1996年：
001 雲霄飛車殺人事件
002 董事長千金誘拐事件
003 偶像密室殺人事件
004 大都會暗號地圖藏寶事件
005 新幹線大爆炸事件
006 情人節殺人事件
007 每月壹份禮物威脅事件
008 美術館殺人事件
009 天下第壹夜祭殺人事件
010 足球選手恐嚇事件
011 鋼琴奏鳴曲「月光」殺人事件 1小時特別篇01
012 步美被綁架事件
013 奇怪的尋人事件
014 謎樣的迅息狙擊事件
015 消失的屍體殺人事件
016 古董品收藏家殺人事件
017 百貨公司挾持事件
018 六月新娘殺人事件
019 電梯殺人事件
020 鬼屋殺人事件
021 電視臺外景隊殺人事件
022 豪華客輪連續殺人事件（前篇）
023 豪華客輪連續殺人事件（後篇）
024 喪失記憶的美少女事件
025 真假人質綁票事件
026 愛犬約翰殺人事件
027 小五郎同學會殺人事件（前篇）
028 小五郎同學會殺人事件（後篇）
029 計算機殺人事件
030 不在場證明殺人事件
031 電視臺殺人事件
032 咖啡廳殺人事件
033 偵探團生還事件
034 山莊繃帶怪人殺人事件（前篇）
035 山莊繃帶怪人殺人事件（後篇）
036 星期壹晚上七時三十分殺人事件
037 仙人掌花殺人事件
038 紅鬼村火祭殺人事件
039 企業家千金殺人事件（前篇）
040 企業家千金殺人事件（後篇）
041 優勝錦旗被割事件
042 卡拉OK歌廳殺人事件
1997年：
043 江戶川柯南被綁事件
044 堀田三兄弟殺人事件
045 敷面膜殺人事件
046 雪山山莊殺人事件
047 健身俱樂部殺人事件
048 外交官殺人事件（前篇）
049 外交官殺人事件（後篇）
050 圖書館殺人事件
051 高爾夫練習場殺人事件
052 霧天狗傳說殺人事件 1小時特別篇02
053 神秘兇器殺人事件
054 電玩公司殺人事件
055 列車手法殺人事件
056 清潔車殺人事件
057 福爾摩斯 詭異的殺人事件（前篇）
058 福爾摩斯 詭異的殺人事件（後篇）
059 第壹次購物殺人事件
060 插畫畫家殺人事件
061 幽靈船殺人事件（前篇）
062 幽靈船殺人事件（後篇）
063 大怪獸哥斯拉殺人事件
064 第三個指紋殺人事件
065 螃蟹和鯨魚綁架事件
066 夜路殺人事件
067 舞臺女演員殺人事件
068 黑夜的怪男爵殺人事件（事件篇）
069 黑夜的怪男爵殺人事件（疑惑篇）
070 黑夜的怪男爵殺人事件（解決篇）
071 米花之狼殺人事件
072 三胞胎別墅殺人事件
073 少年偵探團遇難事件
074 死神陣內殺人事件
075 金融公司社長殺人事件
076 柯南VS怪盜KID 1小時特別篇03
077 富豪家族連續慘死事件（前篇）
078 富豪家族連續慘死事件（後篇）
079 銀行搶匪殺人事件
080 流浪畫家殺人事件
081 當紅歌星綁架事件（前篇）
082 當紅歌星綁架事件（後篇）
083 綜合病院殺人事件
084 滑雪別墅殺人事件（前篇）
085 滑雪別墅殺人事件（後篇）
1998年：
086 誘拐現場特定事件
087 白鶴報恩殺人事件
088 德休拉別墅殺人事件（前篇）
089 德休拉別墅殺人事件（後篇）
090 花香殺人事件
091 強盜犯人住院事件
092 恐怖的登山殺人事件（前篇）
093 恐怖的登山殺人事件（後篇）
094 雪女傳說殺人事件
