著名的高中生偵探工藤新壹收到了來自世界知名建築家——森谷教授的請帖，森谷教授打算在自己的宅邸中舉辦壹場晚會，他邀請工藤新壹前來赴宴。江戶川柯南、毛利蘭和毛利小五郎代替新壹應邀出席。與此同時，城市內發生了塑膠炸彈大量失竊的案件。那個自稱犯人的男子打來預告電話，與江戶川柯南展開了博弈。犯人再次打來電話，並說到：“工藤為什麽沒來！”隨後，兇手連續發來炸彈預告。炸彈究竟被安裝在了什麽地方？城市內的人們陷入了恐慌。就在江戶川柯南絞盡腦汁查找炸彈所在之處時，毛利蘭前去百貨商店購買要送給工藤新壹的禮物。萬萬沒想到，那棟百貨商店內就被安裝了炸彈！江戶川柯南奮力前去救毛利蘭！
2.《第14個目標》
目暮警官、小蘭的母親妃英裏、阿笠博士接連遭到不明身份之人的暗算。柯南追蹤傷害阿笠博士的兇手，他根據幾起案件現場留下的線索發現兇手按照撲克牌的順序行兇，而且遇害者皆與毛利小五郎有關。目暮提供的線索初步揭開事情的真相，原來毛利當年任職警察的時候曾經逮捕犯下殺人罪的賭徒村上丈，當年也更因這壹事件導致毛利離職以及婚姻變故。十年後，服刑期滿的村上丈出獄，開始按照撲克牌的順序向毛利身邊之人展開報復。在得知原委後，毛利努力尋找身邊與數字有關的人。在這壹過程中，各種驚險場面接連出現。而柯南也對案件的真相產生疑惑。
3.《世紀末的魔術師》
小蘭的朋友原子家鈴木財團準備展出他們家珍藏的沙皇尼古拉二世家的寶物——回憶之卵，回憶之卵裏收藏了沙皇尼古拉二世壹家的珍貴照片，由此特別珍貴。豈料在展出之前，卻收到了怪盜基德的通知函，上面用迷語的方式列明他盜寶的時間。原子找到小蘭的爸爸名偵探毛利小五郎幫忙，當然，真正的幕後高手柯南也會和小蘭壹起前來。柯南遇到了同為偵探的服部平次，兩人決定壹起聯手解開怪盜基德之謎！
4.《瞳孔中的暗殺者》
毛利小五郎、柯南和眾多警察參加白鳥警官妹妹的婚宴，席間突然停電，小蘭和佐藤美和子警官都在廁所中，正當小蘭拿起身旁的手電筒時槍聲卻響起，而佐藤警官也為了保護小蘭而挨槍。聽到槍聲的小五郎等人湧入廁所時犯人卻已不留痕跡地脫逃了。這時，小蘭卻因承受不了佐藤警官重傷昏迷的打擊，從而患了逆性健忘！雖然記不起身邊的事，但卻可以照顧自己的日常生活。失去記憶的蘭不斷受到犯人的攻擊，為了找回記憶，眾人帶蘭去熱帶公園，卻誤認為找到真兇而放松警惕。此時，找出真兇的柯南趕往樂園保護蘭。
5.《通往天國的倒計時》
柯南壹行人在露營的回家途中順道參觀壹座位於西多摩市境內即將在近期完成的全日本最高雙塔摩天大樓。而這摩天大樓的擁有者同時也邀請了小五郎與小蘭前來參加開幕典禮，因而與柯南壹行人偶然巧遇。壹行人在秘書的帶領之下參觀了這座兩棟長的壹模壹樣的最尖端高科技雙塔摩天大樓。但是，此時在這摩天大樓裏卻出現了多位與此建築物有著不同關系的人士，不久之後第壹個殺人事件發生了。而且，令人不敢相信的是《黑暗組織》的成員竟然同時也在大樓附近出現，這讓人不免聯想到灰原哀自從那些日子以來，在深夜裏究竟是在跟誰聯絡。 而柯南的真正身份會被那些家夥發現嗎，且灰原哀真正的身份又是？
6.《貝克街的亡靈》
