註：704集以前借鑒了芮芮208的回答，705集以後為自己整理純根據記憶劇情手打如果認為整理的細致請采納
集數參照為拆分前的TV集數，與愛奇藝集數有差別，參考請搜索TV對照表
001 雲霄飛車殺人事件（琴酒、伏特加出場，工藤新壹被灌下藥變小）
002 董事長千金誘拐事件（阿笠博士知道他的身份，工藤新壹化名為江戶川柯南）
004 大都會 暗號地圖藏寶事件（少年偵探團成立）
005 新幹線大爆破事件（知道黑衣人代號）動畫、漫畫劇情不同
013 奇怪的尋人事件（宮野明美第壹次出場）動畫漫畫劇情不同
043 江戶川柯南誘拐事件（工藤夫婦知道新壹變小）
049 外交官殺人事件（後篇）（服部平次登場，工藤新壹第壹次恢復）
054 電玩公司殺人事件 （龍舌蘭出現，被炸死）
058 福爾摩斯迷殺人事件（後篇）（平次知道柯南的身份，二人成摯友）
118 浪花連續殺人事件（沼淵己壹郎第壹次出場，被警方逮捕）
128 黑暗組織10億搶劫事件 （宮野明美死亡，黑衣組織浮出水面）
129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件 （灰原哀出場，組織代號“雪莉”，說出藥名是APTX4869）
130 競技場無差別恐嚇事件（前篇）（灰原說：“工藤，我想妳從來沒想過吧，半世紀前妳已經在我們組織進行的秘密計劃中，已經有很大關聯了。”）
162 飛天密室 工藤新壹最初的事件 （小蘭回憶工藤新壹最初的事件）
170 黑暗之中的死角（前篇）（重要人物新出智明醫生登場）
176 與黑暗組織的再會（灰原篇）（匹斯可出場，任務為暗殺吞口重彥。貝爾摩德出場）
177 與黑暗組織的再會（柯南篇）（宮野誌保第壹次恢復，匹斯可知其身份）
178 與黑暗組織的再會（解決篇）（匹斯可被琴酒滅口，灰原哀逃脫。揭示貝爾摩德組織成員身份）
188 危命的復活 洞窟內的偵探團
189 危命的復活 負傷的名偵探
190 危命的復活 第三種選擇 （工藤新壹第二次恢復）
191 危命的復活 黑衣騎士
192 危命的復活 新壹回來了
193 危命的復活 約定的場所
222 人魚失蹤記（事件篇） （提到了宮野誌保，暗示灰原的研究與長生不老有關）
226 格鬥遊戲的陷阱（前篇）（茱蒂出場）
227 格鬥遊戲的陷阱（後篇）（茱蒂稱呼柯南為Cool guy小酷男）
230 謎壹樣的乘客（前篇）（赤井秀壹出場。灰原感覺到汽車上有強烈的組織成員氣息）
242 元太的災難（提到琴酒是左撇子）
254 本廳刑事戀愛物語4（後篇）（新出醫生可能發現了柯南分析案情並利用變聲器）
258 來自芝加哥的男子（前篇）（詹姆斯·布萊克出場）
259 來自芝加哥的男子（後篇）（詹姆斯稱呼柯南為福爾摩斯、Cool guy）
269 犯罪的遺物（前篇）（毛利小五郎的卷宗被盜，目標直指柯南）
270 犯罪的遺物（後篇）
272 急忙掩飾的忽略（後篇）（柯南被懷疑，形勢危急）
274 幽靈屋的真相（前篇）（新出醫生住所，柯南也認為新出聽到了柯南分析案情）
277 英語教師VS西部名偵探（前篇）（柯南讓博士調查克麗斯·溫亞德）
284 中華街雨中的似曾相識（前篇）（小蘭回憶起包含克麗斯和秀壹的紐約的事情）
285 中華街雨中的似曾相識（後篇）
286 工藤新壹紐約事件（事件篇） （知道克麗斯是美國已故大明星莎朗·溫亞德的女兒）
287 工藤新壹紐約事件（推理篇）
288 工藤新壹紐約事件（解決篇）（貝爾摩德殺死真正殺人魔後假扮成殺人魔登場，赤井秀壹對其進行追蹤。蘭知道秀壹是FBI。貝爾摩德打算殺死秀壹，卻被打傷。蘭和新壹救下受傷的殺人魔。結尾處，莎朗對有希子說：“我也有我的angel了。”為後續劇情作鋪墊）
290 迷途森林中的光彥（後篇）（提到沼淵己壹郎是組打算培養的殺手，卻被其逃脫。最後沼淵再次被警方逮捕）
307 無聲的證據（前篇）（得知龍舌蘭生前信息，再次抓住黑暗組織的尾巴）
308 無聲的證據（後篇）（下壹集的引子）
309 與黑暗組織的接觸（交涉篇）（柯南、小蘭路上偶遇赤井秀壹。小蘭告訴柯南秀壹是FBI。柯南得知組織在雇傭電腦工程師編寫壹個神秘的系統軟件）
310 與黑暗組織的接觸（追蹤篇）（對板倉卓的日記進行詳細研究，獲得情報）
