神奇寶貝特別篇被分為稱為章節的數個部分。所謂章節，即是每壹章節都有互不隸屬的故事，且會有新的主角出現，但和以前的章節還是會有壹定的相關性，每個角色、基本設定、感情、時間等，在不同的章節中基本上都是相同的。各章又分為數冊和數話。目前，神奇寶貝特別篇擁有12個章節，其中9個章節已經完全出版，1個章節部分出版。截至2014年3月，漫畫***出版了50冊。 —————下文記有作品情節、結局或其他相關內容，可能降低欣賞原作時的興致。————— 第壹章紅·綠·藍篇主角小智、小茂、小藍回數1－40收錄的單行本1－3第壹部分故事講述了主人公小智從大木博士處得到了自己的神奇寶貝圖鑒，並踏上了收集神奇寶貝、挑戰道館訓練家的旅途。其後，小智遇到了自己的勁敵，也是大木博士的孫子小茂。在小智的旅途中，他邂逅了畫家小藍，後者賣給了小智假的神奇寶貝道具。小藍自大木博士的研究所偷了壹只傑尼龜，並將後者進化成為了卡咪龜。
大木博士後被火箭隊綁架以創造超夢。小智、小茂、小藍三人來到了金黃市與火箭隊展開決戰。他們成功擊敗了火箭隊並救出了大木博士。小智隨後前往石英高原與勁敵小茂對戰，已經獲得七枚徽章的小智在途中遇到了失蹤已久的傳奇式人物——常磐道館訓練家兼火箭隊首領——阪木，並擊敗了後者的邪惡生物兵器——超夢。其後，小智與小茂就神奇寶貝聯盟冠軍之位展開爭奪，小智獲得了勝利，因而收獲了神奇寶貝聯盟冠軍頭銜。 第二章黃篇主角小黃、小智、小茂、小藍回數41－90收錄的單行本4－7黃篇在小智收獲冠軍頭銜的兩年後開始。小智在接受壹位名為希巴的人的挑戰後消失了壹個月。壹天，大木博士發現了小智的皮卡丘皮卡受傷倒在自家門前。在皮卡現身後不久，壹名年輕的訓練家來到了大木博士的研究所。這名訓練家小黃聲稱自己是小智的朋友，並想帶著皮卡壹起去尋找小智。盡管大木對其治愈神奇寶貝和感受神奇寶貝情緒的能力持懷疑態度，但大木最終把尋找小智的任務和小智升級過的神奇寶貝圖鑒托付給了小黃。
然而，這只是壹個大陰謀的序幕。小黃不斷被四天王襲擊。小黃發現四天王的大本營位於深紅島，隨即趕往那裏，並與小茂、小藍、夏伯和火箭隊的指揮官馬誌士、娜姿和阿桔相遇。他們決定齊心協力擊敗四天王。他們發現，以渡為首的四天王的計劃，是建立神奇寶貝的理想國並毀滅除了關都四天王以外的所有人類。他們認為人類和神奇寶貝是不相容的。小智之後出現，幫助馬誌士和曾根崎正輝擊敗了希巴。事後發現，是阪木將小智從冰棺中救了出來。訓練家們將他們的力量賦予了小黃，憑借他們聯合的實力擊敗了渡。 第三章金·銀·水晶篇主角阿金、阿銀、克麗絲
小智、小茂、小藍、小洛 回數91－180收錄的單行本8－15關都地區恢復平靜。嶄新的旅程則在城都地區開始。阿金同自己的神奇寶貝和家人正過著平靜的日子，直到阿金在空木博士的研究所裏碰見了壹個神奇寶貝小偷阿銀。借助自大木博士處得到的神奇寶貝圖鑒和在空木博士處得到的火球鼠，阿金發現了面具男的陰謀。與此同時大木博士派出了正在收集神奇寶貝圖鑒的“捕獲專家”克麗絲塔兒。後者涉足米那君的捕獲水君的計劃，並正要自己行動。隨後，克麗絲塔兒被卷入了面具男捕捉洛奇亞和鳳王的計劃，而更驚人的是面具男是城都地區的道館訓練家之壹。神奇寶貝聯盟組織了城都和關都地區的導管訓練家對抗賽，而面具男出面幹預。小智、小茂、小藍和小黃也先後來到城都地區。之後，阿金、阿銀、克麗絲塔兒、小智、小茂、小藍和小黃擊敗了面具男和其隨從。 第四章紅寶石·藍寶石篇主角路比、莎菲雅回數181－267收錄的單行本15－22
