影片是從1937年的12月，南京城破開始。盡管有大批的國民黨士兵潰逃出城，但與此同時，也仍然有大量不願意投降的士兵留了下來，在這座城市的街頭巷尾展開了無望而慘烈的抵抗。其中就有國民黨精銳部隊壹員的陸劍雄(劉燁)。
在抵抗最終失敗之後，在數十萬中國人的鮮血終於染紅長江之後，南京全城淪為壹片死地。唯壹尚有生機存留的，就是位於金陵女子學院的“安全區”。在這裏，大量的難民因為拉貝的“納粹”身份而暫時獲得了喘息的機會。而實際主持安全區難民工作的，則是拉貝的秘書唐先生(範偉)和歸國女教師姜淑雲(高圓圓)。
但是，在日軍的眼中，所謂“安全區”，只不過是壹個囤積了大量女性資源的“倉庫”。而拉貝的德國人身份，在強勢的日本軍隊面前，也只不過是壹塊隨時可以扯去的遮羞布。而中國的女人們，則用她們的身軀不僅僅拯救著隱藏在難民營的男人，也在拉貝面前書寫了壹段中國人堅強的歷史。
日本軍人的形象塑造，是這部電影的壹大突破。作為占領者的他們，當然可以享受某種意義上的正常生活。但是，在南京這座戰爭因素被極端放大的城市中，即使是占領者，即使面對的只是別人的屈辱和死亡，也仍然難以逃避自身的靈魂震蕩甚至拷問。
角川(中泉英雄)是日本十六師團的壹名普通士兵。被隊友稱為“讀過書的人”的他，敏感、涉世未深，甚至在參戰之前都還沒有交過女朋友。而他的同鄉隊長伊田(木幡龍)，則已經是壹名老兵，壹名職業軍人。在南京城作為占領者的“生活”中，體驗過種種為了維持這種“生活”而付出的人性的代價。角川最終做出了他的選擇：他把兩名中國幸存者送出了南京城，然後舉槍自殺。
這部電影完全突破了以往種種關於南京慘案的歷史著作和文藝作品中的那種對中國人存在的刻意抹殺，對“無能的中國人”的錯誤描述；為世界觀眾了解這段歷史，提供了壹種嶄新的視角，也是在南京災難中，中國人的民族形象的全新書寫。在新的高度上為中國歷史上這壹段慘痛的往事提供了壹種全新的歷史思考。