項武葛春打著秦朗（原東昌府捕快）名義四處勒索錢財，被秦朗發現，勒令退出所勒索的錢財，這壹切劉墉都看在眼裏。劉墉讓達哈蘇請秦朗，秦朗道出不保無能之輩。此時項武、葛春進來將達哈蘇趕走，項武相邀秦朗回賓滿樓主事，秦朗因大哥之事愧疚至今，無臉再見大嫂項悅榕。
第6集
金婉兒得知劉墉有危險，遂將阻止劉墉再繼續辦案，劉墉出逃至賓滿樓隱藏，金婉兒追至賓滿樓碰到項悅榕，兩人相談融洽，此時劉墉端菜出來，眾人壹起在賓滿樓吃酒。大牢內，劉墉戲弄總兵索倫圖後判鐵腳李斬立決，找屍頂替劉墉放人，鐵腳李被徐五帶走。
第7集?
大堂上，劉墉當堂審理徐五案。黃愛玉當堂認罪，並指出徐五就是殺死耿大的兇手，豈知徐五不但不認罪，反而咆哮公堂，公然威脅劉墉，如果不放了他，會有大禍臨頭。劉墉對徐五的態度感到有些奇怪，聯想到之前東昌府眾多官員為他求情，劉墉決定暫且收押徐五，看看是否能夠引出其它的線索。
第8集
秦朗對索倫圖包圍東昌府衙壹事極為憤怒，想要沖出去殺死索倫圖，被賀子楓多番解勸也未能阻擋住，好在劉墉及時趕到，才將其攔下。劉墉下令所有人沒有命令不得出東昌府衙，同時命秦朗將徐五轉移到密室之內。
第9集
劉墉開始著手調查東昌府過往的案宗，發現他到任之前徐五犯下很多大案，但都被無罪釋放了。徐五不招，讓劉墉陷入絕境，劉喜兒壹席話讓劉墉幡然醒悟，著令秋夢楠等人查找案宗。劉墉帶著這些案宗來見徐五，表示單憑這些案子，就已經夠砍他幾次腦袋了。
第10集
劉墉把索倫圖逼上絕路，索倫圖惱羞成怒，以響馬為由抓了項悅蓉，綁在柴堆上準備燒死項悅蓉，並要求劉墉三個時辰內置換徐五，秦朗、項武跪地請求劉墉救項悅蓉。
第11集
秦朗在大嫂項悅榕的酒館，正在吃飯，突然發現陳德，秦朗跟蹤陳德。劉墉得知秋夢南搬出，甚是著急，但礙於金婉兒寸步不離，也不敢出門尋找。劉墉帶著金婉兒回到起火現場，金婉兒看到災後的慘狀，竟然觸動“小女孩”本性，小鳥依人般靠在劉墉身邊，但此時秋夢南的突然出現，瞬間讓金婉兒恢復“原狀”。
第12集
劉喜兒回家告訴夫人自己被老爺丟下了，而且老爺拿了壹袋沙子給他讓他買包子。夫人拿著這袋沙子，內心感悟愛情就像沙子，越想抓緊越抓不住。城外山路，秋夢南追上了劉墉，要扮成劉墉的徒弟，跟著劉墉去臨清州辦案。而同時金婉兒也決定帶上賀子楓和七彩壹起去追劉墉。
第13集
項武被袁長春嚴刑拷打，被逼問秦朗下落及此行目的，李爾多知道後決定利用袁長春與秦朗的私仇試探劉墉，來壹招投石問路。秦朗找上袁長春要人，袁長春笑著說是誤會，會放人，並和秦朗約酒，秦朗知道是鴻門宴。
第14集
劉墉看見秋夢楠手上的鐲子，便知金婉兒要趕走秋夢楠，屋內劉墉趁金婉兒為自己治傷期間，開始跟金婉兒聊秋夢南的事，但最後金婉兒還是決定要讓秋夢南離開，劉墉無奈，只得找劉喜兒幫忙。
第15集
劉墉、秋夢南、劉喜兒三人假裝成河北正定府買糧的人來到四海糧行，三人紅白臉同唱，套出四海糧行在整個臨清州都沒米的情況下依然存有大量高價米，而且只賣給外地商戶。劉墉等人本想繼續從管家的口中尋找線索，不想管家突然壹反常態，哄走了眾人。
第16集
