《戰後之戰》故事發生在解放戰爭時期。潛伏在國民黨內部的中***地下黨員馬昀飛（於震 飾）被任命為國防部特勤組長，帶人到東京押解南京大屠殺的元兇石巖夫（劉文治 飾）回國審判。
不料壹路上受到種種波折和阻撓，裏面有軍國主義的死硬分子，也有隱藏在軍委會的漢奸高官。特勤小組在馬昀飛帶領下，始終將民族大義和國家利益放在首位，沖破各種艱難困苦，終於將戰犯押解至南京法庭，並捎帶揭露出731細菌部隊的駭人暴行。
正當完成仼務準備歸隊，聞訊傳來石巖夫舊部劫獄的消息，馬昀飛再次飛赴壹線，與其劫獄舊部展開搏殺，他的英勇行為連壹直監視他的孟凡彬（黃俊鵬 飾）都感到由衷贊嘆......
電視劇《戰後之戰》根據紀實小說《大劫獄》改編，在原著小說精彩紛呈的描述基礎上，電視劇運用“好萊塢電影”的拍攝思路，將這條引渡之路布滿重重危險，而其中人物關系也異常復雜。
隨著馬昀飛等人擺脫石巖夫舊部的追搶，卻迎來身份不明的軍統人員的追蹤，除此之外，另壹撥日本特高課也要將石巖夫所布下的在中國的奸細名單拿到手，這兩路難以擺脫的人馬逼的馬昀飛等人屢屢鋌而走險。
不敢走大路，不敢坐快車，只能時而徒步，時而馬車，間或搶輛軍車，艱難行走。但是，石巖夫在戰爭中所犯下的滔天罪行，並不是這幾路人馬想救之、殺之即可了事的，途徑他曾經施暴過的村莊，普通的村民也無法諒解他此刻的被俘，反而是人人得而誅之便後快。