西亞斯財團，在舞HIME中他們的計劃失敗了，但是他們已經掌握相當程度的實力——機器人深優和人造HIME愛麗莎-西亞斯就是最好的證明。舞乙HIME的故事發生在舞HIME之後數百年，要註意舞HIME的故事是在地球上，而舞乙HIME已經不是地球了，人類已經生活在另壹個星球上了。二代中的人物例如夏樹、舞衣只是用了壹代的樣貌和名字，並不是同壹個人，但深優卻的確是同壹個，舞乙HIME中的納米技術其實就是西亞斯財團成功獲得惑星的力量後加上人類的科技開發出來的，最重要的就是高次物質化的能力，所不同的是HIME只需要Element，不需要也不能召喚子獸。對於HIME戰死，其契約者也將死亡這壹點可以參考壹代中的HIME的子獸戰敗其最重要的人將死去的設定。另外，舞乙HIME中深優肩膀上的鳥就是愛麗莎-西亞斯。萊娜-西亞斯（愛莉卡的母親）是愛麗莎的後代。
O-Sir中的M9機體，是西亞斯財團在開發深優後，以深優為樣本進行強化並量產的機器人中的壹個，所以深優才會說那是她的妹妹中的壹個。關於這壹點早在舞HIME的遊戲版裏面就有提到，深優為阻止西亞斯財團制造出來的妹妹機體而大打出手。
第壹話 夢中愛莉卡
歹徒入侵風華宮，國王和王後被殺死，繈褓中的公主下落不明。國王的乙HiME蕾娜身負重傷的情況下救走壹個嬰兒，“活下去……”讓嬰兒順流而下後，蕾娜獨自面對敵人。“大名鼎鼎的蒼天之青玉在失去乙HiME的能力後就如此不堪壹擊嗎？”面對敵人嘲笑，失去乙HiME的力量的蕾娜毫不退縮……嬰兒身上的蒼天之青玉閃出耀眼的光芒……
十四年後，懷著成為乙HiME的夢想，14歲的少女愛莉卡來到了培養乙HiME的加爾德羅貝學園所地溫德布盧姆市，並遇到今後將在她生命中扮演重要角色的在學園中排名珊瑚No.1的尼娜、尼娜的養父阿爾塔公國的謝爾蓋、任性公主真白……為了擊退要殺害真白的希巴魯茲Slave，尼娜與真白訂立暫時契約與之戰鬥，但仍然不敵。關鍵時刻五柱之壹的嬌嫣之紫水晶靜留、學園珍珠No.1的茜出現救了三人，靜流的帥氣表現讓愛莉卡更加堅定了成為乙HiME的決心。然而謝爾蓋、學園長夏樹驚奇的發現愛莉卡身上竟然佩戴著蒼天之青玉！
第二話 少女之園裏吹起旋風
壹心想入學的愛莉卡把學園鬧了個天翻地覆，並“勇闖”審議會，阿爾塔大公炎凪提議讓愛莉卡和尼娜在真白的加冕禮上進行舞鬥，愛莉卡能贏的話就批準她破例入學。尼娜也表示同意。
第三話 初次體驗
大家都在為真白的登基典禮忙碌著，愛莉卡也在為舞鬥做準備，王少做無意間聽到了愛莉卡唱的搖籃曲，那是他兒時曾聽蕾娜唱過的。加冕禮上各國國王和乙 HiME陸續到來，熱鬧非常。舞鬥開始，愛莉卡被打得毫無還手之力。另壹方面，阿斯瓦德的生化人（黎人）潛入城堡，與靜留展開激戰。愛莉卡斯毫不退讓，使眾人動容。突然黎人和靜留的戰鬥使城堡倒塌，砸向來賓……
第四話 炎之轉學生
愛莉卡以壹己之力撐住倒塌的城堡，然而舞鬥服卻已到達極限，關鍵時刻，艾爾利斯的乙HiME珠洲之黃玉（遙）救下愛莉卡。在艾爾利斯總統雪之和遙的說服下，審議會同意讓愛莉卡入學。夏樹向愛莉卡講述了乙HiME要與主人壹心同體，“放棄戀愛，舍棄女人的幸福，為了主人不惜拼上性命，這就是所謂的乙 HiME，妳有這覺悟嗎？”愛莉卡似懂非懂的點了點頭。毫無背景的愛莉卡為高額學費苦惱不已。
第五話 學園和制服和我
愛莉卡的制服被盜，並被賣到了乙HiME Fans專賣店，眾人幫助愛莉卡查找真相。謝爾蓋出於對蒼天之青玉蕾娜的懷念，秘密資助了愛莉卡。
第六話 尼娜、被卷 OTL
