接著就是電影標題《沈默的十五分鐘》，然後是萬年不變的介紹，大家看以前的劇場版即可……唯壹更新的是關於滑板，嗯，這貨又進化了，變成雪地旱地兩用了。自不必說，是為了適應這次劇場版的背景，那個白雪皚皚的北國。
隨著柯南經典的pose和“真相只有壹個”，正戲開始。
在列車東都線開通的幾日前，警方得到了恐嚇東京都知事的恐嚇信，說是要知事為曾經的胡作非為付出代價。因此在東都線開通慶典當日，目暮白鳥佐藤高木甚至小五郎都去做保鏢。而另壹邊，柯南灰原還有那三個小屁孩，當天也跟博士壹起出遊。當然了，柯南的心思在恐嚇事丵件上，壹路上目不轉睛地盯著手機的電視直播。可惜壹進隧道，沒信號了。
這時候知事和壹幹保鏢們搭乘了首發列車。隧道的列車道在上，柯南他們所在的汽車道在下，也就是列車在柯南他們的頭上跑（真是無論何時何地何事都能跟柯南小盆友扯上關系……掩面）。過隧道的時候，柯南忽然發現路邊站著壹個可疑的黑影拿著壹個不明物體，因為車速關系壹閃而過。但聯想到恐嚇信以及頭上的列車，柯南懷疑是恐嚇者要引爆隧道，手裏拿的自然是引爆器。由於隧道內不能回轉，博士不得不將車開出隧道後在高速公路邊停下。柯南立刻將元太推下車（……柯南小盆友我知道情況危急，但妳也太狠了……直接從後門摔下來會腦震蕩哎= =），然後踏著滑板在車流中逆向穿梭（這孩子越來越膽大越來越牛逼了），壹邊穿梭還壹邊打電話給目暮警部，用新壹的聲音要求立刻停車（OMG妳能想象駕駛著滑板在高速隧道迎著車流逆向行駛還能騰出手打電話嗎？）當然列車聞訊緊急剎車，而柯南又做出更牛叉的舉動，舉著滑板攔在路中間，將車流堵在爆炸區域之外。十五秒後炸丵彈引爆，列車盡管緊急停車依然被爆破流帶著沖出隧道，在高速公路橫沖直撞好幾百米才停下來。總之，這段還是很有沖擊力的。
壹幫孩子也在博士家裏邊吃點心邊看記者發布會，三個小孩還在埋怨沒提到少年偵探團（囧）。柯南根據知事的資料，得知知事還在國土交通省的時候，曾經負責在新瀉北澤村修建大壩。因為親民和善的作風，幾乎所有村民都同意遷移。只有壹個人從頭至尾反對。柯南懷疑恐嚇事丵件與該村有關，打算去北澤村調查。三個小孩也鬧著要去，灰原說如果博士去她也去——因為要“監視”博士的飲食。結果最後，不僅壹幫孩子和博士去了，小蘭園子毛利大叔也去了……不去戲就不好看了
銀白色的北國，瘋玩，瘋吃，外加博士的冷謎題。柯南獨自去事務所，要北澤村和大壩的地圖。在事務所碰上兩名男子也來索要地圖，其中壹名男子不小心將電擊棒掉落在地。男子撿起來的時候解釋自己經常出行野外，用來防身。柯南回去的時候，發現元太居然吃撐了去醫院（居然吃了那麽多章魚燒和烤魷魚……難怪光彥說元太是鐵肚皮）。女醫生立原冬美開了藥。眾人離開後，冬美進入房間，靜靜地看著昏睡在床上的少年。
晚上，毛利大叔滿懷欣喜地去泡混浴溫泉，卻錯把獼猴當美女（噗，這段很喜感）。小蘭園子還有小盆友們則去買禮物。孩子們興奮地討論給小林老師帶什麽，熊饅頭還是紀念手袋。灰原則拿起壹個印有天鵝的口杯。原來反面印的字是“我愛白鳥（天鵝）！”白鳥警部和小林老師頓時打了個噴嚏。
