光戰的故事主要分為兩個部分，其壹是紛爭，其二才是FF1，其中我們稱FF1的世界為世界A，紛爭的世界為世界B 首先我們要從世界A的古代說起，在那時世界A有兩個超文明國度，壹個是魯非因，另外壹個則不明。兩個國家長期處於戰亂，魯非因擅長於魔法的使用和科學的普及（估計也是魔法科學，不然妳看FF1裏他們那身行頭……），而敵國則也用高度發達的科學創造了究極武器OMEGA和召喚獸。
魯非因的人們後來發現了次元的裂縫，從那裏壹部分軍隊來到另壹個世界發現了名為“水晶”的具有巨大能量的晶礦，然而在采集水晶的途中軍隊的絕大多數人被棲息在這個世界的神龍幹掉了。
得到水晶後魯非因的學者開始利用水晶來制造兵器，但是他們發現水晶是類似於生命的幼體壹樣的東西，於是他們利用水晶創造生物兵器，即擁有水晶力量的戰士，然而任何實驗都不是壹次性成功的，那些數以萬計的失敗作被丟棄到了當初發現水晶的那個次元的裂縫中。
由希德為主的科學家通過植入大批研究人員以及希德死去的兒子的記憶和人格創造了第壹個成功的作品，而那個孩子則交給了希德夫婦撫養。
這個孩子長大以後希德的妻子不希望孩子用於戰爭，於是魯非因將希德夫婦關在了魔物的洞穴，並克隆了希德的妻子來方便操縱那個孩子，就這樣這個孩子正式成為了兵器。
這個孩子憑借強大的力量打敗了OMEGA並封印了召喚獸，而希德夫婦也在這時從洞穴中逃出找到了孩子和妻子的克隆人，軍隊發現逃走的三人開始攻擊，最後看到母親受傷的孩子力量暴走打開了次元的裂縫，軍隊全滅而孩子和希德以及妻子的那個克隆人被吸到世界B，而妻子成為了該事件唯壹生還者。
被 引到了世界B的希德發現次元之門已經被關閉，為了打開次元之門就必須要再次讓自己孩子使用那強大的力量，可是自己的孩子已經沒有那個能力，於是希德找到了神龍並和神龍定下契約以沒有肉體為代價讓自己獲得永恒的生命。而為了能讓自己回去希德決定利用妻子的克隆人也是由水晶創造這點來讓自己的孩子通過打敗克隆人來不斷獲得能量最終進化到足夠打開次元裂縫。
畢竟克隆人長得和孩子的母親壹樣，所以希德決定讓神龍凈化孩子並召喚了壹個在世界A的幾百、甚至可能幾千年後的壹個騎士加蘭德來作為引導自己孩子的人。
加蘭德也是曾經壹度擁有和這個孩子壹樣的力量的人，並且因為都被困於壹個自己不想來的世界，於是加蘭德和那個孩子建立了深厚的友誼並認為二者幾乎可以說是壹個人，於是加蘭德把自己曾經變成和這個孩子壹樣的姿態時候的名字送給了他——卡歐斯。
卡歐斯的記憶被清洗後加蘭德開始灌輸卡歐斯“打敗克絲莫斯成為世界霸主”的理念，而希德則讓那個妻子的克隆人成為了與卡歐斯相對的存在——克絲莫斯，但克絲莫斯不具備戰鬥能力，為了讓卡歐斯進壹步成長，希德給予了二神召喚的使命，即二神召喚異世界的戰士來作為自己的棋子來戰鬥，而失敗的壹方則由神龍凈化後復活並繼續戰鬥。
戰鬥就這樣即將展開，希德為了更加確保卡歐斯的成長利用這個世界的水晶創造了最後壹個水晶的戰士並將其投入戰場，這個最後的完成品就是初代光之戰士。
最初蘇醒的光之戰士被秩序方的普利修和混沌方的加蘭德同時發現，後來由普利修搶回，克絲莫斯發現光之戰士身上有希德的氣息於是同意讓他成為秩序方的戰士。
起初光之戰士並不知道自己存在的意義，但是在普利修的引導下他逐漸尋找到了自己存在的價值並擁有了超人的意誌，並且還獲得了壹個普利修給予的名字，但是之後在殘酷的戰爭中普利修被完全消滅，而光之戰士在被神龍再三凈化後也忘記了自己的名字和普利修的存在。（初代後宮就這樣掛了）