柯南、灰原及少年偵探隊成員們接獲全世界遊戲業界價值觀的模擬遊戲"繭"的發表會邀請，前往參加這場受到全世界矚目的發表會，並陰錯陽差的混入政界、財經界以及演藝界等代表人物的小孩群中，趁機乘上"繭"。另壹方面，"繭"的研發者兼負責人-堅村，竟然在發表會會場遭到殺害，而在這起殺人事件發生的同時，壹個自稱"諾亞方舟"的人工智慧闖入"繭"的電腦系統，並切斷身處虛擬世界的 50 名孩童所有能與外界連結的管道，對現實世界中所有招待者宣布:"在這場解決歷史事件的遊戲中，只要有壹個人能夠存活到最後就算妳們贏。不過如果沒有人能夠存活到最後，參加遊戲的所有人就會葬命於此。"開始了壹場失控的遊戲。
7.《迷宮的十字路》
講述在東京、大阪和京都三地發生了殺人事件，死者每人手中的《義經記》都被兇手奪走，接著，柯南等人由於壹尊佛像被偷而受邀前往京都解謎，並在那碰到了同目的另外也尋找初戀情人的平次。 在稠密的京都十字路口，隱藏於歷史陰影的謎題即將揭開。
8.《銀翼的魔術師》
知名舞臺劇女演員牧樹裏這日收到怪盜基德的預告信：在26個字母的盤旋飛舞中，他來拜領無價的“命運的寶石”。毛利小五郎受到牧樹裏委托將信件分析，認為基德將在演出最後壹晚前來盜取寶石，當晚他及柯南、小蘭等人來到劇場，那裏早有諸多警察守候。有壹起殺人計劃正被精心設計。
9.《水平線上的陰謀》
影片以壹艘承載了600名乘客和船員的大型豪華客輪為舞臺，講述了柯南與小五郎聯手解決船上的殺人事件，並解救大家逃離沈船危機的故事。這場處女航行的重頭戲--歡迎酒會就在這種人心惶惶的氣氛中開始，而小五郎與柯南也在會場中展開了壹場推理大賽。原本以為還差壹步就能找到事件的真相，沒想到此時船內的引擎室卻突然發生大爆炸，原來犯人在亞芙蘿蒂號的主要設備上裝置了炸彈。爆炸後搖晃不停的船身讓船員與乘客陷入壹片恐慌，船上600條人命已完全掌握在犯人的魔掌之中。在無路可逃的海上發生的這場大混亂，也使小蘭面臨了生命危險。犯人的目的究竟是什麽?
10.《偵探們的鎮魂歌》
在神秘委托者的招待下，小五郎與柯南壹行人來到了橫濱。壹行人受邀來到壹座巨大城堡，沒想到卻掉入黑影的神秘男子所設下的陷阱。小蘭、灰原與少年偵探團，帶上了攜帶炸彈的ID，進入遊樂園也因此落入敵人手中成為人質。時間限制為12個小時，如果不在時間內解開男子所出的謎題，小蘭他們身上的炸彈就會爆炸。“關西的高中生偵探”服部平次的青梅竹馬和葉也進入遊樂場，成為了人質。就在調查到YOU CRY的時候，白馬探也出現了。調查之路頗曲折，三位高中生將壹同挑戰謎題。
11.《紺碧之棺》
東京都，高木和佐藤抓到了兩個搶劫犯，犯人說出了海盜旗三個字。畫面轉到了神海島。毛利小五郎因為抽中了30萬日元的獎金，原本想壹個人去巴黎玩。但是最後只好帶了蘭、園子、阿笠博士和少年偵探團壹行人來到了這個小島。 這個小島有沈入海底的古代遺跡，海底宮殿和300年前確實存在的Anne Boney和Mary Read兩個女海賊遺留下來的寶藏的傳說。
12.《戰栗的樂譜》
不久之前發生了以音樂家為襲擊目標的連續殺人事件，被害人均出身於原著名鋼琴家領銜創建的壹所音樂學院。柯南等壹行人，受到了這位鋼琴家的邀請，出席由他出資建造的音樂廳的落成典禮音樂會。音樂會的亮點是巴赫彈奏過的管風琴和世界著名的斯特拉迪瓦裏琴的音色，以及擁有絕對音感的天才歌手的歌聲。可是，在音樂會正式舉辦前，陸續發生了許多可疑案件。而正式演出當天，柯南他們所在的音樂會會場突然發生了爆炸，陷入壹片火海。
13.《漆黑的追蹤者》
