故事開始在1905年，在巴黎大歌劇院舉行的壹場拍賣會上，拍賣師展示了曾經在著名的Phantom事件中摔得支離破碎的大吊燈(Chandelier)。隨著拍賣師開啟了吊燈上新安裝的電燈，以及Phantom的主題音樂響起，舞臺上壹時燈火通明。
第壹幕
時間回到了30年前。巴黎歌劇院即將退休的老經理給大家介紹新任經理Firmin和Andre。首席女高音Carlotta正準備為兩位新領導獻上壹首Think of Me時，從舞臺上掉下來的壹塊布景引起了騷亂，大家紛紛猜測這是歌劇院的幽靈(Phantom of the Opera)幹的。Carlotta幹脆耍起小脾氣不肯繼續排練，並且離場聲稱不再參加演出。這時，伴舞演員Meg Giry提出讓她的同伴Christine試試看。結果，在排練場和當晚的演出中，Christine的歌喉征服了所有的人，包括當晚到場觀看演出的年輕的貴族Raoul。
在後臺，Meg問Christine是誰教會她這麽美妙的歌喉，Christine卻說不知道，並提起她去世了的父親曾經提到過壹個“音樂天使”(Angel of Music)會來保護並指導她。她也在自己的化妝間裏經常聽到壹個神秘的聲音來指引她練習，可能這就是那個天使。正在這時，已經認出了臺上的Christine就是他兒時的同伴的Raoul來到後臺找她並邀請Christine***進晚餐。二人***同回憶童年幸福時光的親密引起了躲藏在暗道裏的Phantom的極度不滿憤恨。他趁Raoul走開的間隙，用歌聲引誘Christine跟隨自己走入暗道。來到他居住的地下湖心的屋內，並用壹曲Music of the Night表達了自己的愛意。Christine在歌聲中昏睡過去。Phantom則埋頭進行新的歌劇的創作。
第二天，Christine慢慢醒來。強烈的好奇心驅使她壯膽趁Phantom不備而摘下了他的面具。Phantom非常惱怒並且恐嚇Christine將永不得自由。但是轉念他又勸Christine不要因為他的面相而放棄了解他的心靈，並告訴Christine他準備送她回去。
舞臺工人Joseph在和劇院的女孩子們逗笑時正好碰到Phantom把Christine帶回劇院。Joseph出於好奇偷看了他們壹眼，但是Phantom在發現他後就立刻消失在黑暗中。路過並目睹壹切的劇院芭蕾舞教練Giry夫人警告Joseph不要把看到的事情告訴任何人，否則將會遭致Phantom的可怕報復。
自Carlotta出走以及Christine失蹤後，劇院裏因為沒有了女高音而壹團糟。Firmin和Andre看著剛接手的亂攤子壹籌莫展。忙中添亂的是，他們各自收到了寫在信紙上署名O.G.的命令，要求趕快補發積欠他的工資，並且將Christine取代Carlotta成為劇院的首席女高音。Raoul也拿著他收到的壹張警告他再也不要想見到Christine的字條也來質問他們。Carlotta又突然趕來出示了又壹張寫著威脅她不許阻攔Christine的發展道路的字條，並且不聽解釋指責Raoul在背後操縱壹切，是為了捧紅Christine。正在這時，Giry夫人帶著另壹張字條來，她告訴大家Christine已經回來，只是因為很疲憊所以誰也不能見。那張字條上面大意是：今晚演出的歌劇Il Muto必須由Christine來演主角王妃，Carlotta只能演壹個不出聲的傳令仆從，而且劇院的5號包廂必須給Phantom空出好讓他象以往那樣前來觀賞，如果這些命令沒有被遵守，壹場無法預料的災難將會降臨到歌劇院的頭上。
Carlotta無法接受這種安排，她歇斯底裏地咒罵著，於是Firmin和Andre連忙用壹曲Prima Donna來安慰Carlotta，並且不顧Giry夫人的勸阻，公開宣布將不聽從Phantom的指令。這些都被Phantom聽到了。
演出開始了，Raoul故意坐入5號包廂。Phantom被他們的輕蔑激怒了，他先是將舞臺上Carlotta的嗓音變成了蛤蟆叫，導致演出的中斷；接下來又在芭蕾表演的時候把已經被繩索絞死的Joseph的屍體從舞臺天幕上吊下來，引起了觀眾們的慌亂。Christine和Raoul趁著大家的驚慌，逃到了屋頂上。Raoul壹面安慰驚魂甫定的Christine，壹面用壹曲All I Ask Of You向Christine表示了埋藏已久的愛意。這壹切都被躲藏在暗處的Phantom看到。他痛恨Raoul的表白以及Christine的背叛。於是他最後讓劇院的吊燈墜下砸在回到舞臺演出的Christine跟前，以泄憤怒！
第二幕
上次事件結束後，轉眼時間大概6個月後了。這期間，Phantom沒有再來打擾任何人，新的吊燈也安裝好了，新的壹年已經來臨。於是人們在劇院裏舉辦了壹次化妝舞會(Masquerade)來慶祝。Christine和Raoul也攜手***舞，但是誰也不知道他們倆已經秘密訂婚。