之後克絲莫斯召喚了更多的戰士，而光之戰士則在原本秩序方最強的魔導師夏托托離開後擔當著守護克絲莫斯和戰士們的領袖的工作。因為他強大的信念戰士們都很敬佩他，但是也有個別卻對他報以反感，其中高傲的女戰士雷光最為明顯。
然而種種的不服卻讓雷光和光之戰士在後來意外地走得很近，甚至幾乎成為了秩序方的最強拍檔。
但是無數次的敗戰而導致的凈化讓秩序戰士們的力量壹次次被神龍吸取，而不斷成長的混沌方的戰士已經幾乎玩虐秩序方。戰鬥壹次又壹次失敗直至第十二次……
當第十二次的戰鬥秩序方占以數量上的優勢時混沌方卻找到了當初在卡歐斯之前的那些失敗作，並且通過卡歐斯的力量混沌方終於能夠控制這些失敗作。失敗的作品具有模仿附近生命體的能力，於是幻影大軍就這樣誕生了。
在不斷地交手中光之戰士意識到了這場戰鬥的艱難性，而從混沌方獲得真相的凱因在告訴了光之戰士“戰鬥不會完結”的事實後光之戰士決定協助凱因將除了凱因和自己外所有的戰士打入假死狀並通過凈化以至於不會被幻影大軍完全消滅。
但是擁有和光戰同樣實力的雷光卻沒有被凱因打敗，她回到了聖域見到了光戰，二人大打出手。在克絲莫斯喝止後光戰說出了壹切，而雷光決定以自己的意誌去封印次元的裂縫來阻止幻影大軍的蔓延。
最後由雷光、拉格納、梵、尤娜、蒂法組成的小隊和凱因合流後打敗了前來阻撓的混沌方並封印了裂縫，但是在無數的幻影大軍的攻勢下六人終究犧牲。
另壹邊光戰獨自保護克絲莫斯和幻影大軍的本體進行無雙，最後在體力不支下克絲莫斯終於按捺不住自己的負罪感叫出光戰的名字並通過自我犧牲來保住光戰的生命。希德在看到和自己妻子長的壹樣的女性做出這個舉動後終於有所觸動並開始認識到自己的罪過。
最後光戰在廢墟中蘇醒看到包括克絲莫斯在內所有沈睡的戰士被神龍凈化，並看到死去的六人的意識將希望托付給了自己，最後光戰自身也終究被神龍凈化。
被凈化的光戰找到了在上次戰鬥中為了保護自己奄奄壹息的克絲莫斯，而克絲莫斯決定讓戰士們通過找到水晶來獲得最後的機會。
水晶事實上存在於最初克絲莫斯賦予戰士們的力量中，但是只有擁有了絕對的意誌這個力量才能進化為水晶，因為第十二次戰鬥中雷光等人始終對戰鬥抱有疑慮所以水晶始終沒有出現。
而這次當光戰打敗了加蘭德證明了自己的決心後終於獲得了水晶並和同伴們合流回到聖域。
但是水晶是神之力的容器，當容器吸收的力量越多克絲莫斯也就越虛弱，最終完全失去力量的克絲莫斯被卡歐斯壹擊秒殺，而戰士們因為水晶之力得以存活。
最終在從艾克斯德斯口中得到真相後戰士們堅定了最後的決心打敗了再次復活的混沌戰士並朝混沌盡頭出發。
臨近結局卡歐斯終於回想起了以前的記憶，而加蘭德也告之以真相，而神龍發現了希德在利用傳送石來幫助秩序方結束這場戰鬥後終於暴露了自己是為了吸收戰士們的經驗來強化自己的目的，並利用恢復記憶後對自己父親異常仇恨的卡歐斯的心來封印了希德並將自己的力量全部賦予卡歐斯用以消滅秩序方戰士。
但是最終秩序方的戰士憑借自身的意誌和水晶的力量打敗了卡歐斯，最終卡歐斯恢復了自身兒時的人性並成為和父親壹樣沒有肉體的永恒的生命。
被封印的希德解除封印後原本打算讓通過雷光等人遺留的水晶之力復活的克絲莫斯成為世界A的神，但是克絲莫斯因為曾在這個世界留下美好的回憶打算留在這裏和這個世界壹同消亡，而希德則開始去尋找自己的未來。
秩序方的戰士最後來到了世界A，然而在除了光戰以外其余戰士全部消失後，光戰開始邁向不遠處的科尼莉亞，FF1的故事就此展開…… 在光戰來到了世界A後，此時的世界B已經沒有了超級文明，魯非因也落沒為少數研究者研究的對象。更糟糕的是在世界A的四百年前突然出現了四大混沌將這個世界的風停止、大地腐蝕、海面狂嘯、火焰失去了光輝。整個世界處於崩潰狀。
