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nnUNet使用筆記:如何自定義妳的nnUNet?

nnUNet在許多醫學challenge的分割任務上都達到了SOTA水平,身邊壹些人也實際使用過,驗證了有效性。nnUNet的壹大優點就是可以直接命令行調用,無需手動調參;但這也是他的問題,手動修改網絡/Loss/超參的方式並不是那麽簡明。

本文主要是筆者的個人使用筆記,用於記錄如何調整nnUNet框架下的lr、epoch、網絡結構、loss函數等配置。內容主要是分享如何在享受nnUNet的方便性的同時,也能夠享受調參的快 (zhe) 樂 (mo)。

這個可以簡單的通過修改Trainer源碼來實現,比如對於

可以修改nnUNetTrainerV2.py對應的源碼。

默認loss是nnunet/training/loss_functions/dice_loss.py中的DC_and_CE_loss,壹種不太便於維護的方法就是,直接修改這個Loss的源碼,在準備接下來的實驗中都使用同壹個Loss時可以這麽搞。

比較建議的方式是,通過修改plan中的ExperimentPlanner,然後重新進行nnUNet_plan_and_preprocess來修改(網絡模型也同樣可以使用這種方式進行修改)。

[TO-DO] 給個例子說明

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