生物學意義的探針(probe)是指能與特定靶DNA分子發生特異性作用、並能被特定方法探知的分子.DNA指紋技術應用的核酸分子探針是指經示蹤物(即標記物)標記的、能與互補靶核酸序列實現退火雜交的已知核昔酸片段.核酸分子探針可分為基因組DNA探針、cDNA探針、RNA探針和人工合成的寡核苷酸探針等.DNA指紋檢測多用基因組DNA探針,另有壹部分是參照VNTR位點的核心序列由人工合成.制備DNA指紋圖時選擇探針與選擇限制酶同樣重要,探針選擇的基本原則是：探針必須具備高度特異性,探針制備與標記容易,以及探針的雜交必須穩定等因素.
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