專利保護的是軟件解決問題的思想，而軟件著作權保護的是軟件代碼(即軟件思想的表達形式)。例如，離線傳送文件，那發明專利保護是如何實現離線傳送文件。基於相同的軟件思想，但實現離線傳送的程序代碼有千千萬萬種，每種代碼都可以享有各自的軟件著作權。
申請壹個軟件發明專利的代理費大概需要5000-8000申請發明專利可以直接提交專利局，也可以委托代理機構代辦：
(1)將專利申請文件(包括權利要求書、說明書、說明書附圖、摘要、摘要附圖)、專利請求書(包括發明名稱、申請人、發明人及其相關信息等)、專利申請費(即，交給專利局的官費)提交到專利局。由此可獲得申請日和申請號，這些都作為未來專利局審查的唯壹編號。官方的受理通知書會在申請日之後兩周內下發。
(2)專利局審查(分為初步審查和實質審查兩個階段)，發出審查意見通知書，需要申請人在規定期限內答復。審查最終合格後，專利局發出授權通知書，表明同意授權。
(3)申請人進行授權登記後專利授權公告生效。