壹年壹度的七夕即將到來，東京、神奈、靜岡、長野等地卻接連發生六起連環殺人案，被害者身邊皆留下麻將牌中的七筒和奇怪暗示。由於作案範圍過大，各地警署探員紛紛聚到東京警署的專案組***同研究案情，毛利小五郎也被邀請參加，柯南則偷偷聽取了會議的內容。會後，柯南無意中聽到群馬縣警部山村操哼唱的童謠，繼而發現有黑衣組織的成員混進警察中間。在壹次圍捕行動中，柯南遇到假扮人質的Vermouth，得知近期壹連串的殺人案件與存有組織內部人員資料的記憶卡有關。與此同時，潛入警察內部的間諜偷偷盜取工藤新壹和柯南的指紋，新壹的身份眼看被拆穿，巨大的危險正向他和身邊的人急速襲來…
14.《天空的遇難船》
鈴木園子的叔叔次郎吉不甘心失敗，決定再次向怪盜基德發出挑戰。這位壞脾氣的大叔斥巨資制造了巨型的飛船貝爾·雪利二世號，並以鑲嵌有名貴寶石"天空的貴婦人"的戒指作賭註，邀請基德前來挑戰，看他能否在東京到大阪的這6小時時間內完成這項困難的任務。柯南、小蘭等人理所當然也接到邀請，甚至電視臺的人也興師動眾前來。隨著時間的流逝，雙方的對決悄悄展開。另壹方面，恐怖組織紅色暹羅貓也登上了飛船。此前不久，紅色暹羅貓襲擊了國立東京微生物研究所，並盜走壹種致命的病毒。
15.《沈默的15分鐘》
"針對妳這4年傲慢無禮的執政期，在此施下天誅的警告！"壹封謎壹般的恐嚇信突然寄到了朝倉都知事手中。次日在知事親臨剪彩現場的新地鐵隧道中發生了爆炸！千鈞壹發之際，多虧了得知恐嚇信之事的柯南，才避免了人員傷亡，但未能取知事性命的犯人恐怕不會就此罷手，而制造更大的災難。柯南調查了這位朝倉知事的經歷後，推測在其出任國土交通大臣期間建造水壩的相關者中有人仍懷恨在心，便從這方面入手開始搜查。
16.《第11個前鋒》
毛利偵探事務所突然接到壹通威脅電話，路上的汽車就在小五郎的眼前爆炸了。"藍色的少年與藍色的斑馬，從天而降的雨……"--根據犯人寄來的挑戰書，若不能解讀謎之暗號，便無法阻止接下來的爆炸。小五郎和毛利蘭在米花市內來回奔走，卻完全找不到破解暗號的方法。而正當柯南與灰原哀和少年偵探團壹起、沈浸在觀看最愛的足球比賽的快樂之中的時候，得知了威脅電話的事情，為了解讀暗號柯南獨自壹人離開了球場，卻得知了無人能夠阻止的恐怖事實。
17.《絕海的偵探》
薄霧籠罩的京都，壹起攸關日本國家安全的大事件即將發生。壹艘疑似裝載爆炸物的可疑船只靠近舞鶴灣。通過對船上相關數據和零部件的勘察判明，該船很大可能來自海外。此消息壹出，立刻引起全日本上下的恐慌。這壹系列事件背後的始作俑者--現已秘密潛入軍艦內的某國間諜"X"。在此期間，平次和小蘭等人的生命相繼受到威脅。
18.《異次元的狙擊手》
《異次元的狙擊手》以635米的高度為傲、可以俯瞰東京街景的鈴木塔(註:以現實中634米的東京晴空塔為原型)竣工。前往參加其開幕儀式的柯南等人，從眺望臺上享受著絕美的景色。就在此時，壹發子彈擊碎了窗戶玻璃，打穿了壹個男人的胸膛。案件發生於壹瞬之間，完全搞不清到底發生了什麽，小蘭與少年偵探團都陷入了恐慌。
19.《業火的向日葵》
鈴木次郎吉用3億美元得到了名畫，他的目的是收集散布在世界上的7幅《向日葵》。前所未有的大規模展會在以擁有鐵壁般的安全系統著稱的日本美術館雷克洛克舉辦，怪盜基德突然現身，在發出宣戰布告聲稱自己必定要奪取這幅名畫之後便離去。本應該只以巨大寶石為目標的基德為何要奪取這幅畫？在下壹個瞬間，高中生偵探工藤新壹的身影在騷動的會場中現身了，他自稱是由於聽說了基德的傳聞才前來的。而在數日之後，搭載著《向日葵》的客機飛行在前往日本的高空中時，再次遭到白色影子的襲擊……圍繞著獨壹無二的至寶，謊言與真實紛繁交錯的藝術之謎開幕。
