李忠已長大，懂得對上官儀等人用攻心之術，使他們對長孫無忌頗多怨言，為自己所用，上官儀等門閥老臣與長孫無忌在政道上離心離德。
甘露殿出現詭異黑貓，引起眾人驚慌，媚娘懷疑這是有心人在作怪。西州告急，李治有心趁這個機會將兵權從門閥老臣中拿回交給自己的心腹，不料卻頻犯風疾，帝後二人為不使朝堂人心慌亂，聯手封鎖了李治又發風疾的消息。
李治風疾突犯，媚娘代替李治上朝。以長孫無忌為首的老臣反對媚娘後宮幹政，更聯手施壓希望媚娘將蔥山道行軍總管的職位交給門閥大臣，出身世族卻受到排擠的郭瑜此時站出來反對。媚娘手腕強硬，確定了支援西州的蔥山道行軍總管為程知節，以此換取程知節手中內宮的兵權。
門閥老臣齊聚長孫府，紛紛感嘆這李家的朝堂到底還是讓武氏染指了。
媚娘召明崇儼入宮，讓他醫治李治的風疾，並拜托他去查這黑貓的來源。
李忠為讓李治反感武後，讓上官儀把李治又犯風疾的風聲散布出去。長孫無忌發現長孫沖竟將門閥利益置於大唐基業之上，對門閥深深失望……
· 第87集
媚娘因早朝時郭瑜的表現記住了這個人，她請郭瑜擔代王府長史，輔佐代王李弘。
李治得知媚娘壹直在為自己的病試藥，不願媚娘以身犯險，他讓明崇儼用兇險的辦法治療風疾。媚娘得知，生怕李治出事想要阻止，李治卻心意已決。
宮中流傳武後隱瞞李治病情，強行幹政的傳言，上官儀等人認為時機已成熟，奏請廢後。李治大怒，下令罷黜上官儀，上官儀竟當朝撞柱。早朝後長孫無忌給長孫沖敲警鐘，要門閥不要再輕舉妄動。
媚娘問及李治想要如何處置上官儀等人，李治余怒難消但理智仍存，雖不滿上官儀，也不願讓朝中老臣寒心，於是明升暗貶將上官儀調往弘文館編撰史料。
李忠得知上官儀等人政途已毀，自身已再沒有任何可用的力量，想要孤註壹擲奮起壹搏，他終於明白有媚娘在壹天，他都不可能鬥過他，李忠改變了思路，他要提早登上皇位，為了達到這個目的，他不惜說服上官儀等人對李治下手……
三日後，闕樓召開了接待西域昭武九國使臣的夜宴，媚娘正準備參加夜宴，卻接到密函，密函上寫著東宮要弒君的消息。
李治與媚娘***同出席宴會，媚娘用自己的機智化解了這段時間以來的種種傳言……
宮女為李治獻毒酒，媚娘以李治病體初愈不宜飲酒為由讓李忠代飲，李忠嚇壞了，卻被媚娘逼著喝了酒，原來媚娘已經把毒酒替換了。
宴會結束後，媚娘來找李忠。
· 第88集
媚娘希望李忠能自請廢去太子之位。李義府和許敬宗受命向李治揭發上官儀等人罪行，為了自己的野心，兩人更是自作主張說出了東宮才是背後指使的真相，同時，李忠請辭太子位的親筆書送到，李治大受打擊。
上官儀罪行敗露，自盡在書房。長孫沖以為闕樓行刺壹事是媚娘自導自演的壹場戲，長孫無忌卻明白，關隴門閥是真的向李治下手了，長孫無忌決定要結束關隴門閥和李治、媚娘之間的爭鬥。
媚娘惱恨許敬宗、李義府擅自做主，用兩人過往的不堪事敲打兩人。兩人被驚出壹身冷汗，仔細回想，才發現壹切都可能是媚娘自己布的局，而她真正的目的，則是扶代王李弘上位。媚娘寬待李弘，嚴待李賢，引起李賢不滿。媚娘與李治商討立誰為太子，李治中意才華出眾的李賢，媚娘卻更中意為人寬厚的李弘。
在甘露殿探聽消息的探子得知李治已經擬好了旨意要立賢為太子，便把消息報告給李賢，李賢以為自己當定太子，不料上諭壹下，李弘才是太子。李賢這才得知，是媚娘勸李治改變的心意，心中不是滋味。
媚娘知道李治有心想要打壓氏族，苦於受制度限制，命人修纂成《姓氏錄》代替《氏族誌》，向門閥世家宣戰，為天下出身寒門的有學之士大開方便之門，解決了李治的困難。媚娘坦言要成為李治心中可福禍相依、攜手並肩、無法被取代的女人。