095 小五郎約會殺人事件
096 走投無路的名偵探！連續兩大殺人事件 2小時特別篇04
097 離別美酒殺人事件
098 名陶藝家殺人事件（前篇）
099 名陶藝家殺人事件（後篇）
100 初戀情人回憶事件（前篇）
101 初戀情人回憶事件（後篇）
102 古裝演員殺人事件（前篇）
103 古裝演員殺人事件（後篇）
104 盜竊集團別墅事件（前篇）
105 盜竊集團別墅事件（後篇）
106 新聞照片殺人事件
107 鼴鼠星人之謎事件（前篇）
108 鼴鼠星人之謎事件（後篇）
109 偵探團大追擊事件
110 烹飪教室殺人事件（前篇）
111 烹飪教室殺人事件（後篇）
112 帝丹小學七大離奇事件
113 白色海灘殺人事件
114 有氧潛水殺人事件（前篇）
115 有氧潛水殺人事件（後篇）
116 推理小說家失蹤事件（前篇）
117 推理小說家失蹤事件（前篇）
118 浪花連續殺人事件 1小時特別篇05
119 假面超人殺人事件
120 蜜蜂雞尾酒殺人事件
121 浴室密室事件（前篇）
122 浴室密室事件（後篇）
123 天氣預報小姐誘拐事件
124 神秘的狙擊者殺人事件（前篇）
125 神秘的狙擊者殺人事件（後篇）
126 旅行戲團殺人事件（前篇）
127 旅行戲團殺人事件（後篇）
128 黑暗組織10億搶劫事件
1999年：
129 來自黑暗組織的女子！大學教授殺人事件 2小時特別篇06
130 競技場無差別脅迫事件（前篇）
131 競技場無差別脅迫事件（後篇）
132 魔術愛好者殺人事件（事件篇）
133 魔術愛好者殺人事件（疑惑篇）
134 魔術愛好者殺人事件（解決篇）
135 消失的兇器搜索事件
136 藍色古堡搜索事件（前篇）
137 藍色古堡搜索事件（後篇）
138 最終播映殺人事件（前篇）
139 最終播映殺人事件（後篇）
140 SOS！步美傳達的迅息
141 結婚前夕密室事件（前篇）
142 結婚前夕密室事件（後篇）
143 疑惑的天體觀測
144 上野出發的北鬥星3號（前篇）
145 上野出發的北鬥星3號（後篇）
146 本廳刑事的戀愛物語（前篇）
147 本廳刑事的戀愛物語（前篇）
148 地上電車緊急煞車事件
149 遊樂園高空彈跳事件
150 汽車爆炸事件的真相（前篇）
151 汽車爆炸事件的真相（後篇）
152 神秘老人失蹤事件
153 園子的夏日海灘冒險物語（前篇）
154 園子的夏日海灘冒險物語（後篇）
155 水中的鑰匙密室事件
156 本廳刑事的戀愛物語2（前篇）
157 本廳刑事的戀愛物語2（後篇）
158 沈默的環狀線
159 詭異的五重塔傳說（前篇）
160 詭異的五重塔傳說（後篇）
161 流過流水亭的殺機
162 飛機空中密室！工藤新壹首次的辦案 1小時特別篇07
163 月亮、星星與太陽的秘密（前篇）
164 月亮、星星與太陽的秘密（後篇）
165 少年偵探隊消失事件
166 鳥取縣蜘蛛公館的怪事（事件篇）
167 鳥取縣蜘蛛公館的怪事（疑惑篇）
168 鳥取縣蜘蛛公館的怪事（解決篇）
169 維納斯之吻
170 黑暗之中的死角（前篇）
171 黑暗之中的死角（後篇）
172 復活的死亡訊息（前篇）
173 復活的死亡訊息（後篇）
2000年：
174 第二十年的殺機！聖佛尼號連續殺人事件 2小時特別篇08
175 被殺了四次的男人
176 與黑暗組織的再會（灰原篇）