20.《純黑的噩夢》
某個漆黑的夜晚，壹名間諜悄然潛入日本警方某機構。這裏藏有壹份神秘文件，文件中記載了包括英國MI6、德國BDN、美國CIA乃至美國FBI 等各國諜報機構的絕密數據。該間諜試圖將文件盜走，就在關鍵時刻，隸屬於警察廳警備局的警官安室透帶領公安及時趕到。幾番交手過後，間諜駕車逃亡，安室等人則緊追不舍，期間連FBI探員赤井秀壹也加入追捕行列。敵我雙方在車流熙攘的高速公路上展開絕命追擊，夜幕下的東京陷入前所未有的大混亂之中。千鈞壹發時刻，赤井打爆對方汽車的輪胎，逃亡者連同汽車跌落懸崖。
21.《唐紅的戀歌》
以大阪和京都為舞臺，講述了江戶川柯南與服部平次壹起探案的故事。在日賣電視臺發生了爆炸案！此時，人群陷入大恐慌！在崩塌中的大樓內，只有關西名偵探——服部平次和他的青梅竹馬——遠山和葉被困，千鈞壹發之際柯南將他們平安救出。案件如恐怖襲擊壹般，然而犯人的目的無人知曉的無法理解的狀況令柯南和平次不禁感到蹊蹺。
22.《零的執行人》
東京峰會開辦地是東京灣邊的新建築“海之邊緣”，將在5月1日開辦峰會的時候將有約2萬名警察出動。然而某壹天卻在那裏發生了發生超大規模的爆炸事件，在那裏還出現了安室透的身影。對於不是峰會舉辦當日而是之前發生爆炸，以及安室透難以理解的行動，柯南感覺到了極大的違和感。就在這時，現場證物上留下的指紋，竟然和毛利小五郎的指紋壹致！這究竟隱藏著怎樣的陰謀。圍繞著逮捕小五郎，尋找真相的柯南和安室透陷入敵對。
23.《紺青之拳》
在19世紀末與海盜船壹同沈入新加坡近海的世界上最大的藍寶石"紺青之拳"。在當地的富豪將其回收，在舞臺上展現其真容時，為了觀看在新加坡舉辦的空手道錦標賽，小蘭和園子來到了當地。由於沒有護照所以無法出國的柯南本來應當在看家，但他被試圖利用他的基德以魔術般的方法，強行帶到了新加坡。基德得到了在某個宅邸的地下金庫中沈睡著藍寶石的情報。他以為很簡單就可入侵成功，但無比危險的陷阱等待著基德。擋在他面前的，是400戰無敗績的最強空手道家--京極真。基德的命運是……在那之後，就如預兆著什麽不祥之物壹般，從新加坡的象征--魚尾獅中噴出了被染為鮮紅的水!
24.《緋色的彈丸》
日本迎來了世界最大的體育盛典“WSG-世界體育大會-”在東京的舉行。開幕式當天，發表了集成日本技術的、以最高時速1000千米為傲的“真空超導磁懸浮列車”在新名古屋站與東京新設的芝濱站間發車的消息。知名贊助商雲集的聚會會場發生突發案件！陷入了企業高層陸續被綁架的異常事態。在暗中赤井秀壹時刻關註著案件，而聯邦調查局成員們等待著來自赤井的指令。根據柯南的推理，此案浮現出和15年前在美國波士頓發生的駭人聽聞的世體會連續綁架案的關聯性，當時的案件也確定是聯邦調查局管轄的。這真的是偶然嗎？聚集了來自世界各地人群的日本，究竟會發生什麽？
25.《萬聖節的新娘》
東京澀谷迎來萬聖節，在這個熱鬧的氛圍中舉辦了壹場婚禮。警視廳佐藤警官穿著新娘婚紗，就在柯南等的受邀嘉賓們圍觀的時候，突然有暴徒襲擊入侵，試圖保護的高木警官也因此受傷了。雖說高木警官並無大礙，但佐藤的腦海中浮現了三年前松田刑警在連環爆炸中喪生時所看到的死亡景象。而同時，爆炸犯案的犯人也傳出了越獄的消息。這個巧合也讓柯南壹行人與安室透壹同進行搜查，但是，令人不安的影子瞄準了正在進行調查的柯南等人，萬聖節的瘋狂案件就此展開。