311 與黑暗組織的接觸（決死篇）（追蹤組織，險些被琴酒發現。灰原哀對赤井秀壹有感覺）
335 東京現影所的秘密（前篇）（柯南、灰原被跟蹤，山雨欲來）
336 東京現影所的秘密（後篇）（追蹤者為秀壹手下，跟蹤失敗。秀壹對著灰原的照片說：“真是像啊。”）
339 四輛保時捷（後篇）（茱蒂、赤井發現灰原與黑衣組織有聯系。貝爾摩德在博士家安裝竊聽器，得知了灰原的身份）
340 廁所裏隱藏的秘密（前篇）（柯南等人去尋找灰原父母可能留下的信息）
341 廁所裏隱藏的秘密（後篇）（灰原在廁所中找到了媽媽的錄音留言）
343 便利店的陷阱（前篇）（茱蒂辭去老師職務，貌似有所行動）
344 便利店的陷阱（後篇）（小蘭發現茱蒂老師公寓墻後的照片，引起對茱蒂身份的懷疑。為下壹集中小蘭從茱蒂的後車廂出現，並救下灰原，做出了鋪墊）
345 直面黑色組織的對決！滿月之夜的二元神秘事件（茱蒂、赤井、詹姆斯身份為FBI，貝爾摩德真實身份是克裏斯同時也是莎朗，壹直假扮為新出醫生行動。貝爾摩德對柯南承諾：放棄雪莉。解釋了286～288《工藤新壹紐約事件》的全部線索）
346 尋找屁股上的印記（前篇）（為上壹集善後，茱蒂希望哀參加證人保護計劃）
347 尋找屁股上的印記（後篇）（哀拒絕參加證人保護計劃）
361 帝丹高中的學校怪談（前篇）（真正的新出醫生回歸）
372 沈默的航線（後篇）（柯南對345集中貝爾摩德給Boss發郵件時的按鍵音有些奇怪的感覺）
375 星星和香煙的暗號（後篇）（柯南聽到山村警官給他奶奶打電話的按鍵音和貝爾摩德的按鍵音相似，推測Boss在鳥取縣）
387 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音（尾奏曲） （柯南發現組織Boss的郵件地址是《七個孩子》的旋律）
394 奇異屋宇大冒險（封印篇）（組織Boss的郵件地址被柯南破解。哀似乎有些了解Boss，警告柯南這個郵件地址是“潘多拉的魔盒”）
425 黑色沖擊！被組織的魔掌觸碰的瞬間 （組織成員水無憐奈、基安蒂、科恩出場，暗殺任務被柯南、FBI阻止。烽煙再起）
429 無法回到從前的兩人（前篇）（本堂瑛佑出場）
462 黑暗組織的影子 年幼的目擊者 （本堂瑛佑行事奇妙，引起柯南註意）
463 黑暗組織的影子 奇妙的照明
464 黑暗組織的影子 謎樣的高額報酬
465 黑暗組織的影子 珍珠的流星 （結尾提到貝爾摩德的口頭禪）
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（後篇）（找到本堂瑛佑的父親的照片）
491 紅與黑的碰撞 開端
492 紅與黑的碰撞 血緣
493 紅與黑的碰撞 絕叫
494 紅與黑的碰撞 冥土
495 紅與黑的碰撞 昏睡
496 紅與黑的碰撞 侵入
497 紅與黑的碰撞 覺醒
498 紅與黑的碰撞 攪亂
499 紅與黑的碰撞 偽裝
500 紅與黑的碰撞 遺言
501 紅與黑的碰撞 嫌疑
502 紅與黑的碰撞 潔白
503 紅與黑的碰撞 決死
504 紅與黑的碰撞 殉職（赤井疑似死亡）
508 卡拉OK包房的死角（後篇）（本堂瑛佑得知柯南是工藤新壹。當他說FBI發生了事情時，柯南壹邊笑，壹邊說：嗯，沒事。使赤井之死顯得更加神秘）
509 紅白黃色與偵探團（水無憐奈給FBI傳遞信息，組織派出壹名代號為“波本”的成員專門調查雪莉。沖矢昴出場，灰原哀察覺出異樣）
510 柯南VS W暗號之謎（柯南把家借給沖矢昴，並說：作為回報，要好好看家。昴成功躲過蘭的攻擊，並偽裝的像被踢到壹樣，搏擊技術應該不錯）
511 推理對決！新壹VS沖矢昴（漂亮的推理同步直播，沖矢昴推理能力和柯南不相上下。昴喝波本酒）
521 殺人犯 工藤新壹
522 新壹的真正身份和蘭的眼淚（工藤新壹第三次恢復）
542 讓魚兒消失的壹角巖（前篇）（沖矢昴代替博士來接少年偵探團，灰原對柯南說出她對沖矢的懷疑）
543 讓魚兒消失的壹角巖（後篇）（沖矢昴的言語直逼灰原，灰原再次感到壓迫感。結尾處，灰原盯著工藤家說：那個人、果然是……）
563 偵探團VS強盜團（騷亂）（回憶秀壹潛入組織前與茱蒂分手。與臉上有燒傷、疑似秀壹的人登場。茱蒂被卷入強盜案）