177 與黑暗組織的再會（柯南篇）
178 與黑暗組織的再會（解決篇）
179 咖啡廳卡車突然撞入事件
180 紅色的殺機夜想曲（前篇）
181 紅色的殺機夜想曲（後篇）
182 第九個門大搜查
183 危險的處方箋
184 詛咒面具的冷笑 1小時特別篇09
185 被狙擊的名偵探（前篇）
186 被狙擊的名偵探（後篇）
187 在黑暗中傳出的神秘槍聲
188 危命的復活 洞窟內的偵探團
189 危命的復活 負傷之下的名偵探
190 危命的復活 第三個選擇
191 危命的復活 黑衣騎士
192 危命的復活 新壹回來了
193 危命的復活 約定的場所
194 別有玄機的八音盒（前篇）
195 別有玄機的八音盒（後篇）
196 看不見的兇器 小蘭的初次推理
197 超級汽車陷阱（前篇）
198 超級汽車陷阱（後篇）
199 嫌疑犯毛利小五郎（前篇）
200 嫌疑犯毛利小五郎（後篇）
201 第10個乘客（前篇）
202 第10個乘客（後篇）
203 伊卡爾斯的黑色之翼（前篇）
204 伊卡爾斯的黑色之翼（後篇）
205 本廳刑事的戀愛物語3（前篇）
206 本廳刑事的戀愛物語3（後篇）
207 完美的名推理
208 朝向迷宮的入口！巨神像之怒 1小時特別篇10
209 龍神山墜落事件
210 五彩傳說的水底龍宮（前篇）
211 五彩傳說的水底龍宮（後篇）
212 松茸、熊與偵探隊（前篇）
213 松茸、熊與偵探隊（後篇）
214 演講廳神秘事件
215 Bay of the Revenge（前篇）
216 Bay of the Revenge（後篇）
217 目暮塵封的秘密（前篇）
218 目暮塵封的秘密（後篇）
2001年：
219 名偵探的會集！新壹VS怪盜KID 2小時特別篇11
220 壹直說謊的委托人（前篇）
221 壹直說謊的委托人（後篇）
222 人魚又再度悲泣（事件篇）
223 人魚又再度悲泣（推理篇）
224 人魚又再度悲泣（解決篇）
225 買賣興隆的秘密
226 格鬥遊戲的陷阱（前篇）
227 格鬥遊戲的陷阱（後篇）
228 潛藏殺機的陶藝教室（前篇）
229 潛藏殺機的陶藝教室（後篇）
230 詭密的乘客（前篇）
231 詭密的乘客（後篇）
232 公寓墜落事件
233 無法消滅的證據（前篇）
234 無法消滅的證據（後篇）
235 寢室的酒窖
236 南紀白濱的神秘之旅（前篇）
237 南紀白濱的神秘之旅（後篇）
238 大阪3K事件（前篇）
239 大阪3K事件（後篇）
240 新幹線護送事件（前篇）
241 新幹線護送事件（前篇）
242 元太少年的災難
243 毛利小五郎的冒充者（前篇）
244 毛利小五郎的冒充者（後篇）
245 向日葵館的槍聲
246 纏在網子中的謎團（前篇）
247 纏在網子中的謎團（後篇）
248 治愈之森的不在場稱證明
249 偶像們的秘密（前篇）
250 偶像們的秘密（後篇）
251 OK牧場的悲劇
252 在圖畫裏面的綁架犯
253 本廳刑事的戀愛物語4（前篇）
254 本廳刑事的戀愛物語4（後篇）
255 松江玉造連句十四回合定勝負（前篇）
256 松江玉造連句十四回合定勝負（後篇）
257 非常奇怪的天譴
258 來自芝加哥的男子（前篇）
259 來自芝加哥的男子（後篇）
260 搖動的餐館殺人事件
261 降雪之夜的恐怖傳說（前篇）
262 降雪之夜的恐怖傳說（後篇）
2002年：
