首先故事的主線是壹項政治陰謀，俄國現任總統（簡稱A）的政策令他的敵對派系不爽，於是他的壹個政敵（簡稱B）就自導自演了壹出劇，首先B用皮膚移植手術把自己整容成A，隨後匿名雇傭了“組織”的殺手（47號）在A的演講會上槍殺了他，所以壹開始槍殺的那個是真的。
隨後，整容後的B再次出現在人們面前（取代A成為總統），並讓“組織”騙47說A沒死，並且47刺殺過程中被目擊者（女主角）看到了，要47再去殺女主（實際上是因為，女主是A的女友，B為了安全起見要鏟除她），同時為了確保萬無壹失，B還雇傭了“組織”的其他殺手壹並鏟除女主和47。
但47在殺女主的過程中對任務產生了懷疑，在與女主接觸時進壹步觸動了內心的道德情感，所以違背了任務沒有殺死女主，而是想追查出真相。
追殺47的有：東歐的警察，俄國的警察（B的手下）和“組織”的殺手。
47和中情局的人做了個交易：47幫其殺死毒販（A的弟弟），中情局則幫47脫身。
47本身是壹個犯罪組織制造的克隆人，受雇於壹個叫“組織”的殺手機構。該組織內有大量克隆人。
擴展資料:
《殺手：代號47》是由美國20世紀福斯電影公司發行的動作犯罪片，由澤維爾·楊思執導，蒂莫西·奧利芬特、多格雷·斯科特、歐嘉·柯瑞蘭寇領銜主演。影片於2007年11月21日在美國上映。
該片根據遊戲改編，講述了雇傭殺手代號47，因為壹場政治陰謀而成了替罪羊。他逃去東歐，卻依然甩不掉國際刑警和俄羅斯軍方這兩方面的***同追捕的故事。
劇情簡介
代號47是壹個神秘且復雜的男人，內心深處壹直互相糾纏，在矛盾和否定而痛苦地掙紮著，雖然他是這個世界上最大的犯罪組織利用基因工程克隆出來的，卻是由博愛的教會撫養長大的，所以對於他來說，也許存在的本身就是壹種違背了生態平衡的錯誤。
即使他很有才華、魅力超凡且非常迷人，但是他真正能夠擁有的東西卻是少之又少，連名字都成了壹種奢望，而惟壹能夠確認他的身份的，似乎就只有後腦勺代表數字的兩個條形碼文身了。
殺人是代號47壹直從事的的工作，他從未覺得奪走別人的生命有什麽不妥，工作的時候也從不流露個人情感，堅定到令人發抖的決斷力，讓他以壹種俯視的高傲態度看待著身邊走馬觀花般變化的壹切，他的生活就好像是壹個不斷重復的方程式，日復壹日。
然而，就算是智者也沒辦法掌握無常的命運，計劃好的生命也有可能出現偶然的概率，代號47發現自己深埋已久的道德心突然開始活躍起來，壹種從沒體會過的陌生的情感波瀾也浮上心頭，而這壹切變化，都發生在他遇見壹個神秘的俄國女人後。
參考資料:殺手:代號47-百度百科