1、功能上不同
360安全衛士的木馬查殺是可以防止木馬入侵，不可以清除並殺掉病毒。
360殺毒軟件，是專業用來查殺電腦病毒的軟件，無法對電腦進行防護。
2、使用方法不同
360安全衛士的木馬查殺是在安全衛士的首頁導航欄中點擊進入的，在其中可以全盤查殺或者按位置查殺。
360殺毒在打開單獨的應用程序後，在首頁中即可直接點擊全盤掃描或者快速掃描來檢查電腦中的病毒。
3、殺毒效果不同
360安全衛士的木馬查殺針對木馬病毒且使用的效果沒有多方面病毒查殺對電腦中的防護作用強。
360殺毒針對的是電腦中的所用可能影響電腦使用及安全的病毒，查殺後可以進行修復操作，但針對頑固病毒的效果不強。