263 大阪雙謎！浪花劍士與太閣之城 2小時特別篇12
264 法庭上的對決 妃VS小五郎 （前篇）
265 法庭上的對決 妃VS小五郎 （後篇）
266 情人節的真實（事件篇）
267 情人節的真實（推理篇）
268 情人節的真實（解決篇）
269 犯罪的遺物（前篇）
270 犯罪的遺物（後篇）
271 急忙掩飾的忽略（前篇）
272 急忙掩飾的忽略（後篇）
273 提問婆婆失蹤事件
274 幽靈屋的真相（前篇）
275 幽靈屋的真相（後篇）
276 警察手冊丟失事件
277 英語教師VS西部名偵探（前篇）
278 英語教師VS西部名偵探（後篇）
279 迷宮的陰暗（前篇）
280 迷宮的陰暗（後篇）
281 小小的目擊者
282 水流石庭的玄機（前篇）
283 水流石庭的玄機（後篇）
284 中華街雨中的似曾相識（前篇）
285 中華街雨中的似曾相識（後篇）
286 工藤新壹紐約事件（事件篇）
287 工藤新壹紐約事件（推理篇）
288 工藤新壹紐約事件（解決篇）
289 迷惘森林中的光彥（前篇）
290 迷惘森林中的光彥（後篇）
291 孤島的公主與龍宮城（事件篇）
292 孤島的公主與龍宮城（追求篇）
293 孤島的公主與龍宮城（解決篇）
294 愛與決心的必殺球（前篇）
295 愛與決心的必殺球（後篇）
296 屋形船 震驚的釣魚
297 法庭上的對決II 妃VS九條（前篇）
298 法庭上的對決II 妃VS九條（後篇）
299 友情與殺意的關門海峽（前篇）
300 友情與殺意的關門海峽（後篇）
301 惡意與勝者的行進（前篇）
302 惡意與勝者的行進（後篇）
303 能回來的受害者
2003年：
304 震動的警視廳！1200萬人質 2小時特別篇13
305 看不見的嫌疑犯（前篇）
306 看不見的嫌疑犯（後篇）
307 無聲的證據（前篇）
308 無聲的證據（後篇）
309 與黑暗組織的再會（交涉篇）
310 與黑暗組織的再會（追蹤篇）
311 與黑暗組織的再會（決死篇）
312 夕陽染紅的女兒節人偶（前篇）
313 夕陽染紅的女兒節人偶（後篇）
314 欄桿損壞的了望臺
315 陽光普照的地方
316 玷汙的假面英雄（前篇）
317 玷汙的假面英雄（後篇）
318 幸運的雪茄盒（前篇）
319 幸運的雪茄盒（後篇）
320 不在場證明的隱身術
321 消失的綁架逃逸車（前篇）
322 消失的綁架逃逸車（後篇）
323 服部平次壹籌莫展（前篇）
324 服部平次壹籌莫展（後篇）
325 火焰中的紅馬（事件篇）
326 火焰中的紅馬（搜索篇）
327 火焰中的紅馬（解決篇）
328 生日葡萄酒之謎
329 被挑撥的友情（前篇）
330 被挑撥的友情（後篇）
331 疑惑的咖喱飯（前篇）
332 疑惑的咖喱飯（後篇）
333 像公主的人（前篇）
334 像公主的人（後篇）
335 東京現影所的秘密（前篇）
336 東京現影所的秘密（前篇）
337 墜落事件的隱情
338 四輛保時捷（前篇）
339 四輛保時捷（後篇）
340 廁所裏隱藏的秘密（前篇）
341 廁所裏隱藏的秘密（後篇）
342 豪斯登堡的新娘 1小時特別篇14
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（後篇）
2004年：
345 直面黑暗組織的對決！滿月之夜的二元神秘事件 2小時30分特別篇15