564 偵探團VS強盜團（沈默）（“傷疤男”自始至終沒有說話，最後右手開槍救了柯南。少年偵探團知道茱蒂身份）
578 召喚危機的紅色預兆（偵探團說道銀行搶案中看到類似秀壹的人物，柯南大吃壹驚。FBI在尋找秀壹；沖矢昴也出現在米花百貨商廈）
579 黑與13的暗示（疑似秀壹的男子和沖矢昴同時出現。商廈遭炸彈劫持，局勢再次混亂，赤井之死遭疑）
580 緊迫黑色的時限（基爾被懷疑身份，琴酒準備讓基安蒂狙擊疑似秀壹的人）
581 紅色的搖擺目標（沖矢昴稱組織為“笨狼”，對柯南似乎很了解，言語中好像對柯南傳遞了某些信息似的。“傷疤男”對著狙擊槍輕蔑的壹笑。貝爾摩德傳達Boss指令，琴酒下令撤退，並似乎不再對基爾表示懷疑。“傷疤男”是否為真秀壹被質疑）
616 福爾摩斯的默示錄（名偵探的弟子）
617 福爾摩斯的默示錄（Love is 0）
618 福爾摩斯的默示錄（撒旦）
619 福爾摩斯的默示錄（Code break）
620 福爾摩斯的默示錄（草場女王）
621 福爾摩斯的默示錄（0 is Start）（工藤新壹第四次恢復，工藤新壹第壹次向小蘭正面表白）
623 緊急事態252（後篇）（沖矢昴行為詭異，證明了他有極強的洞察力，身手也不凡。灰原再次對沖矢昴有組織感覺）
646（偽651） 幽靈旅館的推理對決（前篇）（世良真純登場，自稱偵探，身份可疑）
647（偽652）幽靈旅館的推理對決（後篇）（世良似乎對“新壹”的名字有耳聞。之後轉到小蘭班上）
648（偽653）偵探事務所籠城事件（勃發）（世良來偵探事務所打聽柯南信息，柯南感覺她可能很像自己認識的某個人。偵探事務所遭炸彈劫持，事態危急）
649（偽654）偵探事務所籠城事件（狙擊）
650（偽655）偵探事務所籠城事件（解放）
651 柯南VS平次 東西偵探推理對決
658 巧克力的炙熱陷阱
663 追逐深山鍬形蟲
664 名犬Cool的功勞Ⅱ
665 疑惑的姓名首字母K
666 雨夜的恐嚇犯
669 黑暗塔的秘寶（前篇）
670 黑暗塔的秘寶（後篇）
677 沒有腳印的沙灘
678 長崎謎之劇場（幕末篇）
679 長崎謎之劇場（現代篇）
680 仙人掌狂想曲
686 裝載了定時炸彈的汽車
687 誰都解不開冰凍的圈套
688 高木警官撿到3000萬
689 來自委托人的留言
701 漆黑的特快列車（發車）
702 漆黑的特快列車（隧道）
703 漆黑的特快列車（交叉）
704 漆黑的特快列車（終點）
705 密室裏的柯南
706 解密的波本
722 香甜冰冷的快遞（前篇）
723 香甜冰冷的快遞（後篇）
734 茱蒂的追憶與賞花的陷阱
738 小五郎在酒吧裏（前篇）
739 小五郎在酒吧裏（後篇）
740 小蘭也倒在浴室裏了（前篇）
741 小蘭也倒在浴室裏了（後篇）
744 嫌疑人是京極真（前篇）
745 嫌疑人是京極真（後篇）
759 結局驚人的戀愛小說（前篇）
760 結局驚人的戀愛小說（後篇）
770 氣氛僵硬的茶會（前篇）
771 氣氛僵硬的茶會（後篇）
772 工藤新壹水族館事件（前篇）
773 工藤新壹水族館事件（後篇）
779 緋色的序章
780 緋色的追尋
781 緋色的交錯
782 緋色的回歸
783 緋色的真相
813 悄靠近安室的黑影
814 博客女演員的密室案（前篇）
815 博客女演員的密室案（後篇）
822 嫌疑人是恩愛情侶（前篇）
823 嫌疑人是恩愛情侶（後篇）
827 好吃得要命的拉面2（前篇）
828 好吃得要命的拉面2（後篇）
836 關系不好的女子樂團（前篇）
837 關系不好的女子樂團（後篇）
843 偵探團的各執壹詞（前篇）
844 偵探團的各執壹詞（後篇）
847 千葉的UFO疑案（前篇）
848 千葉的UFO疑案（後篇）
849 結婚申請書的密碼（前篇）
850 結婚申請書的密碼（後篇）
853 櫻花班的回憶（前篇）
854 櫻花班的回憶（後篇）
861 與17年前壹樣的案發現場（前篇）
862 與17年前壹樣的案發現場（後篇）
863 靈魂偵探遇害事件（前篇）
864 靈魂偵探遇害事件（後篇）
866 背叛的舞臺（前篇）
867 背叛的舞臺（後篇）