劉墉秋夢楠分析案情，秋夢楠只分析到棋盤上的棋子，而劉墉卻想著是誰在下這盤棋，執其棋子的人到底是誰。被賀子楓說服的金婉兒帶著眾人進入臨清州，而且壹時興起想要幫助劉墉查案，於是壹行人來到四海糧行，不料四海糧行已經關門，卻在四海糧行門口遇到了正在監視安四海的秦朗。
第17集
劉墉達到濟南，本以為會受到富國泰的百般刁難，怎知富國泰竟然全力配合，很快便取得通省辦案文牒。三人即刻啟程回臨清州，卻不想家中已經發生大事。發現安四海失蹤的金婉兒等人慌了手腳，賀子楓想要在秋夢楠面前表現執意要去臨清州大牢救安四海被眾人勸下，商定等劉墉回來後再做打算。
第18集
袁長春毒打並審問安小海，想要找到賬本的下落，但安小海卻死不肯說。李爾多無奈之下使出懷柔計策，只得放走安小海，並派袁長春秘密跟蹤，希望可以用此方法找到賬本。秦朗在關帝廟內找到正在磨刀的安小海，得知賀子楓被關在大牢內，並且受傷，秦朗正要帶走安小海，此時卻不想安小海在關帝廟內被壹只飛鏢殺死。
第19集
大牢中，劉墉審問鎮山虎，發現鎮山虎其實是被李爾多冤枉。同時認出在山路山射劉墉壹箭的便是他。劉墉問明鎮山虎要殺自己的理由以及為什麽有殺死自己的機會確沒有下手的原因，知道鎮山虎雖是山匪，但並非壞人，於是放走了鎮山虎。
第20集
柳強帶著募集到的賑災糧來到臨清州，壹時之間臨清州百姓歡騰。在幫助施粥的七彩發現柳強是自己父親的壹個舊友，前往打招呼，在無意中看到柳強竟然帶著父親臨死前手上帶著的扳指，認定柳強便是殺死自己全家的幕後黑手。
第21集
劉喜兒殺人被抓、賑災糧車被劫，兩件事同時發生讓劉墉有些不知所措。他壹面勸慰情緒激動的金婉兒、賀子楓，壹面想要找到破解當下謎團的方法。最終，劉墉決定先救劉喜兒。大堂上，李爾多要對劉喜兒和七彩用刑，逼他們招供，被趕到的劉墉、金婉兒攔住。
第22集
前如何都不能讓劉喜兒和七彩再出半點差錯，否則絕不饒他。李爾多請求張鷹協助他尋找賑災銀車的下落，同時猜測誰才是劫持賑災銀的真正主使者。秋夢南努力尋找能夠洗脫劉喜兒和七彩殺人罪名的證據，臨清州和東昌府兩位仵作***同驗屍。鎮山虎找到劉墉，告知劉墉劫持賑災糧車的是楊嘯林。劉墉分別派出秦朗和賀子楓，命他們設法找到官銀的下落並找到楊嘯林。
第23集
劉墉審問楊嘯林，最終楊嘯林說出劫持銀子是柳強與他合謀做的。柳強事先提供了銀車的路線所以才能如此輕松得手，但還有壹個第三方他不清楚到底是誰。同時楊嘯林說出柳強殺死七彩壹家的兇手。
第24集
永福客棧，劉墉秋夢南討論假禦史案，劉墉告訴秋夢南假傳聖旨壹案的幕後就是當今的皇上！秋夢南完全不敢相信，壹時間有些混亂。劉墉直到索倫圖為徐五圍攻東昌府才明白皇上的用心良苦，所以就順著聖意留了下來。
臧海坤猜測李爾多拿走賬本，劉墉坐山觀虎鬥。鳴冤鼓被錘兒擊打，百姓集體告狀，壹夜之間失蹤五人，且各個身份顯赫，非富即貴。劉墉張貼尋人告示，麻痹綁匪，讓他們放松警惕以便尋找辦案線索。
第25集
經查，秦朗此舉都是事出有因，均是誣陷，劉墉堂上呵斥刁民，大堂外圍觀的百姓交頭接耳議論，不時向劉墉投來贊許的目光。藏海坤和李爾多互相猜疑，李爾多身邊的白龍其實壹直都是藏海坤的人，讓白龍盡快找到人質全部殺掉後迅速撤回，嫁禍劉墉，並參他壹個劉墉辦案不利之罪。