愛莉卡因發現尼娜怕癢的弱點而囂張不已，也因此遭到尼娜的海扁。為改善二人關系，紫子老師把二人都編為珍珠No.4奈緒的勤務生。珍珠No.3詩帆因看不慣尼娜和愛莉卡，在泳池裏放了奇怪的生物，使尼娜溺水。尼娜為壹雪恥辱奮力調查，不想用來使怪物現身的鹽被換成了糖，致使怪物暴走，詩帆也自食其果被怪物抓住，奈緒救下諸人。
第七話 蒼之舞 少女的契約
真白壹直被懷疑是冒牌公主，她為此苦惱不已。真白與愛莉卡由於壹系列意外掉入風華宮地下宮殿，並發現壹架奇特的管風琴。真白隨意按了琴鍵，不想管風琴發出巨響，不但震碎了二人的GEM，整個市都受到了影響。管風琴裏出現人影，並告訴真白和愛莉卡，要想完全掌握管風琴的力量就要集齊編制者、守護者和歌。 Slave再次襲擊真白，情急之下蒼天之青玉的力量復蘇，真白與愛莉卡定下契約，愛利卡初次使用青玉的力量就漂亮的擊退了Slave。管風琴的再次現世使世界各方力量蠢蠢欲動……
第八話 命運之軛
深優出現看望愛莉卡。為找出揭開契約的辦法，愛莉卡等人潛入禁書庫，卻無意間進入了乙HiME的陵墓，從瑪麗亞女士口中，少女們第壹次了解了作為乙HiME的殘酷命運。
第九話 海-泳裝+遇難=？
學生到海邊進行遠足考試，愛莉卡和艾利斯蒂的裝備卻被人做了手腳，為了救被蛇咬了的艾利斯，愛莉卡獨自去找水，不巧碰見了阿斯瓦德的眾人，愛莉卡不敵，從懸崖上墜下……
第十話 那對少女來說是大事
謝爾蓋救了愛莉卡，但又再次遭遇阿斯瓦德，遙、靜留、尼娜等人及時出現，靜留與阿斯瓦德首領碧交手，阿斯瓦德找到的數據被希巴魯茲的人搶走。尼娜對愛莉卡和謝爾蓋的關系產生了懷疑。
第十壹話 Happy Birthday
尼娜、愛莉卡、真白都是9月7日的生日，尼娜以為謝爾蓋把自己的生日定為這壹天是因為蕾娜的關系，傷心不已。真白為躲避與日本王子的相親再次逃出王宮，卻不幸被命砸暈，被壹陌生人（巧海）拖走。經過壹系列事件，尼娜終於知道9月7日這天是他與謝爾蓋相遇的那壹天，看著尼娜幸福的樣子，艾莉卡卻發覺自己心裏有什麽不對勁。日本王子到來。
第十二話 假面舞會？
因為真白不在，眾人就讓愛莉卡假扮女王，而日本的王子也是晶假扮的。真正的巧海陪著真白度過了快樂的壹天，他也讓真白了解了當女王不是吃喝玩樂就可以了。當真相被曲折的揭開後，巧海向夏樹表示他來這裏不是相親也不是找乙HiME，而是表明日本暫不參與西方國家的爭鬥。巧海質疑乙HiME的存在是否合理，並以他的姐姐炎珠之紅玉 “她被夢想和愛情狠狠撕裂” 為例質問夏樹。巧海等人離開後，真白陷入迷茫和消沈中。
第十三話 在茜色的天空下
愛莉卡喜歡上了謝爾蓋卻不自知，日子過得渾渾噩噩。茜也在成為乙HiME的夢想與和也的愛情之間徘徊不定，卻在這時被選為弗洛林斯國乙HiME清戀之孔雀石的繼承者。為解開愛莉卡的心結，老師讓愛莉卡去了解炎珠之紅玉的故事。Slave再次來襲，茜決定選擇夢想放棄愛情。在任職儀式上，和也當眾宣布對茜的愛慕，茜感動不已，二人攜手私奔。
第十四話 乙HiME的SOS
國與國之間關系日益緊張，時隔五十年再次發生了乙HiME之間的戰鬥。學園內也是人心惶惶。炎凪聯合希巴魯茲開始研制新型Slave。靜留遇到了深優。愛莉卡從艾利斯蒂那裏聽來了蒼天之青玉蕾娜的故事，知道了她同時獲得了夢想和愛情，愛莉卡決定向謝爾蓋表白，路上卻被流氓抓住。謝爾蓋找到了十四年前在風華宮的宮女，了解了那場動亂的真相，以及誰才是真正的公主。
第十五話 愛莉卡、哭泣
謝爾蓋得知戴著蒼天之青玉的人才是真正的公主。謝爾蓋救下愛莉卡，愛莉卡與表白卻被回絕。謝爾蓋故意羞辱蕾娜，愛莉卡氣急打了他壹巴掌。壹系列陷害愛莉卡的真相被揭開，米婭作為友繪的替死鬼被趕出了學園。同病相憐的愛莉卡與真白抱頭痛哭，二人相約，愛利卡要成為優秀的乙HiME，真白要創造人人都能幸福的國家。畢業舞鬥選拔開始。