在園子的慫恿下，小蘭打電話給新壹，問問想要什麽禮物。柯南急急忙忙逃出去躲在樹下接電話。於是兩人背靠背地打手機。柯南蹲在樹下，在雪地上寫下了小蘭所說的三種禮物“熊饅頭，手袋，天鵝杯子”。然後柯南說那就手袋吧，說著在手袋那行字上畫了個圈。
正聊著，三個孩子忽然興奮地沖出旅館。柯南馬上壹句“回頭再聊”掛了電話。剛追出去不遠，忽然想起那三行字沒擦，回去已經來不及了。小蘭站在樹下，對著那三行字呆呆地站了許久。
畫面壹轉，三個孩子居然去玩雪橇車！還飛出去了！開出村子了！更牛逼的是，還翻車把雪橇弄壞了……無奈用無線電找柯南求助，柯南又聯系了旅館的人。等待救援的過程中光彥和元太互相責備爭吵起來，被柯南阻止：“語言猶如利刃，壹時偏差，可能會失去壹生的摯友。”運氣不錯，壹名叫武藤的男子開車路過，將眾人接回旅館。原來武藤是來見小學同學的。壹***五人，除了武藤，還有女醫生冬美，旅館負責人遠野水樹，以及事務所要地圖的兩人，山尾和攜帶電擊棒防身的冰川。這五人不僅是小學同學，關系還特糾結。山尾八年前出過車禍，開車撞死了壹名少女，這名少女是水樹的妹妹夏樹。武藤就是從頭至尾反對修建大壩的村民，因此壹直對出賣村子的冰川懷恨在心。看著這糾結的五人，眾人選擇默默回房。
睡前小蘭向園子說出了新壹的電話以及雪地字跡之事，並說覺得新壹壹直在身邊。
第二天清早，三個小孩又沖出去了，說要玩打雪仗。柯南和灰原雖然壹向PASS，這次卻被挑逗得童心大起，壹幫小孩從旅館壹直打到醫院。昏睡在床上的少年被歡笑聲驚醒，開窗，用結結巴巴的日語要求壹起玩。這名少年就是八年前墜崖昏死的冬馬，昏睡八年後雖然已經十五歲，心智卻只有七歲，而且對八年前的事完全沒有印象。母親冬美喜極而泣，而冬馬卻說“太好了，平安見到媽媽了”。
壹行人送冬馬去健康檢查，毛利大叔看到美麗的水樹小姐又開始勾搭了，什麽眼鏡不好看啊還是隱形好啊，弄得小蘭很不爽。沒想到午後水樹真的換了發型戴了隱形眼鏡，帶柯南他們去看天鵝。結果在山道上發現了死亡的冰川，電擊棒也被奪走了。
此時，水樹提到了十五分鐘生命時間。在雪山中救援，從出事到發現，十五分鐘決定生死。
新瀉警方例行公事，壹問都沒不在場證明。PS，那個警丵察的口氣……非常好笑……電影院壹片低笑聲
翌日清早，眾人發現冬馬在“小黑”的墓前哭。小黑是冬馬很喜歡的鄰家小狗，八年前發現昏迷在山坡下的冬馬的就是小黑。眾人安慰他的時候，忽然下起了冰晶，冬馬看到冰晶似乎對以前的記憶有所反應，感到頭痛。
吃過早飯，三個小屁孩就把冬馬約出去了，說是去看看天鵝的話說不定會回憶出什麽，因為八年前冬馬就是拿著望遠鏡去看天鵝出的事（狐貍發現這三個孩子就是喜歡沒事找事，從而推動劇情的前進= =）。柯南到冬馬家發現冬馬不在，卻遇到了冬馬的小學同學。那個女孩給柯南壹幅蠟筆畫，畫的是小黑，說是當初冬馬送給她的。畫是折疊的，畫面折在裏面。柯南忽然想起那晚冰川說起山尾撞死人的時候，拿出了當時報道的報紙，新聞那面卻是朝外。壹般來說為了保護內容都會記在裏面。起疑心的柯南偷偷進入冰川的房間，拿出那張紙，發現另壹面記錄的是東京珠寶店搶劫殺人案，跟車禍居然是同壹天。
