在戰自的攻擊之下，葛城美裏不但要完成加持良治未完成的對“第二次浩劫”真相以及“人類補完計劃”的探查工作，還要保護真嗣與明日香以及防備Seele對初號機與二號機的物理接觸，她的忙碌直至被戰自的流彈擊中為止。出於對碇源堂的憎恨，赤木律子接受了Seele引爆MAGI的提案，但擁有赤木尚子思維方式的MAGI選擇了碇源堂而放棄了自己的女兒，拒絕了自爆的提議。
之後，律子被源堂射殺。根據《死海文書》所記載，十數年後壹定會引起第三次浩劫，Seele需要所有的EVA去完成《人類補完計劃》。他們壹方面告知戰自NERV企圖引發第三次浩劫，挑動戰自攻擊NERV，另壹方面指揮量產機與EVA作戰。Seele使用如此殘虐的手段，其目的是——改變人類物質存在方式的通過儀式。
長期與Seele***事的碇源堂、冬月幸增、碇唯，為了防止人類“最終的悲劇”，將人類引導入“新的世界”而醞釀了他們自己的“人類補完計劃”。碇唯於2004年作為“被試驗者”在試驗中消失，十年後，源堂與冬月希望通過麗與莉莉斯的融合去補完人類，但在那之前，源堂希望能與碇唯相聚。“人類補完計劃”實行——除真嗣與明日香之外，全人類失去了物質形態與絕對領域，融合成了壹個整體。
擴展資料
角色簡介：
1、角色名：碇源堂
配音：立木文彥
簡介： NERV的司令官，碇真嗣的父親，也是整個“人類補完計劃”和EVA研究計劃的負責人，卵化亞當的持有者。為了與他死去的妻子碇唯再會他制造出了綾波麗，在約定之時，他和綾波麗來到了NERV底層中央教條的紅色水池邊。但是已經感到自我靈魂存在的麗的抉擇卻不如碇源堂所想。
2、角色名：赤木律子
配音：山口由裏子
簡介： NERV技術開發部門首席人員，E計劃實際的負責人。出於對碇源堂的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，但擁有她母親赤木尚子思維方式的MAGI卻選擇了碇源堂而放棄了自己的女兒，拒絕了自爆的提議。之後，律子被源堂射殺。