四大混沌中的風之混沌提亞瑪特就是四百年前毀滅魯非因的兇手，魯非因通過記憶傳承的魔法將當初希德夫婦的事件傳承下來，而在提亞瑪特的侵略下殘留的小部分人只能在地面壹條鷹之街上與世隔絕。
後來繼承了希德妻子記憶的魯非人將當年卡歐斯的故事講述給了十二賢者之首的盧卡恩，最後盧卡恩推出將來壹定會有光之戰士手持水晶來到這個世界將這個世界的輪回打破，他所指的就是在B世界打敗了卡歐斯來到世界A的光戰。
當光戰來到了科尼莉亞後等待著他的是國王的請求，公主被綁架了，而兇手居然就是加蘭德，地點是卡歐斯神殿。
但是這個世界的加蘭德根本不認識光之戰士，他的目的只是為了能夠成為科尼莉亞的國王，而且實力也根本沒有那麽強大。在被光戰打敗後加蘭德消失了。
救回公主後國王訴說了盧卡恩的預言，於是將通往北方的橋修好希望光戰能夠如同預言所說拯救世界。於是光戰在得到公主贈送的魯特琴後便上路了。
首先等待著光戰的是巫女的請求，以配藥出名的巫女瑪多亞的水晶眼被人偷走（經證實就是她的眼睛……），於是戰士被拜托去尋找水晶球。
其後在海濱城普拉沃卡光戰打敗了當地的海盜得到了船只來到南方的精靈國（另外這裏是林克的老家？），精靈國的王子在被黑精靈王亞特多斯暗算後陷入了沈睡，無奈之下大臣拜托光戰去西城尋找亞特多斯。
但是在西城廢墟中光戰之看到了壹個殘存的國王，國王請求戰士去沼澤洞窟尋找王冠，這樣才能有望復國，但是當光戰找回王冠後卻發現國王是由亞特多斯假扮的。亞特多斯集合了古代的王冠和巫女的水晶眼妄圖獲得至高的魔力使自己成為真正的精靈王，但是他始終難逃被主角光環消滅的命運。
送回了巫女的水晶眼後巫女出於感謝送了自己配的蘇醒劑便轟光戰走人，而用蘇醒劑救醒精靈王子後王子處於感謝送給了光戰神秘鑰匙。
在回到了科尼莉亞後光戰用鑰匙打開了王宮最深處的大門，從裏面獲得了塵封已久的超級武器——炸藥TNT……
之後光戰來到西方的地精洞穴，拜托當地的地精用炸藥炸開了東西海面之間隔開的路障，其後光戰便來到了西方。
在西面的梅爾蒙德鎮因長期被吸血鬼進攻加上大地的腐蝕已然破舊不堪，而著名的研究魯非因的學者烏尼也居住於此。
於是光戰來到了村子南邊的大地洞穴打敗了吸血鬼，但是大地腐蝕的狀態沒有恢復，而且在吸血鬼身後除了壹塊星彩寶石還有壹塊神秘的石板。
將星彩寶石給予攔路的巨人作為食物後巨人讓出了通往南邊的道路，光戰來到南邊找到賢者並被賜予大地之杖來打開那個石板封印的道路。
最終光戰在大地洞穴的最深處看到了失去光輝的支撐大地之力的水晶並遇到了地之混沌巫妖。打敗他後大地水晶恢復了光輝，大地也停止了腐蝕。
其後光戰來到新月之鎮，在這裏光戰見到了十二賢者得知了世界A崩潰的真相並得到了獨木舟。於是在十二賢者指引下光戰來到新月鎮北面的格魯格火山打敗了火之混沌六臂蛇妖並讓火之水晶恢復了光輝。
接著光戰在冰之洞窟裏面找到了當年希德創造的浮遊石，利用其在南方的沙漠中找到了希德的飛空艇（順帶壹提，紛爭的世界裏面對應著這塊沙漠的地方就是凱因將昏睡的戰士們送往的地方。）
得到了飛空艇後光戰來到北方諸龍之島會晤了龍王巴哈姆特，接著通過試煉得到勇氣證明老鼠尾巴最終巴哈姆特授予其新的力量變為騎士（其實就是紛爭裏面的EX，這裏只能解釋為光戰來到世界A後沒了EX能力……）
接著光戰來到昂拉克鎮在這裏得知200年前水之混沌肆虐、水之水晶的神殿沈落海底的故事，其後北方的蓋亞鎮，得知妖精被當地的流氓抓住賣給了商人。在贖回妖精後妖精出於感謝送給了光戰空氣之水，這樣便能在水中呼吸了。
