隨著醫學科學的發展，對腔腸動物等海洋生物的藥用研究日漸深入，國內外報道已從本門動物體中提得了許多具很強生理活性的成分。如羽螅Plumucaria setacea的提取物對神經系統有明顯的鎮靜作用；從僧帽水母Physalia Physalis、海月水母Aurelia aurita的刺絲囊分離的毒素對神經、肌肉、心血管都有較強的生理活性；從縱條磯海葵Haliplanel1aluciae的體內提出了具神經毒和抗凝血成分，抗凝血作用是肝素的14倍。國外也報道從群體海葵Pa1yt0xin t0xica等中提得的“po1ytion”是壹種海生內毒素，系非多肽型的多聚羥類物質，有抗癌活性。又如我國從柳珊瑚Plexaura h0momalla中提出了前列腺素A2，具類似氯丙嗪的安定作用和阻斷多巴胺的作用；從黃海葵Anthopleara xanthogrammia的體中提出的海葵毒素的強心作用為目前醫用強心甙的500倍。
在近萬種腔腸動物中，現作藥用的僅20余種，占本門動物總數的0．2％左右，因此腔腸動物在藥用方面的開發利用有著十分廣闊的前景。現將其藥用種類舉例如下：
1.海蜇 Rhopilema esculenta Kishinouye
又名水母、海ZHA、白皮子。廣布於我國沿海，以浙江、福建分布最多。
(1)形態
傘呈半球形，直徑壹般為25～45cm以上。上傘部突出光滑，中膠層較厚，邊緣有8個缺刻，兩缺刻間有14～20個緣瓣。下傘較厚，邊緣有發達的環肌，向內凹陷，其中央有8個口腕。生活時淡藍色或青藍色，生殖腺黃色。喜棲於河口、海灣附近，營漂浮生活。
(2)藥用
以口腕部、傘部入藥。中藥海蜇為動物海蜇的口腕部。俗稱海蜇頭。載於《本草拾遺》。《本草綱目》載於鱗部無鱗魚類。性味鹹，平。能清熱化痰，消腫散結，養陰潤燥。主治痰熱喘咳，口燥咽幹，陰虛發熱、痞積疼痛等。臨床報道，用本品與荸薺配制的雪羹湯治療原發性高血壓200余例，療效滿意及進步的達82．6％，且長期服用，無不良反應。海蜇皮為動物海蜇的傘部。能清熱化痰，法風除濕。主治痞塊、頭風、膝部腫痛等。
與海蜇功效相似，同等藥用的還有同科屬的黃斑海蜇Rh0pilema hispidum（Vanhoeffen）。與上種主要不同的是上傘部表面有許多錐形或圓形的顆粒狀突起，突起黃褐色；傘緣邊垂少。主要分布在南方各省沿海，以廣東、廣西分布較多。
2.紅珊瑚 Corallium japonicum Kisshinouye
又名桃色珊瑚。分布於我國臺灣省及南部沿海。
(1)形態
群體樹枝狀，分枝擴展扁平如扇。分枝很細，表面生有許多水螅體。蟲體球狀，有羽狀觸手8條。觸手中央是口，能分泌石灰質骨骼。骨骼紅色瑩潤，中軸暗紅色。營水底固著主懷口。
(2)藥用
以幹燥的石灰質骨骼供藥用，稱珊瑚。珊瑚載於《唐本草》。《本草綱目》載金石部玉類。李時珍謂：“珊瑚生海底，五、七株成林，謂之珊瑚林。紅色者為上，……”本品性味甘、平，無毒，能去翳明目，安神鎮驚。主治目生翳障、驚癇、吐衄等。
3.粗糙盔形珊瑚Galaxea aspera Quelch
粗糙盔形珊瑚又名海白石或鵝管石。在我國分布於海南島、西沙群島、潿洲島等地。
(1)形態
珊瑚骨骼凸形，珊瑚杯多而密，略呈圓形、橢圓形或長方形。珊瑚體多呈長角狀，形如鵝管。表面乳白色，有突起的節狀橫環紋。杯壁上的珊瑚肋粗壯，自杯壁伸延到基部。多棲於潮下帶15m深的礁石平臺上。
(2)藥用
以幹燥的長角形的珊瑚體供藥用，稱鵝管石或珊瑚鵝管石。鵝管石載於《本草綱目》金石部石類石鐘乳項下。主要成分為磷酸鈣、碳酸鈣等。本品性味甘、平。能清熱解毒，化痰止咳。主治肺熱咳嗽，痢疾，瘰癧等。
此外，縱條磯海葵Haliplanella luciae（Varrill）、僧帽水母Physalia physalia、海月水母Aurelia aurita、柳珊瑚Plexaura h0m0alla、鱗狀海底柏Melitodes squanrata和赭色海底柏Melit0des 0chracea等也供藥用。