植物原生質體的分離方法主要有機械法和酶解法。
1、機械分離法：常用於分離藻類原生質體，采用滲透方法使細胞發生質壁分離，用刀把細胞壁切破，使原生質體流出。（手工操作難度大，得率低，費時費力）
2、酶解分離法：用酶（瓊脂酶，果膠酶，纖維素酶等）將細胞壁分解。（條件溫和，原生質體完整性好，活力高，得率高）因此原生質體制備多采用酶解法，此法操作過程分為：取材消毒，酶解制備，原生質體收集。
植物原生質體
植物原生質體（protoplast）是指除去了細胞壁後裸露的球形細胞團。由於沒有細胞壁這個細胞與外部環境之間的天然屏障，使得原生質體成為理想的實驗系統而被廣泛應用於基礎理論研究、遺傳轉化、無性系變異及突變體篩選、細胞器的分離及導入、種質資源保存等領域。然而，原生質體最令人矚目的應用是體細胞雜交。
植物原生質體融合的方法
1、鹽類融合法：此法是最早的誘導原生質體融合的方法，鹽類融合法的優點在於鹽類融合劑對原生質體的破壞力小，其缺點是異核體形成的頻率不高；
2、高Ca2+、高pH融合法：它的優點是能獲得較高的融合率，其缺點是對於有些原生質體系統來說，較高的pH可能會產生壹定的毒害作用；
3、聚乙二醇融合法(PEG法)：其優點是異核體的形成率很高，可重復性較強，對於大多數細胞類型來說毒性很低，形成雙核體的比例很高；
4、電融合法：電融合法是將壹定密度的原生質體懸浮至於壹個融合的小室中，小室兩端裝電極，其優點是融合的條件更加數據化，便於控制和相互比較。