回到昂拉克在海邊的女性將壹切托付給光戰便消失了，事實上她是海民的公主的鬼魂……
來到海底神殿光戰見到了殘存的人魚並得到了古代玫瑰石，其後打敗了水之混沌北海巨妖後水之水晶恢復了光輝（北海巨妖就是電影諸神之戰裏面那個大得離譜的貨）。
其後光戰回到梅爾蒙德，在烏尼的幫助下光戰學會了魯非因的語言，於是光戰來到了鷹之街得知了關於提亞瑪特的事情並得到了鐘石，同時在瀑布的洞穴中找到了古代的機器人得到了跳關方塊。利用這兩樣東西光戰終於來到了魯非因的古都浮遊城。當年在卡歐斯暴走後希德的妻子告訴了族人事態的嚴重性，族人們將整個國家利用浮遊石漂浮在了空中。
在這裏光戰找到了終極劍刃材料精金，同時投過全息影像看到了四大混沌的力量在匯聚於世界的中央。
最後光戰打敗了風之混沌提亞瑪特，風之水晶的光輝也重現。
在得到精金之後，地精洞穴裏的老鐵匠處於興奮打造了EXCALIBUR送給光戰，這把和紛爭裏面光戰的劍幾乎壹樣。
當然在這裏也不得不說壹下關於裏世界的事情。雖然作為遊戲中的隱藏劇情但是仔細攻克後會發現這裏很多都和主線息息相關而且很有趣。
四大混沌消失後裏世界的封印也被依次解除，在這些裏世界等待著光戰的有黑暗之雲的四大護法、高貝茲的四大天王、泰豐、奧魯特洛斯、死亡列車、死亡鳥、OMEGA以及紛爭的元兇神龍，還有穿越找聖劍的基伽美修。
其中光戰在裏世界拜訪了妖精村並發現原來妖精分為善惡兩類，在幫助那些魔物的靈魂超度時光戰再次遇到了吸血鬼和亞特多斯，同時光戰在地精的洞穴幫助地精住人解決各自問題，最終再次用得到的星彩寶石讓巨人讓了路。
最特別的是在死亡列車的詛咒下壹個原本美麗的小鎮變成了喪屍的死城，幸虧最後幹掉死亡列車後詛咒得以解除。
而基伽美修則攪得人魚們壹陣恐慌，最終拿到假聖劍後想拿光戰試劍卻因為拿了假的再次被打入次元裂縫……
裏世界完成後光戰回到科尼莉亞見到了當初打敗加蘭德後見到的神秘人，而這個神秘人壹聲不吭離開了，來到卡歐斯神殿後光戰再次發現那個神秘人並看見他打開壹個密道，來到密道後神秘人請求光戰接受考驗闖入了時之迷宮。
時之迷宮是神秘人創造的世界，用來封印某個巨大的力量，在這裏戰士活動的時間很有限，而想通過試煉則除了強大的戰鬥力還得擁有最強的判斷力。
在通過了各種試煉後光戰來到了時之間，在這裏神秘人告之自己創造時之迷宮的目的是為了能夠找到打敗時之主的人。
其後時之主克羅諾迪亞現身，他集合了世界上全部的混沌之力並妄圖吸收光戰的力量，他已有的力量中甚至包括了四大混沌和卡歐斯。在壹場死戰後光戰打敗了克羅諾迪亞，時之迷宮得以解放。
最後光戰在當初打敗加蘭德的地方見到了化身為蝙蝠的5位魯非人，在魯非人的指引下光戰用水晶打破了黑水晶的封印來到兩千年前的卡歐斯神殿，並用公主的魯特琴彈奏水晶序曲打開了最後的道路，打敗了2000年前的四大混沌後光戰來到最深處，而在那裏等待著光戰的卻是加蘭德。原來當初加蘭德在擄走公主被光戰打敗後被四大混沌拯救並傳送到了2000年前獲得了混沌之力，在這裏他創造了四大混沌並將他們送到未來去救自己，於是世界A的輪回就這樣誕生了。為了能夠讓這場輪回繼續、自己得到永生，加蘭德變為卡歐斯決定殺死光戰，但是最終還是被光戰打敗，但是加蘭德沒有死去而是被突然打開的次元裂縫吸入來到了世界B當紛爭還沒有開始的時候……
然而當世界A的輪回被光戰斬斷後，世界產生了另壹個未來：世界上沒有出現四大混沌，加蘭德也沒有走入歪路。但是人們卻忘記了光之戰士，但是那份存在於內心的光輝卻永生不滅……