此時，歸氏壹家佯裝被擒，突襲康熙，韋小寶挺身相救。康熙念及韋小寶與他深厚交情，放韋小寶壹馬，並且派多隆寸步不離地“保護”韋小寶。但已布下天羅地網炮轟伯爵府中的天地會及沐王府等人。
韋小寶的伯爵府裏天地會兄弟心急如焚，派風際中和雙兒出去打探消息，二人卻碰上清兵被擒。
韋小寶被康熙軟禁在宮中，不得離開半步。韋小寶為了拯救天地會兄弟，不惜違抗聖旨，殺害多隆，扮成小太監逃出皇宮，正好撞上來找他的建寧公主，並告訴韋小寶已經有了他的孩子，要馬上和他成親，韋小寶施計讓建寧作掩護連夜逃出宮去。
第四十壹集
韋小寶和建寧坐轎到宮門口時卻被趙良棟和張康年攔下，韋小寶騙說奉皇上密旨岀宮捉拿吳三桂反賊，要張康年、趙良棟和禦前侍衛壹同前去立功。
韋小寶利用建寧公主帶天地會和沐王府壹眾逃離伯爵府，因清兵追殺，只好四處分散逃離。韋小寶逃走期間卻遇到神龍教教主追殺帶回神龍島。
風際中帶雙兒逃出找到總舵主陳近南，雙兒不見相公，只好隨陳近南前往臺灣。
陸高軒不願服洪教主所賜的毒死，激怒了洪教主，陸高軒無意說出了蘇荃懷孕的秘密，讓眾人都很吃驚，讓方怡、沐劍屏想起了麗春院那壹夜，壹定是韋小寶所為，洪教主逼問蘇荃肚子裏的孩子到底是誰的。
第四十二集
洪教主因蘇荃背叛，大開殺戒，神龍教內訌群攻洪教主，陸高軒等人卻被洪教主所殺。
洪教主要殺了蘇荃以解心頭之恨，韋小寶在眼見蘇荃性命不保，搬起石頭砸向洪安通，用洪安通曾教過他的招式殺死洪安通，洪安通在臨死之前才知道蘇荃是懷了韋小寶的骨肉。
建寧責罵韋小寶卻遭到蘇荃的教訓，建寧只好忍氣吞聲。韋小寶帶著蘇荃、建寧、曾柔、方怡及沐劍屏，離開神龍島，逃到通吃島避難。
海上，鄭克塽遭到施瑯的追擊，被趕往臺灣的陳近南救下鄭克塽，施瑯仍不放開，艦隊窮追不舍，炮火兇猛，陳近南等人被迫下船來到通吃島躲避，正好與韋小寶等人相遇，小寶見到阿珂甚是歡喜。
第四十三集
施瑯帶清兵追上通吃島，陳近南等人把清兵打得落荒而逃，陳近南勸施瑯回臺灣，引起鄭克爽的不滿，被鄭克爽偷襲身亡。
韋小寶答應師傅陳近南不殺鄭克爽，但要逼鄭克爽寫下巨額欠條。鄭克爽為了保命只好以阿珂做抵押給韋小寶，並告知韋小寶，阿珂肚子裏懷的是他的孩子，韋小寶只好放走鄭克爽和馮錫範，卻被風際中攔住。風際中向韋小寶說明身份，韋小寶萬沒有想到風際中竟是皇上派到天地會中的奸細，風際中威脅韋小寶卻被雙兒壹槍打死。
韋小寶安葬了師傅陳近南，帶著七個老婆來到通吃島上的壹個山洞居住。
第四十四集
大臣們在朝上對炮轟伯爵府之事議論紛紛，康熙心中不快，讓阿濟赤向大臣們說清楚炮轟伯爵府之事。
通吃島山洞裏，韋小寶和老婆們嬉戲，其樂融融。建寧公主仍不忘和其它人爭風吃醋，施計騙取小寶，教雙兒給韋小寶請安，讓韋小寶想起當年“火燒藤甲兵”的事情，撒腿就跑，建寧挺著大肚子在後面追。阿珂總看不慣這些，遠離他們，壹人跑在山頂痛哭，韋小寶獨愛阿珂，自己專為阿珂的孩子做了壹雙鞋送給阿珂，終於逗笑了她，也漸漸地奪回了阿珂的心。韋小寶對阿珂的寵愛讓建寧心中不平，老是遭到韋小寶的冷眼諷刺。
康熙思念韋小寶派趙良棟和王進寶帶密旨各島尋找……到了通吃島就大聲喊：小玄子……韋小寶也想念康熙，以為是小玄子的鬼魂沖出洞外。
第四十五集
韋小寶沖出山洞才發現中了小玄子的鬼計，原來是皇上派人這樣叫他，是為了引他出來。
康熙不忘韋小寶的功勞，聖旨裏壹件件都清清楚楚地，讓韋小寶回憶起當年二人壹起擒拿鰲拜的情景。康熙要讓韋小寶消滅天地會，韋小寶寧願留在通吃島上做王八都不願意回京，韋小寶拒絕了趙良棟和王進寶。
