在羊村，羊兒們正在準備慢羊羊當村長100周年的慶典。然而村長騎的蝸牛突然摔倒受傷，村長看到蝸牛的血沒有牛氣，認為是100年前的大瘟疫到來了。
村長回憶起100年前。當軟綿綿還是村長時，發生了壹場大瘟疫。慢羊羊和軟綿綿壹起去樹林探尋傳染根源。很快，他們找到了傳染源——壹只蝸牛。軟綿綿為了不讓慢羊羊冒險，於是把慢羊羊打暈，自己獨自用縮小藥水進入蝸牛體內解決瘟疫。當慢羊羊醒來時，蝸牛們都好了，但軟綿綿卻消失了。但慢羊羊堅信軟綿綿沒死。
眾羊把蝸牛帶到了實驗室。慢羊羊想自己進入蝸牛體內再次解決瘟疫，並叫眾羊不要插手。當慢羊羊準備打開縮小藥水時，卻因拉肚子拋下藥水進了廁所。為了不讓慢羊羊冒險，喜羊羊，沸羊羊，美羊羊和懶羊羊決定偷偷進入蝸牛體內解決瘟疫，暖羊羊則負責照顧村長和羊村。
喜羊羊壹行人進入蝸牛體內後，村長才進入實驗室，但什麽也做不了。灰太狼縮小後進入了實驗室，看見喜羊羊壹行進入了蝸牛體內，為了抓羊自己也進去了。
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灰太狼為了抓羊在蝸牛體內挖了許多陷阱。但掉下來的卻是彭恰恰。灰太狼不知道彭恰恰的厲害挑釁彭恰恰，結果被黑牛軍抓走。同時，喜羊羊壹行人也發現了掉進陷阱的咚咚鏘。救他上來後他壹溜煙不見了。但不久，又聽到咚咚鏘的求救聲。眾羊趕到後才知，咚咚鏘是白牛軍的逃兵，白牛軍抓到了他。白牛士兵由於沒見過羊，所以把眾羊拉去當了軍人。途中眾羊知道了咚咚鏘的來歷：他的爸媽分別是白黑牛軍，很早就死了，因為自己是混血兒，所以很受歧視。他還有壹個親生失散的哥哥。
灰太狼也被抓去了黑牛軍基地。黑牛軍國王認為他是白牛軍的奸細。灰太狼為自己辯解，並交給國王坦克圖紙，說這紙壹定能打敗白牛軍。於是國王叫軍工師連夜打造10000臺坦克。第二天淩晨，國王說坦克造好了。當灰太狼看見軍隊時，不禁驚呆了：因為所有的坦克都是迷妳的，只能戴在頭上！
國王叫灰太狼去率領大軍打仗，自己回家涼快去了。灰太狼想到了變大藥丸，於是把坦克們變成了正常大小。黑白兩軍交鋒，黑軍自然占優勢。喜羊羊想這樣下去不是辦法，想到了縮小藥水，於是又把坦克變小了......白軍戰勝了，羊兒們上升為上校。
第二天，灰太狼用飛機進攻。喜羊羊打電話叫暖羊羊打個噴嚏，於是裏頭刮起大風，把灰太狼軍擊潰。白軍節節勝利，打到了黑軍的老巢，黑軍逃跑（好像是的）。灰太狼見情況不妙，騙白牛大王自己是白牛軍的，並騙到了總司令的位置。這時，傳來山賊黃牛軍打來的消息。喜羊羊斷定他們才是蝸牛病倒的罪魁禍首。灰太狼見勢，誣陷小羊們是黃牛軍的，但沒成功。
白牛國王命令灰太狼打黃牛軍。於是灰太狼軍開著坦克與黃牛軍對戰。灰太狼本以為能輕松勝利，結果卻是完敗，灰太狼被俘虜。
灰太狼到了黃軍老巢，沒想到黃軍的首領竟是彭恰恰。壹個烏賊報告說挑撥黑白兩軍的任務已完成，正想回家，卻被彭恰恰吃掉了：“沒有用處的人就該被吃掉。”灰太狼趕緊說自己有用處，然後把飛機坦克圖紙拿給彭恰恰看，卻被認為是山寨。情急之下，灰太狼說自己能做細菌控制儀。彭恰恰同意了。
細菌控制儀做好後，黃牛軍控制了黑白兩軍，但國王仍在潛逃。
這時（不曉得是什麽時候，反正是插播的），鏡頭切換到羊村實驗室。紅太狼抱著小灰灰到了實驗室。她擔心灰太狼有危險。由於之前和喜羊羊通過話，村長了解了情況，便如實對紅太狼說了。紅太狼擔心灰太狼，提出要和慢羊羊去裏面，小灰灰留在外面。但小灰灰亂玩藥水，硬是把三人都弄進去了。只留暖羊羊守護羊村。
