monocle做擬時序分析首先要構建CDS需要3個矩陣：expr.matrix、pd、fd，其次將Seurat中的對象轉換為monocle識別的對象。然後選擇想要做擬時序依據的基因就可以了,如果已知開始和結束的細胞，將過程開始時收集的細胞與結束時收集的細胞簡單地進行比較，並找到差異表達的基因，做擬時序依據的基因，根據時間點的差異分析選擇基因通常非常有效，但是如果我們沒有時間序列數據，可以選擇離散度和表達量高的基因。
歡迎關註~
參考： http://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-release/docs/
https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-release/Paul_dataset_analysis_final.html
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