她在1989年8月20日與肯尼斯·布萊納結婚，當時她正在參與電影《戰爭的命運》的演出。他們後來也在幾部電影中***同演出，包括《戰神亨利五世》、《再續前世情》及《無事生非》等。1995年10月，兩人結束這段婚姻。
1995年10月，埃瑪·湯普森與演員葛瑞格·懷斯在蘇格蘭的都倫結婚 ，他們的女兒Gaia Romilly Thompson Wise 則於1999年出生，他們也在2003年非正式的收養壹個16歲的盧旺達難民。