第26集
項悅榕院內給秦朗送飯，並勸說秦朗不要為兄弟的情誼放棄自己的本性，就是因為兄弟情誼項悅榕有些話不能對秦朗明說。金婉兒院內配藥，劉墉趕至，互訴衷腸。秦朗在葛春的幫助下出逃至監獄刺殺白龍，白龍趁機逃出監獄，秦朗追趕。白龍在民宅被擒，秦朗欲殺白龍，被趕來的賀子楓阻止，秦朗憤怒之余，揮刀削掉白龍壹只耳朵。
第27集
劉墉假意遭家暴胳膊受傷，逃至濟南富國泰處避難，富國泰勉為其難，收留劉墉避難，劉墉告知蔡永昌壹案至今未審，富國泰要為劉墉找驛館住下被劉墉拒絕，其實劉墉已經安排秦朗秋夢南提前壹步來到濟南，自己打算隨後就去與他們匯合。
第28集
劉墉和臧海坤談話，秦朗在外守衛，劉墉動之以情，曉之以理，分析富國泰宴請臧海坤其實就是鴻門宴，可臧海坤就是不坦白，繼續包庇，此時殺手已到，室外秦朗等與殺手廝殺。譚川帶領蒙面殺手與秦朗大戰，殺手不敵，死於非命，秦朗摘下他的面具，竟然是譚川，秦朗整個人脫神壹般跪在地上，富國泰刺殺失敗。
第29集
錢公公帶聖旨到，高聲念誦。山東知府劉墉不負聖恩，查辦山東布政使藏海坤貪贓枉法壹案有功，現官復原職，任都察院左都禦史，即刻返京。秋夢南和秦朗卻是有些失落。
第30集
走訪發現，近壹年，附近有不少女孩都失蹤不見了。七彩主動請纓做誘餌，劉墉怕她經驗不足，最終讓秋夢南當誘餌，賀子楓和秦朗暗中保護，鬼大鬼二上鉤，劉墉想讓秋夢南再去，賀子楓擔心秋夢南，主動請纓自己男扮女裝去當誘餌。
第31集
劉墉要壹探妓院的情況，和秦朗到翠香樓，幾個年老色衰的妓女正打著哈欠，劉墉不高興，怕咱倆花不起錢嗎？說完便帶著秦朗離開並掏出壹塊銀元遞給納蘭，隨即拉著秦朗轉身離去。前不遠處壹家名為暖心閣感覺不錯，劉墉帶著秦朗大步走了進去，納蘭隨後跟蹤。
第32集
劉墉查出，這個博天房與那翠香樓之間可能有著某種關聯，因為他們的相同之處，都是在用壹種極其隱秘的方法瘋狂的斂財。翠香樓是花魁之爭，而博天房則是豪賭買命，更主要的是，這兩個場所都存在著草上飛譚川當年所隱藏起來的通緝要犯。鐵龍為更進壹步查清劉墉，也被關入大牢。
第33集
賀子楓夜見王公公，沒想到被秋夢南跟蹤，秋夢南被王公公打傷，賀子楓找王公公理論，卻被告知中毒，並賜三天解藥，賀子楓回到住處看到金婉兒在為秋夢南煎藥，將解藥偷偷放到藥罐裏，秋夢南發現藥味不對，支走金婉兒自己拿出銀針試藥，發現是對自己解毒有用的藥，壹切都了然於胸，只是不知道賀子楓為何這麽做。
第34集
金婉兒攜秦朗探監，發現探視房間裝飾豪華，劉墉被壹群衙役蒙著眼睛擡到探視房間，拿出事先寫好的信讓金婉兒大聲朗讀，自己暗暗地交代秦朗所辦事項。劉墉和金婉兒在探視廳演戲，向劉墉匯報山貨情況，秦朗“偷窺”金婉兒，劉墉和秦朗在探視廳大打出手，狂呼交友不慎，秦朗被獄卒打出牢外，金婉兒以此為由，強留在劉墉特級包房內。
第35集
秦朗來到牢房，通過胭脂，找到劉墉。劉墉帶著秦朗到傅天房，帶著朱任逃向監獄外，劉墉趁機逃向暗道，暗道門壹打開，竟是翠香樓後院。翠香樓被封，劉墉等人通過暗道到達暖心閣，此時朱任蜷縮在角落，煙癮大發，痛苦不堪，富國泰等人繼續尋找劉墉。
