1. 合理分區：實驗室應分為獨立的功能區，通常包括試劑儲存和準備區、樣本前處理區、樣本制備區、文庫制備區、雜交捕獲區/多重PCR區域（第壹擴增區）、文庫擴增區（第二擴增區）、測序區以及數據分析與存儲區等 。
2. 氣流控制：確保實驗室內各區域之間沒有空氣直接流通，防止交叉汙染，各區需設置合理的空氣流向和壓力差 。
3. 環境控制：實驗室應配備溫度、濕度控制設備，並根據設備要求設定適宜的環境參數，如Illumina測序平臺要求溫度約22℃，濕度30%-75%之間 。
4. 安全與生物安全櫃：樣本處理區域應使用生物安全櫃進行操作，以防止氣溶膠汙染 。
5. 實驗室家具與設備：應配備專用的實驗臺、冰箱、離心機、核酸提取設備、PCR儀、測序儀等，並確保設備的布局合理，方便使用 。
6. 清潔與消毒：實驗室應安裝紫外燈進行消毒，並定期進行清潔和消毒處理以保持環境的無菌狀態 。
7. 廢物處理：建立合理的廢物處理和存儲系統，確保生物危險廢物得到妥善處理 。
8. 數據安全：測序數據需要進行安全備份，並與互聯網物理隔離，確保數據的安全性和隱私性 。
9. 人員培訓與資質：操作人員需要經過專業培訓，並獲得相應的資質證明 。
10. 規範的實驗室管理：建立嚴格的實驗室標準操作程序(SOP)和質量管理體系，確保實驗操作的準確性和壹致性 。
在設計時，還需參考相關指南和規範，如《醫療機構臨床基因擴增檢驗實驗室工作導則》等，同時考慮實驗室的長期發展和可擴展性。