基因組數據庫是分子生物信息數據庫的重要組成部分。基因組數據庫內容豐富、名目繁多、格式不壹，分布在世界各地的信息中心、測序中心、以及和醫學、生物學、農業等有關的研究機構和大學。基因組數據庫的主體是模式生物基因組數據庫，其中最主要的是由世界各國的人類基因組研究中心、測序中心構建的各種人類基因組數據庫。小鼠、河豚魚、擬南芥、水稻、線蟲、果蠅、酵母、大腸桿菌等各種模式生物基因組數據庫或基因組信息資源都可以在網上找到。隨著資源基因組計劃的普遍實施，幾十種動物、植物基因組數據庫也紛紛上網，如英國Roslin研究所的ArkDB包括了豬、牛、綿羊、山羊、馬等家畜以及鹿、狗、雞等基因組數據庫，美國、英國、日本等國的基因組中心的斑馬魚、羅非魚(Tilapia)、青鳉魚(Medaka)、鮭魚(Salmon)等魚類基因組數據庫。英國谷物網絡組織(CropNet)建有玉米、大麥、高粱、菜豆農作物以及苜蓿(Alfalfa)、牧草(Forage)、玫瑰等基因組數據庫。除了模式生物基因組數據庫外，基因組信息資源還包括染色體、基因突變、遺傳疾病、分類學、比較基因組、基因調控和表達、放射雜交、基因圖譜等各種數據庫。