內容:
背景：隨著調查的深入，黑暗組織逐漸現形，工藤優作因發現組織的
龐大而拜托國際刑警插手。在日本警方及科南的協助下幾次阻止了
其活動，黑暗組織決定報復。
黑暗組織偷襲了阿笠博士的家，捉住了少年偵探團，並留下了要工
藤新壹獨自前往營救的暗示。
在黑暗組織的總部，Gin發現了哀的真實身份並以少年偵探團的生
命要挾其制作縮小藥的解藥。早已深思熟慮的哀在壹天內制作出解
藥和假死丸，並巧妙的將胖子的毒藥換成假死丸。Gin果然在得到解
藥後命胖子殺死阿笠及少年偵探團。。。。
科南迅速揭開暗示之謎，並趕往黑暗組織的總部，而壹切被蘭看
到。在蘭的要求下，小五郎和警方對暗示苦思不解，小五郎在睡夢
中突發靈感而揭開謎題。
在黑暗總部，組織boss大犬出現，其竟是日本內閣大臣。大犬道
出黑暗組織的秘密：裕仁天皇臨終前留下壹份血書，寫有黑暗雲雲。
內閣以為是天皇要建立黑暗組織的遺願。因而黑暗組織壹直得到政
府暗中支持而屹立不倒。而時隔數十年組織仍無法真正揭開血書的
含義。
Gin給哀服下解藥後告訴胖子釋放哀。對大哥唯命是從的胖子放
了哀，突然Gin被槍擊倒。真正的Gin出現並揭穿之前的他是基德
假扮的。
大犬此時說出基德之父其實是組織的特工，從事盜竊工作，而後
來因組織的行動得罪外國而被迫殺其頂罪。
Cris（女教師）道出科南是新壹的秘密，交給科南壹份血書，要求
其揭開血書之謎並以縮小藥的解藥誘惑。科南解開血書之謎，原來
是天皇死前寫下的懺悔和對日本未來的擔憂。大犬立時呆在當
場。。。。。
蘭趕到現場，正碰到Gin要科南留遺言。科南對蘭道出真相並表白
後Gin開槍，蘭替科南擋下子彈。哀對此震驚不已。。。。。。。
科南終於在緊要關頭用麻醉槍射中Gin，而哀與胖子在搏鬥中壹同
從樓上跌下。
對藥物有強烈抗性的Gin居然轉醒，射殺大犬後欲殺科南。而對
coolguy十分欣賞的Cris出手阻攔，兩人都受了重傷。
工藤優作，小五郎和目暮等人趕到，小五郎對組織的小嘍羅大打
出手，十分英勇。
在眾人的圍攻下，Gin道出自己的野心和自己身為天皇與美國女
政治家Gino的私生子的秘密後自殺。Cris此時說出自己是美國安插
在組織裏的間諜，原來美國也想控制組織。
基德離去之後眾人急忙將蘭和哀送往醫院，並驚訝的發現哀又變
回小孩。
黑暗組織被偵破，而解藥只剩下壹顆。哀被診斷為腦震蕩，醒來
後只記得眾人名字而對其他忘的壹幹二凈。蘭仍昏迷不醒，大夫說
若長期昏迷可能變植物人。服部建議科南變回新壹來喚醒蘭，科南
只好如此。而科南變身時被布美看到。
深夜布美來到病房偷吻了新壹後離去，並與光彥，元太約定保守
新壹的秘密。
蘭終於在新壹的悉心照料下康復。
由於這件案子，眾人都變成名人，蘭很不適應。優作則要求新壹
及蘭壹起前往美國讀大學。妃回到毛利身邊並要蘭去美國。而毛利
因英勇表現而被聘回警局當重案組組長，此時毛利道出早已知道
科南是新壹而故意不說破的真相。
夕陽中，新壹看到哀和少年偵探團開心的玩耍而頗感欣慰。
在機場，眾人歡送新壹和蘭離去，只有哀偷偷轉過身去對著自
己和柯南的照片垂淚。。。。。。