《法醫秦明之無聲的證詞》主要講述了法醫秦明在童年時期親眼目睹了自己的老師被壞人殺害並把老師的臉畫成了戲劇臉譜，警察把兇手當場J斃，從而留下了陰影，經常會在午夜時分，獨自壹人的時候夢到那個噩夢。
長大以後，秦明成了壹個優秀的法醫，並且遇到了刑警林當，他們兩個在爭吵與摩擦中慢慢培養出了默契，兩個人開始合力破案。但是沒想到在15年以後的現在，臉譜案又開始了重現江湖。
由於當年留下的陰影，秦明在遇到臉譜案的時候沒有辦法冷靜，多虧了林當的陪伴與開解，秦明才可以理性的分析案情。
後續劇情：
在迷霧重重的案件偵破過程中，秦明與他的父親秦勇重逢，在秦明童年時，他的父親秦勇為了追求自由離開了秦明和他的母親，秦明對他的父親充滿了怨恨，也是在林當的陪伴下，秦明心裏慢慢化解了對他父親秦勇的埋怨，但是，還沒有等到兩人相認，秦勇被牽涉進了臉譜案件中，並且所有的證據都指向秦勇就是犯罪嫌疑人。
在林當調查案件過程中，被兇手埋到了地下，秦明他們在林當所被埋的地方發現壹具S體，調查以後他們離開了那個地方，林當萬念俱灰的聽著他們離開了，林當失聯三十多個小時以後，秦明終於在千鈞壹發之際想到了林當可能被埋在了那裏，林當被順利救出，兩個人也終於明白了珍惜眼前人，順理成章的在壹起了。
經過壹系列的調查，秦明他們終於把嫌疑人鎖定了壹個醫生劉水良，劉水良就是S害秦明老師兇手的兒子，劉水良因為自己的父親犯罪也留下了心裏陰影，得了精神分裂，模仿他父親犯罪S害了好幾個女生。