哈利波特被困在了姨媽家裏，幸虧羅恩及時前來搭救，使哈利在羅恩家愉快地度過了剩余的假期。小精靈多比勸誡並用壹切手段阻止哈利回學校，被關在站臺外的哈利和羅恩只能私自開飛車回到學校。
傳說中的密室被斯萊特林的繼承人打開，哈利因為會蛇老腔被所有人懷疑，哈利發現壹本神秘的日子進如了50年前的記憶，隨之恐怖襲擊事件在原本平靜的校園內不斷發生。羅恩的妹妹金妮被帶到密室，墻上留下了密室的血字警告。霍格奧茲面臨被迫關閉的危機。
哈利終於找到密室入口，迎接他的將是可怕的挑戰。最終金妮蘇醒，伏地魔留下的神秘日記被銷毀，哈利挽救了霍格奧茲的危機。
哈利波特十分不情願的在姨媽家裏度暑假，得不到魔法界的壹切消息，羅恩和赫敏的信便成了他的唯壹安慰。瑪姬姑媽前來探望哈利的姨夫，哈利因為受不了她對哈利父母的汙蔑，把瑪姬姑媽變成了壹個脹大的氣球。害怕受到懲罰的哈利逃進夜幕，於是開始了新的冒險
慌亂中哈利看到壹條黑色的大狗，而在魔法界這是死亡的象征。在回學校的火車上，哈利見識到了傳說中的攝魂怪，許多可怕的感覺包圍著他。學校裏哈利又看到了那條象征死亡的大狗，此時哈利也知道了他父母的死因，壹切都歸罪於小天狼星布萊克。哈利決定報仇。
盧平教授傳授哈利抵制攝魂怪的魔法，在活點地圖的幫助下，哈利終於在尖叫棚屋裏找到了小天狼星。小天狼星用魔杖直指羅恩的寵物斑斑，隨著斑斑化成人形，小天狼星講述了事情的真相，眼看小天狼星要恢復清白，斯內普破壞了這壹切。
小天狼星被捕了，哈利不忍自己的教父受攝魂怪的折磨，在校長鄧不利多的指導下幫助小天狼星逃脫。
哈利·波特在霍格活茨魔法學校經過三年的學習和磨煉，逐漸成長為壹個出色的巫師。新學年開始前，哈利和好朋友羅恩、赫敏壹起去觀看精彩的魁地奇世界杯賽，無意間發現了消失十三年的黑魔標記。哈利的心頭籠上了壹團濃重的陰雲，但三個少年依然擁有他們自己的天地，霍格沃茨是他們心目中永遠的伊甸園。然而，少男少女的心思是那樣難以捉摸，三人之間的美好友情竟是那樣壹波三折，忽晴忽雨……哈利渴望與美麗的秋·張***同走進壹個美麗的故事，但這個朦朦朧朧的憧憬卻遭受了小小的失意。他要做壹個普普通通的四年級魔法學生，可不幸的是，哈利註定永遠都不可能平平常常——即使拿魔法界的標準來衡量。黑魔的陰影始終揮之不去，種種暗藏殺機的神秘事件將哈利壹步步推向了伏地魔的魔爪。哈利渴望在百年不遇的三強爭霸賽中戰勝自我，完成三個驚險艱巨的魔法項目，誰知整個競賽竟是壹個天大的黑魔法陰謀。哈利即將面對兇惡的匈牙利角尾龍、殘暴的人魚與處處充滿危機的巨大迷宮，而準備獵取仇人之血的伏地魔的仆人們，也在暗中監視著哈利的壹舉壹動，為了讓伏地魔能夠重現江湖，他們必須將哈利從校長鄧布利多設下的重重保護中擄走。伏地魔得以重生，哈利幸運逃脫，卻沒想到在下壹學年有著更大的陰謀在等著他。
對哈利·波特來說，開始第5年霍格沃茨魔法學校生活之前的暑假是極為漫長的，因為他要忍受和討厭的姨夫姨媽及他們的兒子住在壹起，更糟糕的是，他的好朋友羅恩和赫敏竟連壹封信也沒寫給他。又因為他與邪惡的伏地魔之間的淵源，更不會有任何人給他寫信了。而這天，壹封信終於寄到了哈利·波特的手中，但卻是壹封來自霍格沃茨魔法學校的開除信，理由是他在學院以外非法使用魔法。哈利惟壹的希望就是在魔法部部長康奈利·福吉主持的壹個私設的法庭上為自己辯護，而康奈利則想讓哈利永遠離開。但哈利最後被宣告無罪，這多虧了霍格沃茨令人尊敬的校長鄧布利多的幹涉。而哈利回到霍格沃茨後，也第壹次感到了不安。他聽說大多數魔法社團都被誤導認為他近來與伏地魔的交手是壹個徹底的謊言，哈利的誠信受到了置疑。 哈利遭到了排擠，他感覺非常孤獨，還經常做似乎預示著某種險惡事件即將發生的噩夢。更糟的是，鄧布利多，那個哈利最希望能從他那裏得到忠告的校長，也突然奇怪地與哈利保持著壹定距離，這讓哈裏覺得愈發困惑和受傷。同時，為了監視鄧布利多校長，並讓霍格華茲的學生，尤其是哈利變得更有規矩，康奈利·福吉委派了壹位新的教授黑魔法防禦術的老師多洛麗絲·烏姆裏奇。但烏姆裏奇教的課程根本無法讓小魔法師們抵抗黑魔法，甚至連保護自己的能力都沒有。於是，在赫敏和羅恩的推動下，他們與哈利壹起同壹小群學生秘密組成了壹個名為“鄧布利多軍團”的組織，由哈利教他們如何抵抗黑魔法，為那場即將到來的特別戰鬥做最後的準備。
