PyQt5不是向後兼容的PyQt4，主要是因為它有幾個大的變化。雖然不兼容，但是調整舊代碼適應新庫並不難。它們的主要區別如下:Python模塊被重新構建，有些模塊被拋棄，比如QtScript。其他模塊又分為壹些子模塊，比如QtGui和QtWebkit。
PyQt5不支持QtAPI在Qtv5.0中被標記為已棄用或過時的任何部分。