微處理器（包括DSP）與FPGA的主要區別是，微處理器采用“讀取指令代碼->譯碼->執行指令規定的動作”這種順序方式逐條地執行指令（也可以叫程序）。而FPGA內部不必采用上述“取指->譯碼->執行”的順序，FPGA內部都是硬件邏輯，各個部件都是同時運轉的，是並行工作的。
本世紀以來，FPGA內部也可以包含微處理器，既可以在其內部設計軟核處理器（例如NIOS II），也可以在其內部放置硬核處理器。但放置在FPGA內部的硬核處理器，從本質上講並不是FPGA，只不過是將微處理器與FPGA集成在壹起罷了。