魯弗斯·斯克林傑接替康奈利·福吉成為了魔法部的部長。原因是魔法世界中的人們認為康奈利·福吉對於早些時候伏地魔對魔法世界發動的襲擊處理不當。西弗勒斯·斯內普施放了牢不可破的誓言，他向德拉科·馬爾福的媽媽保證，他會在德拉科·馬爾福的第壹個食死徒任務中進行保護和幫助。哈利·波特和阿不思·鄧布利多成功說服了霍拉斯·斯拉格霍恩重返學校，擔任魔藥課教師，而西弗勒斯·斯內普教授則如願以償，成為了黑魔法防禦課老師。在壹節哈利·波特忘帶課本的魔藥課上，霍拉斯·斯拉格霍恩借給了哈利壹本舊的魔藥課課本。哈利發現，這本舊課本上面簽著“混血王子”這個名字，此外這本書上還有很多筆記。而哈利靠著這些筆記取得了甚至比赫敏·格蘭傑還要優秀得魔藥課成績。鄧布利多用他的冥想盆向哈利展示了壹些伏地魔過去的情況，並且認定伏地魔在過去曾經把自己的靈魂分成七份，並且將其中的六份藏入了魂器中。其實，伏地魔的兩個魂器已經被摧毀了，其中壹個是被哈利·波特毀掉的湯姆·裏德爾的日記，另壹個是由鄧布利多毀掉的馬沃羅·岡特的戒指。鄧布利多相信想要殺死伏地魔，另外四個魂器也需要毀掉。所以，他和哈利前去取回薩拉查·斯萊特林的小金匣。鄧布利多因為喝掉了保護小金匣的藥劑而變得非常虛弱。他們兩個返回後發現黑魔標記出現在霍格沃茨魔法學校，這表示食死徒來到了霍格沃茨魔法學校並與教職員和學生發生了戰鬥。鄧布利多釋放咒語令藏在隱形衣下的哈利僵住。這之後，哈利便在別人看不到他的情況下目睹了壹系列大事：德拉科·馬爾福到來並且表示是他用魔法櫥櫃把食死徒帶進了學校。後來更多的食死徒趕到現場，催促德拉科·馬爾福完成任務。但是，德拉科·馬爾福面對鄧布利多顯得十分猶豫。此時，西弗勒斯·斯內普來了，他殺了鄧布利多，履行了他和德拉科·馬爾福的媽媽的誓言。後來，哈利壹路追擊西弗勒斯·斯內普（他表示自己就是“混血王子”）和德拉科·馬爾福，但是他們仍然逃出了霍格沃茨魔法學校。麥格教授成為了霍格沃茨魔法學校的臨時校長，但是學校很可能將會因為不安全而被關閉。哈利發現他和鄧布利多辛苦得到的斯萊特林小金匣是假的，真的小金匣被壹個署名為R.A.B.的神秘人物取走。在鄧布利多的葬禮結束之後，哈利決定無論怎樣他都不回學校繼續學習，而是去投身於毀掉伏地魔的所有魂器，並且立誌最終戰勝他，而赫敏及羅恩也表示他們會跟哈利壹起執行這使命。
還有四天，哈利就要迎來自己十七歲的生日，成為壹名真正的魔法師。然而，他不得不提前離開女貞路4號，永遠離開這個他曾經生活過十六年的地方。 鳳凰社的成員精心謀劃了秘密轉移哈利的計劃，以防哈利遭到伏地魔及其追隨者食死徒的襲擊。然而，可怕的意外還是發生了…… 與此同時，卷土重來的伏地魔已經染指霍格沃茨魔法學校，占領了魔法部，控制了半個魔法界，形勢急轉直下…… 哈利在羅恩、赫敏的陪伴下，不得不逃亡在外，隱形遁跡。為了完成校長鄧布利多的遺命，壹直在暗中尋機銷毀伏地魔魂器的哈利，意外地獲悉如果他們能夠擁有傳說中的三件死亡聖器，伏地魔將必死無疑。但是，伏地魔也早已開始了尋找死亡聖器的行動，並派出眾多食死徒，布下天羅地網追捕哈利…… 哈利與伏地魔在魔法學校的禁林中遭遇了，哈利倒在伏地魔搶先到手的壹件致命的聖器之下…… 然而，伏地魔未能如願以償，死亡聖器不可能戰勝純正的靈魂。哈利贏得了這場殊死較量的最終勝利……