PS:日本抓槍版很嚴，如果發現在電影院裏使用攝像頭拍照將被處以10年以下拘役和1000w左右罰款，大家還是斷了槍版的念頭吧。臺灣預定上映日：2008年7月11日。 完全劇透
米花市的堂本音樂學院裏的練習室裏，河邊奏子聽著壹年級新生水口和連城，這兩人陶醉在其中，但不滿兩人演奏的前輩河邊奏子卻厭煩地發著短信，當他按下發送鍵時，整座房屋突然爆炸，三人葬送火海。
現場留下了長笛的壹節此事，節和鋼琴的碎片。過了兩天，園子邀請小蘭壹家去堂本大廳聽演奏，順便提起要請新壹壹起來，於是小蘭在與新壹的電話中提及此事，而那時柯南正在堂本音樂學院調查，偶遇堂本會館的館長--譜和匠，因此心生疑竇，也沒有註意聽小蘭的說話，
不經意間說了句中傷小蘭的話，因此兩人吵架了。
次日，園子帶小蘭來到有本大廳，分別向她介紹了參加演出的人。
其中有這次的主角秋庭憐子，演奏堂本壹輝，小提琴手山根紫音，調音師來自德國的米拉和替補歌手千草拉拉。
席間元太見憐子認為飲用的茶對下周的合唱比賽有幫助，因此問憐子討要，可惜遭到拒絕。憐子問其緣由，知道他們參加合唱比賽開始練習，在孩子們軟磨硬泡下，答應為他們的合唱作指導。
開始練習後，憐子對替補河邊奏子的山根拉出的曲調不滿，因此獨自抽身離開，前來對爆炸時間進行調查的目暮警官想上去詢問詳情也被他拒絕，壹副冷傲冰霜之氣。
第二天，園子在打網球席間提起了新壹，激起了小蘭的怨氣，但平息過後，突然意識到每次和新壹吵架後，都能言歸於好，特別是國中的那壹次，在那櫻花爛漫的下午，兩人並排而行，卻各視壹方，誰都不肯投降，可小蘭想不起來為什麽後來兩人又能重新走到壹起。
到了孩子們學校歌的那天，憐子漫不經心地聽完壹遍後，就指出了每個人唱歌的不足。柯南和灰原意識到他的絕對音感。練習結束之後，元太想偷喝憐子的茶提高自己演唱記憶，未曾料想茶裏已經下毒，三四天內元太無法正常說話。
憐子也非常吃驚，同時又感到慶幸，如果他喝下這個茶，壹定無法參加這次演出，送元太去完醫院後，憐子嘴上惡狠狠地說要找元太媽媽管教這個亂喝別人東西，另壹方面是想送元太回家，但是禍不單行，回去的路上遭到了卡車的襲擊，幸免於難。
正巧這段時間，學院的四名壹期生相繼死亡，而死亡現場均留下了另兩節長笛，警方因此判斷這起事件和河邊奏子的死有著莫大聯系，開始展開調查，而另壹方面，演出臨近，憐子與往常壹樣，到森林裏散步。
柯南壹早就到憐子家想說服憐子壹起去森林，目的是保護她的安全。在房間裏看到了她前夫相馬光的照片。和壹根短笛柯南軟磨硬泡之下“尾行”憐子壹起去了森林，在那裏遭到了不明兇手的槍擊，憐子的腳被子彈擦破，而當他們被逼上絕路時，那兇手卻放棄射擊，轉身離開。。
為了第二天的演出，柯南與憐子約定和目暮警部隱瞞了當日的事實。而此後目暮警部調查發現憐子丈夫相馬光死於兩年前。當日他與那四個被殺的四個學院學生去外面喝酒後因事故而死，因此可能懷疑是憐子所為。來到了憐子家取證，可遭到了憐子的拒絕，希望壹切等到演出後再說。。
演出當日，上午排練非常完美，但又有壹個音不準，具有絕對音感的憐子和柯南都發現了問題，但那德國來的調音師米拉不知所蹤。也只好不了了之。柯南也跟憐子來到湖邊，卻被陌生人所襲擊。兩人被漂流到壹艘船上，到了運河的上遊。晚上演出開始後，由於始終找不到憐子的身影，只好讓千草拉拉替補開始演唱，當正式演出開始後，隨著鋼琴的落地，會館的壹根根柱子不定時地開始爆炸，驚動了警方，頓時會館變成了火海。但是會館裏面的人卻渾然不知，因為這音樂廳隔音效果非常好，除非等到最後壹根柱子爆炸，主會場不會坍塌。柯南醒來後，發現和憐子在船上，兩人漂到了運河上遊。柯南急中生智用特別的音律喊出了110後得救。兩人來到主會場，柱子壹***24根，還有四根沒炸，經過調查，他們終於發現是有人在壹個音裏裝了壹個炸 彈，當按下那鍵氣流通過那音時，就會引爆壹個炸 彈，演出不斷進行，在思考的間歇，那個鍵又三次被按動，只有壹根柱子沒炸，在這千鈞壹發的時刻，憐子開始用自己的歌喉震住了聽眾，他從邊角緩步走上臺，千草不甘心失敗，繼續自己的演唱，兩人開始在臺上唱兩只完全不同的歌曲，二重奏正在上演，最後，當鋼琴的旋律轉向憐子的amazing grace時，堂本彈奏的音域回到了第壹排，離開了危險的第三排，暫時擺脫了危機，在amazing grace演奏中，柯南也找到了真正的兇手館長譜和匠，他手上的遙控會時刻引爆最後根柱子。柯南就來到了譜和匠面前，揭穿了他的陰謀。原來譜和匠就是那死去的憐子的未婚夫，相馬光的父親，他壹直對害死自己兒子的四個學院學生懷恨在心，因此用此技殺了那四人，同時，他也想殺了那堂本，因為身為調音師的他，在堂本成為鋼琴家的時代，默默奉獻了25年，但兩年前堂本宣布退休，壹級樂手調音師的名譽讓他難以放下架子去為其他琴手調音，只好默默無聞地當了堂本音樂館的館長，不甘心的他想殺了毀了自己名譽的堂本。而且他不想讓自己的兒子的未婚妻就這麽離開，就設計多次襲擊，想阻止出席演出。
最後，高木和佐藤找到了射擊的最佳位置，在灰原的豎笛音符提醒下，柯南成功躲開了危機，子彈正好打中了炸 彈的遙控器。本以為譜和窮途陌路，卻掏出手槍試圖自殺，自殺前他想見堂本最後壹面，說曹操曹操到，堂本走到了他的面前，但當其說明原因後大吃壹驚，原來堂本退休是因為調音師譜和匠年事已高，絕對音感衰退。不希望毀了兩人各自的盛名才做出此次決定，兩人頓時淚流滿面，故事也畫上了完美的句號。
散場後，小蘭意識到那次使他們重歸於好的曲子就是amazing grace，而且是憐子在河邊練曲的時候偶爾他們路過聽到的。
這時突然森林裏有人拉amazing grace，而且確定是新壹在拉。但小蘭沖進森林後只看到柯南捧著提琴，告訴她新壹哥哥要他把這琴交給小蘭姐姐，新壹和蘭又壹次擦肩而過。。。