城都地區和關都地區剛剛恢復平靜。豐緣地區，故事圍繞著路比和莎菲雅的80天競爭展開。80天內，路比要贏得豐緣地區所有神奇寶貝華麗大賽，而莎菲雅要戰勝豐緣地區所有的神奇寶貝道館。他們遭遇了豐緣地區的兩個邪惡組織——崇尚陸地的火巖隊和崇尚海洋的水艦隊。水艦隊自得文制造股份有限公司的董事長茲伏奇社長處偷來了核心部件，而火巖隊則偷到了潛艇探索者壹號。火巖隊和水艦隊決定結盟前往海底洞窟，喚醒了固拉多和蓋歐卡，兩者開始破壞豐緣地區。與此同時，千裏和小光喚醒了烈空坐，而路比和莎菲雅阻止了兩邪惡組織的頭目水梧桐和赤焰松。最終，道館訓練家們、路比和莎菲雅借助紅、藍寶珠和烈空坐的力量平息了固拉多和蓋歐卡的憤怒，壹切重歸平靜。 第五章火紅·葉綠篇主角小智、小茂
小藍、小黃、阿銀 回數268－302收錄的單行本22－26故事主角又變為小智、小茂和小藍三人。小智和小茂回到了真新鎮，但被代歐奇希斯化成的陰影襲擊。小藍在與父母重逢前，其父母突然被黑洞吞噬，小藍因此昏厥。小智、小茂隨後和小藍壹起來到了七島，其間，他們向極梅老人學習了強力技能。此時的七島，火箭隊三獸士正在大肆破壞，而阪木則捉到了代歐奇希斯。與此同時，阿銀和小黃、小智壹行人再度相遇，阿銀表示他正在調查自己的身世。緊接著，小智同超夢壹道，在火箭隊的飛行船上挑戰了阪木的代歐奇希斯的組合。阪木再次輸掉對戰，但飛行船失去控制。小智、小茂、小藍、小黃和阿銀壹起避免了飛行船的墜毀。火箭隊三獸士之壹的薩奇再次試圖捕獲剛剛啟程尋找隕石的代歐奇希斯，在前者拿出神奇寶貝並朝向代歐奇希斯放出奇異的光束時，小智壹行和超夢挺身而出擋下了光束，但壹行人（除超夢外）被奇異的光線包裹而石化，薩奇隨即離開。 第六章綠寶石篇主角米拉特、路比、莎菲雅
阿金、克麗絲、小智
小茂、小藍、小黃、阿銀 回數303－337收錄的單行本26－29七之島騷動約三個月後，對戰開拓區開發完成，正籌備著開幕式。突然有名少年被拉帝亞斯及拉帝歐斯帶到這裏來。名叫米拉特的他，沒有攜帶任何神奇寶貝卻熱衷於神奇寶貝對戰。米拉特隨後被克麗絲塔兒和大木博士雇傭，並被指派在7天內、搶在大反派盔甲男之前捕捉基拉祈。以此同時，米拉特也嘗試著圓自己制霸七個對戰開拓區場館的夢想。在這期間，米拉特與豐緣地方其他兩位圖鑒持有者路比和莎菲雅相識。
三位神奇寶貝圖鑒持有者們在對戰開拓區進行著挑戰，但這壹過程被盔甲男打斷，後者控制了對戰大君莉拉。在緊接著同米拉特的戰鬥中，盔甲男將莉拉從其控制中釋放出來，並稱自己是水艦隊的首領水梧桐。盔甲男還稱自己捕捉到了基拉祈，隨後利用基拉祈召喚出了壹個巨型的、由水組成的蓋歐卡，後者企圖淹沒對戰開拓區。盔甲男的言行暗示，很長壹段時間以來，他不能與身上的盔甲分離。