正在舞會進行到高潮的時候，突然出現壹個戴著紅色死神面具的客人。來者正是銷聲匿跡許久的Phantom。他帶來了剛剛寫就的壹出歌劇《唐璜的勝利》要求劇院上演。並且，在再度魔法般地消失前，他警告Christine不要妄想逃脫他的控制。
舞會不歡而散，Raoul見Giry夫人心事重重，就上前詢問她是否知道Phantom的底細。Giry夫人對Raoul道出了Phantom的來歷。
劇院裏，二位經理對著新的總譜壹籌莫展，他們既不想聽從Phantom的命令，可又害怕再來壹次意外。這時，Phantom的字條又來了，上面對歌劇院的人事安排等做出了壹系列的指示。而Carlotta和她的情人Piangi又闖了進來，大呼小叫，原來Phantom給Carlotta在戲中安排的是壹個只有合唱的小配角角色。Raoul帶著Christine前來詢問兩位經理到底是否讓Christine出演主角。而Giry夫人又帶著另壹張字條匆匆趕來。Phantom再次警告大家不要違背他的意願，否則會有更嚴重的後果。
Raoul跟兩位經理決定壹切按照Phantom的意思辦，但是將布置崗哨，誘捕Phantom。Giry夫人聽了十分驚慌，極力勸說他們，但是三人不聽。Christine起初不肯，但是經不起Raoul的規勸，遂答應了他。當然，神通廣大的Phantom也沒有錯過他們的談話。
排練開始了。在嘈雜的排練房裏，正在人們忙碌地緊張到了極點的時候，突然放置壹旁的鋼琴自動彈出了樂曲。驚惶失措的Christine奪路逃出，來到了父親的墓地前，訴說自己的憂慮和恐慌，希望能得到父親靈魂的的庇護。突然，Phantom又出現在了她面前，並告訴她自己就是Angel of Music，就是來引導和保護她的。Raoul也聞訊趕到了墓地，並力勸Christine不要相信Phantom的話，並帶走了Christine。Phantom憤怒至極，發誓要報復他們兩個人。
Raoul回到劇院，和兩位經理正在緊急安排警察布哨布崗，準備在《唐璜的勝利》的首演式上抓住Phantom。不過這壹切都沒有逃過Phantom的耳目，Phantom的聲音在劇院各個角落響起，嘲笑他們的狂妄，並且挑戰他們說如果真想抓他，就立刻開演《唐璜的勝利》，否則壹切都會錯過。
演出開始了。按照劇情，Piangi扮演的Don Juan和進入舞臺上的隔間換服裝。卻被早已埋伏在那裏的Phantom用繩索絞死了，並且換上了他的服裝，帶上劇情要求的面具，出來和Christine壹起演唱了劇中壹段優美的詠嘆調The Point of No Return。歌聲剛落，Phantom按捺不住，用柔和的嗓音，向Christine表明愛意。而Christine也覺出對方就是Phantom，並勇敢地揭下了Phantom的面具，露出了Phantom的扭曲的相貌。同時，人們也發現了早已死在布景後面的Piangi。在壹片驚慌中，Phantom帶上Christine，再次消失在眾目睽睽之前，讓Raoul精心布置的陷阱落了空。
Raoul壹時沒了主意，但是Giry夫人提醒他趕快跟著她去地下室。同時，幾乎所有的人都出動，高喊著抓住兇手，到處查找Phantom的蹤影。
Phantom又帶著Christine來到地下室，他正沈浸在小小獲勝的喜悅中，突然又被遠遠傳來的人們的叫喊聲攪亂心情。他質問Christine，為什麽這個世界會因為他的長相就對他這麽不公平。Christine告訴他，這不是世人的錯誤，而是因為他自己封閉了自己的心靈，並且與世人為敵，為了達到目的而不惜殺人或者奪取他人所愛。因此，她對他的感情，已經從同情轉為憎恨。
正在這時，Raoul趕到了地下室。Phantom趁他不防，用繩索套住了Raoul，並且以Raoul的生命要挾Christine做出選擇。Christine不忍愛人的犧牲。她最終鼓起勇氣，用壹個吻，向Phantom展示了愛的力量。
壹個意味深長的吻，如同天堂的光輝，照亮了Phantom的封閉的心靈。Phantom被Christine的堅定的愛的力量徹底折服。他松開了Raoul脖子上的繩索，讓他們趕快離開，並且不要再回來也不要跟旁人提起這裏的壹切。
Christine和Raoul相依走到門口，突然Christine回頭跑到Phantom身邊，將Phantom之前給她帶上的戒指摘下，還給Phantom。Phantom強捺悲哀，目送Christine離去。然後滿懷深情地唱出“Christine I love you...”，繼而消失在了壹片黑暗之中。
尾聲
待到眾人找到了地下室這裏，Phantom早已不知去向。座位上，只留下Phantom的壹只面具。遠處傳來Phantom的歌聲：“It's over now, the music of the night---”