馬其頓在1991年11月20日獨立，1991－1993年使用紅底，上面有壹顆十六芒星的國旗。後用的是壹個金色的太陽，在紅底上發出八道金光的國旗。原因是希臘也有壹個馬其頓，州旗跟舊國旗相同。
1991年至1995年以渥吉納太陽為圖案，但引起了希臘的抗議。