如果您已經在後臺中手動修改了標題規則，但是目錄頁和內容頁的標題仍然相同，可能是因為修改的規則還沒有生效。有幾個可能的解決方法：
清除網站緩存：有時候緩存的內容可能會導致標題規則未及時生效。您可以在後臺的“系統”菜單下找到“緩存管理”，然後點擊“清除全部緩存”按鈕，讓網站重新加載頁面。
檢查規則設置：在後臺的“系統”菜單下找到“SEO設置”，然後在“標題規則”選項卡中檢查您設置的規則是否正確。如果您不確定規則設置是否正確，可以嘗試使用默認設置。
檢查代碼修改：您提到修改了IndexController.php文件，可能是在代碼中設置了標題規則。請檢查代碼修改是否正確，尤其是與目錄頁和文章頁有關的部分。
如果以上方法都無法解決問題，請考慮尋求專業開發人員的幫助，他們可以更深入地分析和解決問題。