阿珂、蘇荃及建寧公主為韋小寶生下兩子壹女，讓韋小寶忙得不亦樂乎，擲色子給孩子取名字。康熙責罵趙良棟、王進寶，怕韋小寶再溜走，康熙仍給韋小寶加官進爵，連他的兒子韋虎頭都封了雲騎尉。
幾年後，吳三桂被平定，鄭克塽歸降，康熙再次讓王進寶上通吃島給韋小寶送東西，勸說韋小寶。
第四十六集
韋小寶惋惜自已沒有趕上平定吳三桂。在通吃島的生活也慢慢厭倦，思念起康熙。
康熙也再次傳召韋小寶回京，特意派施瑯來通吃島上請韋小寶，韋小寶也正順著康熙給他的臺階利用施瑯出島，先去臺灣繞了個彎才好回京面見皇上。
韋小寶的臺灣之行，也相當順利，不但為施瑯解了燃眉之急，也得到了臺灣民眾的好評，更輕而易舉地拿走了臺灣人民的壹百萬兩銀子。在臺灣也為師傅陳近南出了口氣，推翻董太妃的塑像，塑上師傅陳近南的塑像陪伴國姓爺。
第四十七集
索額圖奉皇上之命來臺灣準韋小寶回京，小寶暗中大喜，小玄子還是讓了他壹步。原是因為韋小寶去過雅克薩，要派他去議和。
韋小寶回京時向施瑯要了林興珠和五百藤甲兵帶回京城準備攻打雅克薩用。
韋小寶進京面見皇上心中有說不出的滋味，禁不住眼淚奪眶而出。康熙向小寶問了問他在臺灣的所見所聞，並跟韋小寶商量如何到雅克薩議和。康熙告知韋小寶鄭克爽已經投降大清，叫小寶不要為難鄭克爽，韋小寶心有不甘。此時，韋小寶被封為三等鹿鼎公。韋小寶路遇已被自己殺害的多隆出現在面前，以為撞見鬼甚是害怕，聽多隆講述當天的事情才知多隆是因心長偏了沒死，皇上又替他掩埋實情，韋小寶覺得過意不去，把鄭克爽借自己銀子的事兒委托給多隆，討來得都是自己的。
次日，韋小寶帶雙兒去攻打雅克薩，凱旋而歸並簽下中俄尼不楚條約。康熙甚是高興。
第四十八集
韋小寶向康熙講述雅克薩之行，自制水炮攻破雅克薩城，打敗羅剎鬼。
正當韋小寶封為壹等鹿鼎公回府的路上，碰到茅十八當街辱罵皇上和韋小寶，被清兵擒住帶回伯爵府，韋小寶良言相勸，茅十八痛罵韋小寶忘恩負義，殺害陳近南，韋小寶才得知康熙為絕後患，把殺死陳近南的罪命按在了韋小寶的頭上，韋小寶要找皇上討回公道，被康熙拒絕，康熙親審茅十八，並下旨要韋小寶
親自監斬茅十八，還要以韋小寶妻兒十口要脅。
韋小寶為了救茅十八，不惜逆旨，想法設計陷害馮錫範。
第四十九集
張康年配合韋小寶隱瞞多隆用偷龍轉鳳方法，以馮錫範替代茅十八受斬，救出茅十八，送往揚州邊界。同時，韋小寶也被天地會兄弟誤會是殺害陳近南和茅十八的兇手，要挾韋小寶給大家壹個說法，雙兒不忍看相公受冤向天地會講述了通吃島上陳近南被害的經過，天地會兄弟才知殺害陳總舵主的兇手是鄭克爽，請求韋小寶諒解。還要請韋小寶為天地會立功，進宮刺殺康熙。韋小寶左右為難。
康熙急召韋小寶進宮，要他查明馮錫範的死因給臺灣百姓壹個答復。並暗示韋小寶不能再壹只腳踏兩只船。
韋小寶將馮錫範壹案奏明皇上，又向康熙磕頭作了最後的告別。
第五十集
韋小寶以免左右做人難，決定連夜率妻兒離開京城。康熙突感韋小寶的種種異常，派人查看時，卻發現韋小寶府上空無壹人。康熙下令讓多隆追緝韋小寶。正巧碰到天地會派顧炎武等人來勸說韋小寶做皇帝，被韋小寶拒絕。韋小寶見多隆有意放自己壹條生路，也配合多隆演了壹出諸葛亮火燒藤甲兵，讓多隆好和皇上交差。
康熙和韋小寶想念，二人相互道出真心話。康熙又封多隆為江南水利稽查南下調劑，希望能找回韋小寶。
韋小寶帶著七個老婆來到揚州麗春院，見過母親韋春花。又帶著母親和老婆們告別揚州，離開了麗春院。