讓藥師兜變好的主要原因是“伊邪那美”，這是壹種寫輪眼的高級瞳術，也是壹種禁術，中了伊邪那美的人會陷入無限輪回中，只有看清自己並重拾自我，才能從幻術中脫離出來，發動條件是要通過肢體接觸，發動後寫輪眼會變瞎，因此被稱為禁術。
在第四次忍界大戰時，宇智波鼬為了阻止穢土轉生，通過感應找到了藥師兜的位置，最後他發動了伊邪那美，至此藥師兜陷入無限輪回中，重重復復剛才所發生的事情。
在這個過程中，藥師兜想到了過去的事情，他以前是個孤兒，被壹家孤兒院收留，那裏的院長名字叫藥師野乃宇，對他非常好，他也很喜歡野乃宇，就像是自己的媽媽壹樣，那時候的藥師兜還是壹個不壞的孩子。
後來發生了很多事情，藥師兜失手殺害了野乃宇，這之後他的性格開始變了，接著他跟了大蛇丸，又在大蛇丸的影響下，他原本的思想被逐漸吞沒，開始黑暗化，在跟著大蛇丸的這段時間，做了不少壞事。
再後來，也就是第四次忍界大戰，他中了宇智波鼬發動的伊邪那美，緊接著他找到了自我，於是就變好了，還幫忙治療宇智波佐助。
雖然藥師兜變好了，但由於過去做了太多壞事，自然不能就那麽算了，不過他救了佐助，為第四次忍界大戰的勝利作出了重要貢獻，因此五大國的人沒有再將他列為叛忍，而第四次大戰結束後，或許是為了彌補過去的錯，又或許是為了紀念野乃宇，他與兒時的夥伴烏魯西，壹同在木葉開設了孤兒院，親自擔任院長，再後來才有了壹眾克隆人宇智波信被托付於他的事情。
其實火影忍者中的反派大多數都是好人，只不過發生了很多事情，才導致他們黑暗化，例如宇智波斑、大蛇丸以及佐助等人。
好了，以上就是藥師兜變好的原因與過程