八年前的珠寶店搶劫殺人犯，就是山尾。山尾在東京犯事後，帶著珠寶駕車逃回北澤，卻在村外撞死了夏樹。之後害怕被抓，暴露搶劫壹事，山尾將珠寶藏匿在北澤的祖母家中，選擇自首交通肇事。但是肇事現場被冬馬目擊，珠寶也被看到，所以他追殺冬馬滅口，導致冬馬墜落。沒想到等他服刑歸來，原來的北澤村已經被淹沒在水庫裏。所以他接下來的計劃，很有可能是炸毀大壩。至於冰川，從他收藏的那張新聞來看，他是因為得知山尾搶劫而被殺人滅口的。而在東京恐嚇知事炸毀列車，當然是為了嫁禍給反對修壩，對知事懷恨在心的武藤。如今看到有記憶恢復跡象的冬馬，他自然淡定不能了。
抵達大壩後，柯南讓三個孩子陪伴冬馬，灰原去找武藤，自己則去事務所通知炸彈壹事。沒想到事務所人員被電擊棒打暈。灰原用無線電聯絡，說武藤也被電擊棒擊暈。通話中柯南遭到山尾襲擊，壹路逃到大壩上。危急時刻，趕到的水樹壹槍擊中山尾的肩頭，山尾在爭奪引爆器未果之後，被柯南的麻醉槍射中。
終於灰原，博士，武藤，冬馬，以及三個孩子趕到了。冬馬壹看到水樹不禁失聲：“是那個時候的大姐姐！雖然沒戴眼鏡，但不會錯的！”
“果然是這樣，所以妳才接受毛利大叔的建議，改發型戴隱形吧。就是為了不讓冬馬回憶起來。八年前追殺冬馬的不是山尾，而是妳。”
原來八年前在村口，水樹與妹妹夏樹爭吵，失手將夏樹推到路中央。恰好此時山尾駕車沖過來，造成車禍。而冬馬不幸目擊了。
“當然，我相信大姐姐雖然因為滅口而狙擊冬馬，但最終沒有殺意。”柯南繼續解釋，“按剛才大姐姐的身手，不可能壹路上都射偏。”
真相雖然大白，炸彈卻爆炸了（這也是劇場版慣例，破案後平安結束的案子是沒有的）。大壩開始泄漏，下遊的北澤村岌岌可危。柯南讓壹行人先逃，自己則踏著滑板在洪流碎石間飛躍，尋找阻止毀滅村莊的方法。聞訊前來的小蘭園子以及毛利大叔，看到大壩爆炸，立即調轉車頭。前面車在逃，後面洪水在追。小蘭猛然發現了山道上疾馳的身影：“柯南！”
此時柯南已經決定，靠雪崩促使洪流改道，保護村莊。但浸水的滑板出現異常，冒著黑煙停下來。憤恨不已的柯南跪在雪地上大罵“混蛋”，雙拳狠狠地砸在雪地上。受到大吼震動的山體開始巨顫，雪崩爆發。柯南強制啟動滑板在山道上左沖右突，企圖逃避雪崩。小蘭更是恐懼地大喊“快逃啊柯南君！”
在柯南駕駛滑板壹躍而起的瞬間，他看到了從車窗探出頭驚恐交加滿是擔憂的臉。
“蘭……”
隨後柯南被雪崩吞沒。小蘭叫得撕心裂肺。
雪崩成功地阻礙了洪流，挽救了村莊。壹行人開始了挖掘柯南的行動。埋在雪下的柯南雖然聽到小蘭的呼喊，卻動不了，也出不了聲，再次昏迷過去。
小蘭拿出手機撥打柯南的電話，雙手壹直在顫抖：“求求妳，壹定要接通。”
來電鈴聲想了，大家迅速循聲找尋。小蘭刨出了柯南的手機，但挖得十指鮮血淋漓，也不見柯南的身影。
十五分鐘生死時間，只剩壹分鐘不到。
絕望的小蘭留著眼淚撥打了新壹的號碼，帶著哭腔大喊：“如果妳就在身邊的話，請救救我們，新壹！”
感到手機震動的柯南再次蘇醒，拼盡力氣按了腰帶的按鈕。足球破雪而出，從而告知了自己的所在。眾人終於將其救出。小蘭抱著柯南淚流滿面。
最後……該進局子喝茶的去喝茶，該回家的回家，該買禮物的買禮物，該療養的去療養。毛利大叔依然催促著大家快點回東京，因為他要趕著回去看洋子的節目……over。
最後的最後……柯南劇場版第十六彈，制作決定！