346 尋找屁股上的印記（前篇）
347 尋找屁股上的印記（後篇）
348 愛、幽靈和地球遺產（前篇）
349 愛、幽靈和地球遺產（後篇）
350 被遺忘的手機（前篇）
351 被遺忘的手機（後篇）
352 釣魚大會的悲劇（前篇）
353 釣魚大會的悲劇（後篇）
354 小小的委托者（前篇）
355 小小的委托者（後篇）
356 怪盜基德的驚異的空中步行 1小時特別篇16
357 戀人只是春天的幻覺
358 本廳刑事的戀愛物語5（前篇）
359 本廳刑事的戀愛物語5（後篇）
360 不可思議的春甲蟲
361 帝丹高中學校怪談（前篇）
362 帝丹高中學校怪談（後編）
363 都市的烏鴉
364 ***時性事件（前篇）
365 ***時性事件（後篇）
366 眾目睽睽下的碼頭慘劇（前篇）
367 眾目睽睽下的碼頭慘劇（後篇）
368 魔女棲息的糖果之家
369 好運男子的歷險
370 四處逃跑的遊戲軟件
371 沈默的航路（前篇）
372 沈默的航路（後篇）
373 劇毒蜘蛛的陷阱
374 星星和香煙的暗號（前篇）
375 星星和香煙的暗號（後篇）
376 限時15點
377 桃太郎解謎之旅（前篇）
378 桃太郎解謎之旅（後篇）
379 神秘溫泉雪夜振袖事件（前篇）
380 神秘溫泉雪夜振袖事件（後篇）
381 誰的推理秀（前篇）
382 誰的推理秀（後篇）
383 甲子園的奇跡！決不能輸給看不見的惡魔 2小時特別篇17
2005年：
384 目標是毛利小五郎
385 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音（前奏曲）
386 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音（間奏曲）
387 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音（尾聲）
388 醉倒在薩摩的小五郎（前篇）
389 醉倒在薩摩的小五郎（後篇）
390 本廳刑事的戀愛物語6（前篇）
391 本廳刑事的戀愛物語6（後篇）
392 迷般的20厘米身高差
393 疑似誘拐事件
394 奇異屋宇的大冒險（封印篇）
395 奇異屋宇的大冒險（機關篇）
396 奇異屋宇的大冒險（解決篇）
397 又辣又苦的甜湯
398 奇妙壹家的委托（前篇）
399 奇妙壹家的委托（後篇）
400 心存疑惑的蘭
401 寶石強盜現行犯（前篇）
402 寶石強盜現行犯（後篇）
403 不可思議的天使之館（前篇）
404 不可思議的天使之館（後篇）
405 去叫救護車的男人
406 柯南平次的推理魔術（操縱篇）
407 柯南平次的推理魔術（公館篇）
408 柯南平次的推理魔術（解決篇）
409 同時進行的舞臺表演和誘拐行動（前篇）
410 同時進行的舞臺表演和誘拐行動（後篇）
411 神社鳥居的驚人暗號（前篇）
412 神社鳥居的驚人暗號（後篇）
413 完全半分犯罪之謎
414 追逐青鳥的偵探團
415 出現在佛滅之日的惡靈（事件篇）
416 出現在佛滅之日的惡靈（推理篇）
417 出現在佛滅之日的惡靈（解決篇）
418 米花町閣樓之家
419 八岐大蛇的劍（前篇）
420 八歧大蛇之劍（後篇）
421 銀杏色的初戀（前篇）
422 銀杏色的初戀（後篇）
423 偵探團和青蟲4兄弟
