柯爾特?史蒂文上尉某日醒來的時候發現自己在壹列疾駛之中的列車上，他對面坐著的克裏斯汀娜似乎對他很熟悉。但她所認識的卻不是史蒂文，而是另壹個人。斯蒂文試圖解釋自己的身份，但是毫不奏效。就在斯蒂文準備找出事件的真相的時候，另壹列火車與其相撞，引發了大爆炸，壹切都灰飛煙滅。
“死掉”的斯蒂文醒來，發現自己處在壹間怪異的屋子內。這個時候，壹名名叫卡羅爾?古德溫的女指揮官開始向斯蒂文解釋壹切。原來，他被政府選中，參與了壹項叫做“源代碼”的秘密任務。他每次都會變成火車上的壹名乘客，進入他的體內，過上他的生活。但是每次的穿越只能回到列車相撞的8分鐘前。因為有情報顯示，制造這起列車相撞案的兇手宣稱他將會在6小時之後再芝加哥的市中心制造壹起破壞力更大的爆炸案。
為了阻止他的陰謀得逞，同時也為了挽救上百萬人的生命，柯爾特不得不壹次壹次回到源代碼中，成為他人。在列車中尋找蛛絲馬跡，找到真兇。