喜羊羊壹行為了弄清楚是怎麽壹回事，便用風箏潛入黃軍老巢。但由於懶羊羊把零食掉了下去驚動了黃牛軍，喜羊羊壹行迫降。但黃牛軍壹看到咚咚鏘就直呼大王——原來咚咚鏘和彭恰恰長得很像，94黑眼圈壹左壹右。
咚咚鏘壹行直奔黃軍老巢，結果不巧碰上了彭恰恰。彭恰恰用身份證證明自己是首領。得知真相的黃軍開始追捕咚咚鏘壹行。然後他們逃到了軍工處，碰上了灰太狼，得知機器是他設計的。因為什麽原因（忘了）灰太狼用控制儀把彭恰恰控制了。但此時，紅太狼，小灰灰和慢羊羊從天而降，砸中了灰太狼。小灰灰偷偷跑去拔下了彭恰恰身上的控制儀，彭恰恰能動了。彭恰恰因為灰太狼背叛他，所以吃掉了灰太狼，把剩下的人統統關入大牢。
在牢門前，咚咚鏘說了壹句：“咚咚咚，媽媽救我！”使彭恰恰認出了咚咚鏘是自己的弟弟，拉著咚咚鏘去敘舊。
牢中，紅太狼因為灰太狼被吃而傷心不已。壹番說明後，喜羊羊他們知道了村長壹行來的目的。而接下來，大家竟然看到了軟綿綿出現了！
原來，軟綿綿進入蝸牛體內後，發現黃牛軍本性很善良，於是和他們生活，改造了他們，治好了病。後來，他發現並收養了彭恰恰。彭恰恰本性也很善良，但被仇恨蒙蔽了雙眼。長大後，彭恰恰想征服蝸牛界。由於軟綿綿的不停勸阻使彭恰恰感到厭煩，所以他索性把軟綿綿關起來了。
這時，咚咚鏘灌醉彭恰恰並裝成彭恰恰趕來救大家。感激之余，大家決定先毀掉控制中心。
路上大家撞上了彭恰恰。原來，咚咚鏘把水當成了酒，沒有灌醉彭恰恰。咚咚鏘於是趕緊拖住彭恰恰，為大家爭取時間破壞控制臺。眾人趕到了控制臺前。正當喜羊羊準備砸控制中心時，彭恰恰趕到阻止了他。然後彭恰恰控制了紅太狼，懶羊羊，沸羊羊，軟綿綿，美羊羊和小灰灰。形勢十分危急。這時，喜羊羊想到了村長肯定帶了爆破藥水。可村長帶成了加速藥水。這時喜羊羊想到加速藥水有拉肚子的副作用，於是犧牲自己，連自己和藥水跳進了彭恰恰的肚子。彭恰恰拉肚子，眾人恢復正常。
為了不辜負喜羊羊的犧牲，大家齊心協力砸控制臺。此時彭恰恰把喜羊羊和灰太狼拉出來了。當三人趕回去時，眾人高興於喜灰的回歸。沸羊羊此時碰到了自爆裝置，bong的壹聲，實驗室裏全是液體。紅太狼，沸羊羊，美羊羊，軟綿綿，懶羊羊和慢羊羊順利逃脫，可之後門就被彭恰恰關上了。彭恰恰想讓剩下來的人壹起死。
當液體漫到快到頂部時，喜羊羊把天花板上的窗口打開了。其他人聽到了聲音過來救人。此時小灰灰不見了。喜羊羊救上了小灰灰，灰太狼和小灰灰被救上了。然後咚咚鏘準備和彭恰恰壹起上去，但彭恰恰不肯。情急之下，咚咚鏘硬是把彭恰恰拽上來了。
接下來只剩喜羊羊了，但是此時洞口被封。為了大家能順利逃脫，喜羊羊決定犧牲自己，不要大家徒勞救他了。大家含淚逃出。
出去之後，軟綿綿讓黑白兩國和好，並說服了彭恰恰。然後大家走了。
——————————————————尾聲———————————————————————————
次日，灰太狼和紅太狼送來禮物，卻得知慶典因為喜羊羊的死而不辦了。但大家還是打開了禮物。但那是灰太狼的陷阱。隨著壹聲爆炸，羊兒們昏過去了。半路，喜羊羊竟然出現並解救了大家！原來，喜羊羊被蝸牛排出來了（可憐的喜羊羊，這是第二次了......）。羊兒們欣喜若狂。然後，他們把灰太狼3人送入了太空......
（完）