李治想要媚娘代替自己，在泰山封禪大典上升壇主持亞獻，媚娘卻認為這樣隆重的儀式應當由李治自己來完成，借以樹立在百姓心中的威儀。
門閥得知李治有意讓媚娘主持亞獻，人心動亂，都聚集在長孫府，長孫無忌決定讓媚娘主持亞獻，並在封禪儀式上用毒弩射殺媚娘。
第二天早朝，長孫無忌奏請媚娘主持亞獻。
· 武媚娘傳奇89集劇情
李治十分憂慮，他明白長孫無忌有多麽仇視媚娘，認為此行必然兇多吉少，媚娘卻有別的預感，甘願進入長孫無忌為她設好的局……泰山封禪大典上，此刻行刺媚娘，媚娘早有準備，刺殺徹底失敗。被貶至梁州的李忠得知媚娘安然無恙，憤恨不已。
李治以為媚娘無事是佛祖保佑，媚娘卻說刺客用的弩箭被人動了手腳。許敬宗夜得密信，密信中說出泰山行刺幕後主使是長孫無忌，還牽扯多名出身門閥的大臣，李治得到消息，令許敬宗捉拿太子洗馬韋季方，韋季方經不住拷問，供出了長孫無忌。媚娘提議去和長孫無忌見壹面，李治不想面對已經變了的長孫無忌，他讓媚娘代自己去和長孫無忌會面。媚娘面見長孫無忌，心中所有疑慮都被長孫無忌解開。
原來，在開國之初，長孫無忌為守護大唐江山可以被安穩的傳下去，建立了關隴門閥，沒想到現在，門閥卻變質了，他們成為了大唐的毒瘤。所以他寧願自己毀掉這顆毒瘤，為大唐解開桎梏。長孫無忌不能說出真相，是怕李治對自己下不了手，所以寧肯承擔惡名。媚娘知道真相，對長孫無忌肅然起敬。與此同時，李治也從獨孤及處得知真相，內心震撼。
· 武媚娘傳奇90集劇情
長孫無忌踏上了流放之路，郭瑜送別長孫無忌，原來他是長孫無忌留在長安的壹手棋，用來培養太子的門閥觀念，與朝廷上強大的寒門勢力形成制衡。媚娘站在高高的宮墻上送別長孫無忌，屬於她的時代在金色陽光的照耀下真正開始了……媚娘主動為李治納禦妻，引起李治的不滿，媚娘和李治推心置腹，李治終於同意。李治為了留給李弘壹個穩固的江山，命使臣送去毒酒，也把壹直以來隱瞞的王皇後死亡的真相告訴李忠，李忠未能替母報仇，至死不原諒媚娘。
媚娘的母親榮國夫人，因媚娘的姐姐韓國夫人不明不白的死在宮中，而聽信了宮中的謠言，以為是媚娘殺了姐姐，多年不肯見媚娘，榮國夫人病危，媚娘趕到洛陽也沒見到最後壹眼，十分傷心。韓國夫人的女兒賀蘭敏月跟著媚娘返回了長安。
李治安慰傷心的媚娘，並告訴她，他已經打算朝堂之事由二人***同處理，兩人並稱天皇天後。郭瑜與太子妃裴氏聯手，打算進行下壹步的計劃。郭瑜提點裴妃要讓李弘見到宣城、義陽兩位公主。
· 武媚娘傳奇91集劇情
李弘在掖庭見到宣城和義陽兩位公主，震驚心痛，兩位公主的悲慘處境激起了李弘想要保護二人的決心。明崇儼改良金針泄血術的方法成功了，李治為治風疾之癥，拜托媚娘主持早朝。李弘看到媚娘又在替父執政，心中失望。李弘上奏，替宣城、義陽公主求情，放她們出掖庭，媚娘答應會親自安排兩位公主出嫁。李弘並沒有見好就收，反倒更加激進，指責媚娘因執政而疏於管理後廷，言語中竟是指責媚娘後宮幹政，郭瑜見情勢脫離控制，大驚失色。媚娘對李弘感到失望，命他在東宮思過。太子被軟禁的消息傳開，李弘的兄弟們反應各異。李治聽說李弘彈劾媚娘，對他感到生氣，媚娘反倒想借李弘的彈劾趁機退出朝堂。
媚娘到東宮看望李弘，與李弘對弈，媚娘推心置腹，訴說自己的苦心，兩人盡釋前嫌，李弘深感慚愧。李弘問及賀蘭敏月，這才知道她是主動要求跟媚娘回宮的。
李弘向賀蘭敏月求證，敏月承認回宮是她主動要求的，因為媚娘殺了韓國夫人，她要為母親報仇，李弘不相信，但他心地柔軟，願意盡力彌補賀蘭敏月，請她在搞清楚事情真相前不要傷害媚娘。