第十六話 是約定哦！
尼娜和愛莉卡被選為舞鬥的代表，友繪仍想加害愛莉卡，被艾莉斯蒂識破，為救愛莉卡，艾莉斯蒂受傷。愛莉卡、尼娜、艾莉絲蒂，三人約定都要成為優秀的乙HiME。畢業舞鬥與城堡建成禮同時舉行，而城堡的真正面目竟然是巨大的兵器，並在壹擊之下喚出無數Slave……
第十七話 蒼之舞/思念、散落之時
由於希巴魯茲的進攻，城中壹片混亂。阿斯瓦德的眾人來到加爾德羅貝學園，靜留和夏樹與之戰鬥時，希巴魯茲幹擾了真祖與眾乙HiME的連接，舞鬥服失效。靜留掩護夏樹逃出。炎凪占領了溫德布盧姆市。艾莉絲蒂竟然也是希巴魯茲的壹員，並被迫攻擊愛莉卡，謝爾蓋救下愛莉卡，卻被尼娜發現是壹直資助愛莉卡的人，氣急的尼娜引發了漆黑之金剛石的力量。為救愛莉卡，艾莉斯蒂被尼娜誤殺。悲痛中的愛莉卡與尼娜舉劍相向……
第十八話 White Out
僥幸逃出的真白與流民呆在壹起，親眼目睹葵被流民逼死。夏樹被奈緒所救。愛莉卡與阿斯瓦德的眾人生活在壹起。
第十九話 宿命的17歲
真白與愛莉卡相遇，愛莉卡卻因為受到打擊不願再使用乙HiME的力量。加爾德羅貝學園完全被炎凪控制，蕾娜的遺體被用來當作新的真祖，炎凪要讓學園裏的女孩子們成為新的乙HiME。夏樹來到艾爾利斯尋求幫助，但是……
第二十話 不要叫我尼娜
因為危機，愛利卡再次使用了蒼天之青玉。艾爾利斯國答應幫助夏樹。友繪等人成為了炎凪的新型乙HiME，並將靜留從獄中帶出。尼娜打開了管風琴。
第二十壹話 白色公主 覺醒之時
原來尼娜才是真正的公主。愛莉卡和真白與阿斯瓦德的人生活在壹起，二人的身心都得到了成長。真白向國民宣誓要成為合格的女王。炎凪發現了愛莉卡等人的下落，謝爾蓋與友繪等人去抓愛莉卡。夏樹與奈緒為找愛莉卡決定來到卡羅帝亞。
第二十二話 毀滅之歌
碧向卡羅帝亞復仇。尼娜第壹次啟動了管風琴，巨大的能量讓眾人驚愕，深優及時出現救了愛莉卡和真白。從昏迷中蘇醒的艾莉卡，卻發現兩個可疑的身影……
第二十三話 不思議之谷的愛莉卡
愛莉卡和真白被深優帶到黑之谷，遇到了炎珠之紅玉舞衣和貓神命。夏樹和奈緒也誤闖黑之谷，見到了以前的好友。炎凪利用管風琴的威懾力讓諸國歸順於自己。夏樹等人不能坐視不理炎凪的暴行，決定返回溫德布盧姆市，留下愛莉卡和真白向命和舞衣學習。
第二十四話 為了妳……
尼娜為殺了艾莉斯蒂和接連毀了幾個城市而痛苦不已，謝爾蓋安慰尼娜，尼娜終於向謝爾蓋表明了自己的愛慕。炎凪殺了謝爾蓋，卻騙尼娜說是謝爾蓋和史密斯互射所致，為維持謝爾蓋的生命，尼娜不得已要壹直啟動管風琴，“為了妳……哪怕要和全世界為敵我也……”。戰爭全面打響……
第二十五話 蒼天之少女
慘烈的戰爭開始，即使是昔日的好友此時也要刀劍相向。愛莉卡含淚毀掉母親蕾娜的遺體，乙HiME系統恢復，愛莉卡真正繼承了蒼天之青玉的力量。當大家終於看到勝利的曙光的時候，管風琴再次啟動……“想成為乙HiME是為了能保護大家”“想要創造能讓人民幸福的國家”“除了父親大人以外我什麽都不要”“我的願望…我的愛情…我的夢想…就在這裏”
最終話 Dream Wing ~夢之所在~
為了對抗管風琴，深優開啟了引導星，解開了乙HiME的乙式限制，眾乙HiME成為真正的HiME，擺脫主人的束縛可以按照自己的意願行事。五柱齊集、所有的乙HiME們都齊心協力對抗管風琴。愛莉卡與尼娜決戰，最終愛莉卡使尼娜回心轉意，但管風琴卻因為超負荷運行而暴走控制了尼娜的心智，在尼娜的哀求下、為了拯救大家，愛莉卡揮劍刺向尼娜……
戰爭結束之後，壹切重新開始，真白和愛莉卡努力建立壹個新的國家，尼娜與失去記憶的謝爾蓋在壹起開始新的生活……