三位神奇寶貝圖鑒持有者們在剛剛趕到的阿金和阿銀的幫助下逃脫了逐漸上升的水面。阿金解釋說，五位被石化的圖鑒持有者們——小智、小茂、小藍、小黃和阿銀——已經被船運到了對戰開拓區。阿金寄希望於向基拉祈許願來使其脫離石化。在克麗絲塔兒向路比和莎菲雅傳授能夠阻止蓋歐卡的強大技能的時候，水梧桐拋棄了基拉祈，後者隨後來到了米拉特身邊。
阿金讓米拉特向基拉祈許壹個解除眾人石化的願望。基拉祈在了解到米拉特的最真實的願望——同神奇寶貝們以及喜歡神奇寶貝們的人們成為朋友——後，實現了米拉特許下的願望，五名圖鑒持有者們被從石化狀態解救出來。小智和阿金隨即破壞了水梧桐的盔甲，重創了水梧桐。十名圖鑒持有者們團聚，他們集合了自身最強的攻擊，擊敗了蓋歐卡。因離開自己的盔甲太久，水梧桐隨後消失。 第七章鉆石·珍珠篇主角戴亞、帕爾、普蘭汀娜回數338－416收錄的單行本30－38故事的主人公是大小姐普蘭汀娜·貝爾裏慈。普蘭汀娜為了自己即將到來的成人禮，要到達殿元山頂，采集用來制作自己家族紋章的材料。盡管由於出身富裕的學者大家族，普蘭汀娜知識淵博，但其父堅持讓兩名專業保鏢隨行。後來，普蘭汀娜誤認為戴亞蒙德和帕爾是被聘請的她的保鏢，而戴亞蒙德和帕爾誤認為普蘭汀娜是他們之前贏得的神奧全地區旅行的導遊。
在他們遊歷神奧的過程中，普蘭汀娜在與道館訓練家瓢太對戰以增強自己的圓企鵝的信心後，變得專註於道館戰。普蘭汀娜成功地在25天內收獲了六枚道館徽章，布萊恩評價說這已經打破了莎菲雅80天收獲8枚道館徽章的記錄。在緊張的備戰道館賽的過程中，山梨博士贈予的普蘭汀娜的圓企鵝最終進化成為帝王拿波，另壹只神奇寶貝小火馬也進化成了烈焰馬。
在帷幕市與銀河隊相遇後，普蘭汀娜變成了銀河隊的肉票目標，後者企圖通過贖金來研發銀河炸彈進而摧毀神奧的三大湖。普蘭汀娜是各方關註的焦點，這使得自己的兩名真正的保鏢墜入破格的世界，也使得戴亞蒙德和帕爾在不知情的情況下繼續扮演普蘭汀娜的保鏢。種種跡象在三人來到神和鎮並遇見正在考察遺跡的赤日時被進壹步坐實。
在與道館訓練家梅麗莎對戰並獲得道館徽章後，三人得知普蘭汀娜的父親和山梨博士在水脈市的學術會議上被綁架，隨即搭上了梅麗莎的附和氣球趕往水脈市。在普蘭汀娜的父親和山梨博士獲救後，普蘭汀娜得知戴亞蒙德和帕爾並非自己的保鏢，這壹事實使得三人發生分歧。後普蘭汀娜通過揭示自己的真實姓名來表示自己接受二人作為朋友，三人和好。三人決定繼續在神奧地區的旅行，以阻止銀河隊的邪惡計劃，並分頭行動救出三只湖中的傳說神奇寶貝（由克希、艾姆利多、亞克諾姆）。其後，銀河炸彈在立誌湖爆破，三只湖中的傳說神奇寶貝最終落入銀河隊之手，而赤日借機制作出了兩條紅鎖鏈來召喚出帝牙盧卡和帕路奇犽以創造出新世界。普蘭汀娜、戴亞蒙德和帕爾再次會和，擊敗了銀河隊並平息了帝牙盧卡和帕路奇犽的憤怒。最後，騎拉帝納出現，將赤日、帝牙盧卡和帕路奇犽拖入了槍柱上空的破格的世界的入口。 第八章白金篇主角普蘭汀娜、戴亞、帕爾回數417－441收錄的單行本38－40本章繼續大小姐普蘭汀娜·貝爾裏慈的故事，與戴亞蒙德和帕爾分開後，普蘭汀娜來到了對戰開拓區並遇見了身為國際刑警組織壹員、正在搜尋銀河隊的情報的探員“帥哥”，後者同時開始幫助普蘭汀娜調查兩名保鏢所在的破格的世界的有關信息。為達此目的，普蘭汀娜挑戰開拓之腦們，以期獲得更多有關破格的世界的信息。其間，普蘭汀還結識了帕爾的父親，對戰大君桄榔。銀河隊余黨冥王，則開始了其捕捉神奧地區傳說中的神奇寶貝的計劃，首先便捕獲了席多藍恩。
