1、含義不同
兩者都是是投資者交易成本的重要組成部分，也是交易所的主要收入來源之壹。證券經手費是指在證券交易所的場內交易之後，按照實際成交額計算的壹定比例向證券交易所繳納的交易費用。證券經手費壹般是由證券公司直接向客戶收取。
印花稅是指在某些特定的交易或行為中，按照法定比率征收的壹種稅費，主要用於保證合同和文件的合法性和有效性，以及維護國家的財政收入，股票印花稅主要是由國家征收，由券商代扣之後再統壹上交。
2、征收部門不同
證券經手費主要是由證券公司收取的，並且是直接向證券公司收取的，證券公司壹般與投資者是有合同關系的，並且由證監會進行監管。
印花稅主要是由國家征收的，征收主體是國家的財政部門，由國家稅務機關負責征收，具體壹般是由地方稅務機關根據國家相關規定執行收取。
3、計算方式不同
證券經手費根據其組成部分的不同、交易金額以及證券公司的政策進行計算。印花稅的計算是根據投資者的成交金額和固定的收取比例收取的。兩者的收取都需要遵守相關法律和證監會的規定。
4、收取目的不同
證券經手費的收取目的是降低投資者交易過程中的交易成本，並且提高證券公司的盈利性。印花稅征收的主要目的是支持國家的建設和發展。
5、收取比例不同
證券經手費：自2023年8月28日起，將A股、B股股票交易經手費從按成交金額的0.00487%雙向收取下調為按成交金額的0.00341%雙向收取，降幅達30%。
股票印花稅：印花稅的收取是固定的，不可以協商收取。其壹般按照成交金額的千分之壹收取，全國統壹標準，並且是單向收取，也就是只在賣出股票時繳納，買進股票不收。