424 小醜發來的彩信
2006年：
425 黑色沖擊！在組織之手到達的瞬間 2小時30分特別篇18
426 給小蘭的情書
427 超秘密的上學路（前篇）
428 超秘密的上學路（後篇）
429 無法回到從前的兩個人（前篇）
430 無法回到從前的兩個人（後篇）
431 本廳刑事的戀愛物語7（前篇）
432 本廳刑事的戀愛物語7（後篇）
433 柯南 古怪的孩子
434 名犬COOL的功勞
435 以偵探團為焦點的取材（前篇）
436 以偵探團為焦點的取材（後篇）
437 上戶彩和新壹4年前的約定
438 追蹤魚的短信
439 於是所有人都消失就好了
440 極限飛車特技
441 臨終的 啊
442 被鋼筋阻擊的男人
443 嘆氣拾潮（前篇）
444 嘆氣拾潮（後篇）
445 俄羅斯藍貓的秘密
446 被封印的洋窗（前篇）
447 被封印的洋窗（後篇）
448 目黑的秋刀魚事件
449 本廳刑事的戀愛物語 虛假的婚禮 1小時特別篇19
450 詭計VS魔術（前篇）
451 詭計VS魔術（後篇）
452 金比羅劇院的怪人 1小時特別篇20
453 因緣與友情的試映會
454 顛倒的結尾（前篇）
455 顛倒的結尾（後篇）
456 我喜愛的神秘旅行
457 園子的紅手帕（前篇）
458 園子的紅手帕（後篇）
459 怪人 循規蹈矩的男人
TV特別篇：
特別篇01-鋼琴奏鳴曲「月光」殺人事件 1小時
特別篇02-霧天狗傳說殺人事件 1小時
特別篇03-柯南VS怪盜KID 1小時
特別篇04-走投無路的名偵探！連續兩大殺人事件 2小時
特別篇05-浪花連續殺人事件 1小時
特別篇06-來自黑暗組織的女子！大學教授殺人事件 2小時
特別篇07-飛行中的密室！工藤新壹首次事件 1小時
特別篇08-第二十年的殺機！聖佛尼號連續殺人事件 1小時
特別篇09-詛咒假面的冷笑 1小時
特別篇10-朝向迷宮的入口！巨神像之怒 1小時
特別篇11-名偵探的會集！新壹VS怪盜KID 2小時
特別篇12-大阪雙謎！浪花劍士與太閣之城 2小時
特別篇13-震動的警視廳！1200萬人質 2小時
特別篇14-豪斯登堡的新娘 1小時
特別篇15-直面黑暗組織的對決！滿月之夜的二元神秘事件 2小時30分鐘
特別篇16-怪盜基德的驚異的空中步行 1小時
特別篇17-甲子園的奇跡！決不能輸給看不見的惡魔 2小時
特別篇18-黑色沖擊！在組織之手到達的瞬間 2小時30分鐘
特別篇19-本廳刑事的戀愛物語 虛假的婚禮 1小時
特別篇20-金比羅劇院的怪人 1小時
劇場版：
劇場版01-引爆摩天樓
劇場版02-十四番目之標的
劇場版03-世紀末的魔術師
劇場版04-瞳孔中的暗殺者
劇場版05-朝向天國的倒數計時
劇場版06-貝克街的亡魂
劇場版07-迷宮的十字路口
劇場版08-銀翼的奇術師
劇場版09-水平線上的陰謀
劇場版10-偵探們的鎮魂歌
OVA版：
OVA1-柯南 vs Kid vs Yaiba 寶刀爭奪大作戰!
OVA2-16個嫌疑犯
OVA3-柯南、平次與消失的少年
OVA4-怪盜基德與水晶之母
OVA5-目標是小五郎
OVA6-追蹤消失的鉆石
特別版：
特別版1-工藤優作-仿徨的紅蝴蝶
特別版2-工藤有希子-飛上天空的十顆行星
特別版3-世紀百科-追尋迷壹樣的水星怪獸
特別版4-青山剛昌短篇動畫集
特別版5-少年偵探團7分鐘特輯
特別版6-秋天特別版-被召集的名偵探