簡單講就是seele軍隊為了進行人類補完計劃，直接進攻NERV。在NERV快被攻下的時候，明日香從昏迷中醒來，駕駛EVA出擊，並與EVA量產機大戰，但沒能打贏。真嗣駕駛EVA出擊，但卻被SEELE利用進行了人類補完（就是量產機帶著EVA飛天），然後壹大段真嗣內心掙紮，最後放棄了補完計劃。而由於已經進行了壹部分，所以人類死絕了，只剩真嗣和明日香……
以下是復制的，我覺得講得很詳細，看看吧
上午5時59分，美理終於知道第2次沖擊的秘密。
律子對MAGI加上666號防壁，SEELE下令直接強行占據NERV本部設施。上午6時正，5國支部MAGI同時入侵NERV本部，目標在奪取MAGI主系統。
同日，SEELE頒報A-801訓令，取消NERV本部所有特權。 戰自大隊入侵，源渡宣報全員進入第壹戰鬥態勢。
第三新東京市遭到N^2爆雷瘋狂轟炸，連同天井都市消失。 7時23分23秒，於46通道發現真嗣。美理出發救援。
明日香被運往貳號機，發射上70米深的湖底。 成功救回真嗣，並帶真嗣往初號機而去。
明日香覺醒，向戰自大隊反擊。 美理在第6緊急電梯入口被槍擊受傷。 美理對真治獻出最後壹吻，之後真治乘電梯到第7收容處。
約2分鐘後，律子意圖執行自爆系統，但失敗。 2分鐘後，貳號機大戰EVA量產機。 美理被炸死亡，享年29歲。 律子被源渡槍殺身亡，享年31歲。
源渡意圖令ADAM與LILITH融合。
貳號機擊敗EVA量產機，電源用盡，但被無故飛來的復制朗基奴斯之槍插中頭部，明日香慘叫。 貳號機暴走，但再被9枝復制朗基奴斯之槍射中。 EVA量產機再起動，並將貳號機肢解。
初號機自行啟動，欲真嗣乘坐其中。朗基奴斯之槍從大氣層飛回初號機前。SEELE所謂的“儀式”開始進行。 EVA量產機在初號機身上刻上聖痕。 EVA量產機與初號機形成了Tree of Sephirot。 S^2機關解放，釋放高能量爆炸，戰自大隊全滅。
地下都市回歸真實面貌，LILITH之卵，黑之月。
18使徒出現。 零背叛源渡，自行和LILITH融合，源渡失去右手。
EVA量產機與零同化。真嗣心理圖混亂。初號機與朗基奴斯之槍同化，形成生命之樹。反AT力場增大，生物已無法保持形態。
補完計劃最後階段。 靈魂之屋開啟，全人類形體化成LCL。 真嗣放棄補完計劃，走出第十八使徒。最後，地球出現生命之海。只剩下真嗣和明日香存活於世。