第36集
劉墉率眾離開濟南府返回京城。秦朗不相信劉墉真的就此作罷，以為其另有計劃，可壹路走來竟然真是回京之路，終於忍不住前來詢問，劉墉明確告訴秦朗自己並無其他計劃，秦朗心灰意冷，提出辭呈，不想劉墉當即應允下來，並贈銀票當做其返回東昌的路費，秋夢南金婉兒等人雖然對劉墉此舉頗為不解，卻也無奈，只能跟著他繼續上路。
第37集
劉墉和劉喜兒早已不見了蹤影。劉墉已經帶著劉喜兒連夜啟程前往登州，之所以要撇開金婉兒和秋夢南，是因為不想讓此二人跟在自己身邊受到連累，再說跟著自己危險重重。
第38集
賀子楓和秦朗很快找到了鐵龍的所在，對其實施抓捕。劉墉審訊鐵龍得知富國泰在萊州沙河店的地下煉銀廠，劉墉決定立即啟程，押著鐵龍前往萊州，並命劉喜兒將存在日昌錢莊的銀兩取出帶走。
第39集
賈德才在驛館內碰到劉喜兒，富國泰當即判斷出劉墉此次押解公孫宇回京之舉又是壹顆煙霧彈，加上劉墉隊伍中最不起眼的劉喜兒被重用值得懷疑，於是派人調查劉喜兒在登州期間的壹切行蹤，很快便得知日昌錢莊壹事，富國泰心中大驚，斷定劉墉已經查到了自己的根本所在，殺機頓起。
第40集
秋夢南及時向劉墉做了匯報，劉墉聞言大驚，終於道出心中壹直以來都在懷疑的李若喬。秦朗獨自壹人去找李若喬救項武和葛春，在秦朗九死壹生的時刻賀子楓趕到，殺死了隱藏至深的李若喬。
第41集
秦朗拿到賬本後與賀子楓兵分兩路，自己帶著賬本去京城找劉墉，賀子楓則帶著葛春項武去東昌府找煉銀廠。大殿之上，劉墉獻上奏折，列舉山東巡撫富國泰眾多罪行，山東各地官員上奏折彈劾劉墉眾多罪行，劉墉對彈劾罪行供認不諱，劉墉被皇上摘去頂戴花翎，推出午門斬首。
第42集
午門內，公公急忙宣旨，山東巡撫富國泰壹事命和珅前往山東調查，山東各官員上奏彈劾劉墉壹案，免劉墉死罪貶為庶民。然而這壹切都是劉墉預料和安排好的。
第43集
劉墉將秦朗交給他的登峰鏢局賬本拿出翻看，並用毛筆在運往京城“永盛錢莊”做下記號。秦朗提醒劉墉已經是壹介平民，還要繼續查下去，劉墉堅定回了秦朗，只顧王法，不管人情，壹查到底，這也讓秦朗和秋夢南堅定了信心。
第44集
皇上想重新啟用劉墉，夜招劉墉金婉兒進宮，乾隆下棋，劉墉和金婉兒做局為引，全盤托出眼下朝廷裏徇私舞弊結黨營私，文武百官十之八九都變成了富國泰的鷹犬，並且已經達到壹呼百應的程度，小六王爺就是例子。
第45集
劉墉帶領眾侍衛對魚池設施抓捕，此時皇上正在和魏景元探討書法，劉墉等人闖進要抓魏壹，乾隆大怒，劉墉匯報富國泰雖拉攏腐蝕朝廷重臣，但並無反心，魏景元將皇上迷惑於書院，程八尺對峙，魏壹認罪，原來魏景元就是當年乾隆奪取功名的魏壹，由此劉墉斷定，魏景元雖然是富國泰的心腹，但卻是與富國泰貌合心離，各懷鬼胎。
所以，擺布群臣彈劾小六王爺壹事乃魏景元私自為之，其目的是有意暴露“地府”引劉墉來查，迫使富國泰返京，逼他與己同謀。
但魏景元還是小看了富國泰的心機，在得知此事之後便洞察了魏景元的想法，所以將計就計，最後在得到了他想要的那本壹直由魏景元控制，能夠威脅到群臣的名冊之後，便就卸磨殺驢，過河拆橋。