二者改善皮膚的方面不同。果酸可改善膚質，水楊酸可改善黑頭暗瘡。
果酸於上個世紀的七十年代就被發現是具有美容功效的護膚成分，能夠降低角質層細胞的凝結作用，改善過厚的角質層並有效去除皮膚老化細胞，重組細胞排列，促進皮膚基底層、生發層、顆粒層的新陳代謝，進而改善皮膚粗糙、暗沈、粉刺、皺紋不平整、青春痘、痘疤及斑點等，更可促進真皮細胞生化合成。
水楊酸BHA存在於自然界中，水楊酸與果酸的功能壹樣，利用溶解角質層來影響皮膚的表面，以促進皮膚的新陳代謝，作用在於皮膚的表皮層。
二者區別則是：
果酸，AHA是從水果、酸乳酪中提取，故又稱“果酸”。其相對分子量從小到大依次為甘醇酸、乳酸、蘋果酸、酒石酸、枸櫞酸。甘醇酸分子量最小，皮膚滲透性最強，更適合做化學剝脫的制劑，對皮膚損傷小，又具有改善膚色和嫩膚的作用。
水楊酸，BHA水楊酸是壹種白色的結晶粉狀物，存在於自然界的柳樹皮、白珠樹葉及甜樺樹中。水楊酸使用很廣，濕疹、癬、痤瘡、銀屑病、去頭皮屑都可能用到水楊酸，濃度在3-6%用來去角質，高於6％則對組織有破壞性。40％濃度以下則適於治療雞眼、跖疣等。水楊酸也可以添加在治療痤瘡及去頭皮屑的藥物中。
擴展資料：
水楊酸和果酸不能壹起用，建議最好分開使用。因為水楊酸的對油性皮膚有效，果酸也是有點點弱酸性，同時使用會加重皮膚負擔的。
建議早上果酸晚上水楊酸，因為水楊酸是脂溶性的，夜晚幫助清理皮膚內部油脂，果酸是水溶性的，早晨使用更有利於保濕。
果酸與水楊酸不建議搭配煙酰胺，原因在於有少部分人搭配後會因此肌膚泛紅，刺痛等類似煙酰胺不耐受的癥狀，其原因在於可能是煙酰胺在低PH環境下可能轉化出微量的煙酸，如果使用者對於煙酸敏感就會出現這種情況。
參考資料：