合璧宮夜宴，李弘借酒向媚娘請罪，不料卻在飲下毒酒後毒發身亡。壹時間席上大亂，李治暈倒，徒留媚娘抱著李弘的屍體……李治要獨孤及徹查此事，獨孤及說出自己聽到的傳言，天後要殺自己的兒子，及當初李忠行刺壹案的疑點。與此同時，媚娘也嚴令明崇儼查出下毒者，禍不單行～
92集劇情
李治因李弘之死而受刺激，治療前功盡棄。李弘的死給予郭瑜等門閥大臣致命壹擊，郭瑜終於忍不住，出手彈劾媚娘，媚娘沒有經過李治，直接以誣蔑天後之罪將郭瑜問斬，壹時間，沒有人再敢對媚娘非議。李弘之死到底還是讓媚娘和李治之間產生了裂痕，李治沒有和媚娘商量，便立李賢為太子。早朝時媚娘的雷霆手腕讓李治心驚，更感到憋悶。他沒有安撫媚娘的喪子之痛，而是選擇外出散步。賀蘭敏月找到李治，李治對著賀蘭訴說心中難過，更覺賀蘭的貼心。李治收到匿名奏疏，說媚娘毒死太子，害死安定，李治看完奏折，去了合璧宮找賀蘭敏月，這些消息被瑞安告知媚娘。獨孤及查到給李弘下毒的宮女，近日和瑞安過從甚密，李治害怕知道真相，下令獨孤及停止調查。賀蘭敏月趁虛而入，李治留宿了合璧宮。
李賢知道這個消息後，十分高興，他吩咐趙道生，未免夜長夢多，要盡快除掉明崇儼。明崇儼拜見媚娘，決心以身引出兇手，並要媚娘記住孫無生這個名字。媚娘聽說李治留宿合璧宮，難掩失望。李治連續幾日罷朝，朝堂上壹團亂，媚娘強打精神應付朝政。明崇儼在長安街市上被李賢和趙道生殺害，臨死前，他說出了孫無生三個字。 連日來的打擊讓媚娘頗感疲憊，當她再次看到李治時，不肯低頭，明明深愛彼此的夫妻二人卻不斷地試探刺傷對方，媚娘竟提議讓李治給賀蘭敏月封號，李治見媚娘竟毫不在乎，被氣走。媚娘召見賀蘭敏月，對當年賀蘭夫人之死據實相告，原來，賀蘭夫人入宮時，鐘情於李治，為得到李治的寵愛不惜下毒毒害媚娘，後被揭發，羞愧自盡，賀蘭敏月心裏卻不相信媚娘說的真相。
93集劇情
李治聽說媚娘傳見賀蘭敏月，擔心地前來看望她，敏月當面表達了自己很喜歡媚娘送來的紫玉鐲，然而第二天，敏月就突然陷入昏迷。李治從禦醫口中得知，敏月佩戴的紫玉鐲被人塗了毒，武斷地認為是媚娘所為。李治下令讓媚娘不再參與早朝，瑞安告知媚娘，已經發現了明崇儼的屍體。早朝，李治下旨移居東都洛陽，太子監國。
李賢的《後漢書註》書成，接著又傳來消息，媚娘沒有上朝，同時李治宣布太子監國，壹連串的好消息讓李賢有些激動，這時，趙道生來報，媚娘要見他。媚娘說出自己壹直嚴待李賢的良苦用心，然而母子隔閡太深，難以消除。媚娘用明崇儼來試探李賢，李賢上鉤，問出孫無生的名字，媚娘對李賢深感失望。李義府提醒媚娘，宮中所有禍端似乎都是從賀蘭敏月入宮開始的，這個人必須要除，媚娘沒有同意。李治得知，李義府等北門學士打算除掉賀蘭敏月，猜不透是否是媚娘的安排。李治下令讓獨孤及去查明崇儼之死。
李賢深夜會見賀蘭敏月，為確保李賢的太子之位安穩，賀蘭敏月說服李賢對媚娘出手……趙道生白日被李治的人劫走，他扛不住嚴刑拷問，在李治面前招認李弘和明崇儼之死都是李賢所謂，而且李賢儲存兵器，已有反心。
媚娘派兵將李賢軟禁於東宮，看著李賢嘶吼喊叫，媚娘心中充滿了絕望和悲傷。
不日，李賢被流放，李治發現江山後繼無人，媚娘提議不如看剩下的兩位皇子誰會去給李賢送行，就立誰為太子。
媚娘和瑞安暗中目送李賢離開，沒有等來送行的其他皇子，卻等來了賀蘭敏月，媚娘猛然想起李弘中毒那日的情景，對賀蘭敏月產生懷疑。
李治病情加重，有意將江山托付於媚娘，媚娘卻不願談及這個話題。