與此同時，戴亞蒙德和帕爾則跟隨足跡博士和神奧神奇寶貝聯盟主席踏上旅程，並在旅途中碰到了洛托姆，後者加入了他們的旅行隊伍。隨後，騎拉帝納在百代市出現，並通過技能影子潛水使正在救助帕爾的戴亞蒙德消失，戴亞蒙德之後發現自己來到了破格的世界並遇見了赤日。身處對戰開拓區的普蘭汀娜同對戰大君桄榔、亞玄、小麥和芽米壹起進入了破格的世界，隨後壹行人團聚。冥王的陰謀仍在繼續，騎拉帝納在濱海市出現隨後被打敗，但冥王最終被帥哥逮捕。赤日在事後悔悟，解散了銀河隊。 第九章心金·魂銀篇主角阿金、阿銀、克麗絲回數442－460收錄的單行本41－43*本章為本系列首次采用逆流時間軸，時間設定在第七章（鉆石·珍珠篇）數年前。阿金在綠寶石篇結束後重返城都地區，後又帶著大木博士所交待的秘密任務跟隨小茜來到神奇寶貝全能競技賽賽場，在參加神奇寶貝全能競技賽時遇上新的城都四天王。獲勝後，阿金說明了自己的目的：與前任關東四天王之壹的渡接頭，了解火箭隊與阿爾宙斯信息。其後，阿金遭遇了渡失控的快龍。在打倒快龍之後，阿金前往圓朱市，後又追隨突然出現的阿爾宙斯來到了神都遺跡。
另壹方面，阿銀獲得了阿爾宙斯和阿爾宙斯的令牌的有關信息，並在野生原野區與克麗絲塔兒再次見面，其後又發現了石板的用途。克麗絲塔兒則追蹤著阿爾宙斯，與阿金、阿銀重新在神都遺跡會面。神都遺跡的三幻舞臺上，火箭隊成員阿波羅迫使阿爾宙斯再次創造時空神話的神奇寶貝（即帝牙盧卡、帕路奇犽和騎拉帝納）。這時，阪木、渡和柳伯出現，火箭隊的計劃被幾人合力終止。在神奧地區，冠軍希羅娜目睹了帕魯迪亞和迪亞魯加飛往神奧的身影後，又與帕爾的父親——身為開闊之腦的桄榔——相遇。同在神奧，彩子發現自己的兒子已出發參加滑稽競賽。 第十章黑·白篇主角布萊克（ブラック）
懷特（ホワイト） 回數461－524收錄的單行本43－51以稱霸合眾聯盟為目標的布萊克，帶著波卡（暖暖豬）等神奇寶貝踏上旅程，途中遇上“BW事務所”社長懷特，後者為了完成暖暖豬的電影制作，所以借布萊克的雄性暖暖豬進行拍攝工作，拍攝時突然遇到神奇寶貝的襲擊。為了查明真相，布萊克借助食夢夢的技能食夢，並進行推理，找出了襲擊的對象—電蜘蛛，並將其擊敗。但布萊克卻被懷特告知要賠償她50倍的修理費，不得已成為“BW事務所”攝影公司的社員，跟隨懷特四處旅行拍攝兼挑戰道館。布萊克最終獲得冠軍，並獲得雷希拉姆認可，擊敗了N和捷克羅姆，打敗了身為電漿團的七賢人之壹、電漿團的真正首領的魁奇思。 第十壹章黑2·白2篇主角拉克茲（ラクツ）
懷茲（ファイツ）
布萊克、懷特 回數525－收錄的單行本52－
合眾聯盟事件結束兩年後，等離子隊再次卷土重來，少年國際刑警拉克茲為了調查與兩年前事件相關的等離子隊成員，而潛入檜扇市的口袋妖怪訓練家學園臥底。與此同時，神秘的少女轉學生懷茲也轉到了這間學校，她的真實身份並是拉克茲要找的前等離子隊成員。 第十二章X·Y篇主角艾克斯（エックス）、娃依（ワイ） 回數－收錄的單行本－X·Y篇的主角是壹名曾在兒時贏得壹場重要錦標賽的失落男孩艾克斯，和夢想成為天空訓練家的女孩娃依。