組成DNA的脫氧核苷酸只有四種：被稱之為A、T、G、C。對應於正常復制過程中需要的是T、A、C、G這四種原材料，這個測序法巧妙的地方在於，他又加了四種材料(都是雙脫氧核苷酸)進去，名叫ddT、ddA、ddG、ddC，這個材料有壹個好處，就是能和原始的DNA序列配對(如ddT配AddG配C)，但是因為特殊的結構，導致復制終止在那個位置。測定過程中，將待測樣品分為4份，每份中加入-樣改變後的材料。