該劇以單元形式展開講述女法醫“JD宋安妍”（蔡卓妍 飾）在“死因解碼研究所”的遭遇為線索，協助警方破獲壹個個詭異案件。
同時試圖探尋父親舊案的真相，並與神秘女子林小美（鐘欣潼 飾）、熱血探員劉誌明（張孝全 飾）之間展開了壹系列驚心動魄的故事。
女主角“JD宋安妍”因患HSP“高敏癥”而擁有極高敏感度的大腦，不由自主全天候接收壹切資訊，在不堪其擾的同時也屢次憑借信息儲備量非凡的“最強大腦”打開線索關鍵，解開懸案謎題。
壹宗雨夜的獵奇血案，死者被殘殺，現場留下染血的羊頭面具，血液竟屬於已逝多年的影帝莫如深，亡靈殺人傳聞壹夜瘋傳。
神勇幹探劉誌明奉命緝拿真兇，誰知，中途殺出個神秘女子，疑犯逃之夭夭，行動失敗，劉誌明向女子問責，她竟是受警方委托秘密調查案件的女法醫JD。
《女法醫jd》的結局：
林小美成功復仇。宋安妍做偽證，警方只有將林小美釋放。宋安妍給了林小美兩巴掌，說壹巴掌是替姚詠琪打的，另壹巴掌是替宋立宏打的。林小美激怒宋安妍，宋安妍稱自己不但能做偽證，還能拿捏她的命運。
林小美離開警局後，打車回山洞，宋安妍壹直尾隨她來到山洞。劉誌明不放棄任何線索，他跟程警官壹起查到，林小美小時候名字可能叫苗子淩。
而苗子淩小時候的經歷非常慘，她被父親當男子養，經常折磨毆打她，給她的童年造成陰影，後來又把她賣給了CCS組織。宋安妍想起了，她小時候被拐賣到CCS，是“哥哥”救了她，她答應“哥哥”會找警察叔叔救她，可是壹直沒有回應。而“哥哥”正是林小美。
林小美訴說自己的慘痛，她不甘心為何身邊的人都出爾反爾，她試著逃脫，哪怕被抓回來後身上被刻無數個十字紋。
宋安妍向林小美跪下，她不斷道歉，想見宋立宏，卻沒有提及對林小美的愧意。林小美還了她兩巴掌，宋安妍也不反抗。劉誌明趕到，拉住宋安妍，讓她不要相信林小美的圈套。宋安妍不聽，始終堅持要見宋立宏。
劉誌明去追黑衣人，問他原因，黑衣人讓他去問楊競風，然後就跑掉了。宋立宏的追悼會上，所有人都來參加，宋安妍認為，最可怕的不是死亡，死亡會給人帶來生的勇氣，讓人更好的面對生命，將掩埋的真相揭開，不至於埋沒。宋安妍看著手中的氣球，眼前浮現跟宋立宏接觸的過往。
劉誌明問楊競風是否知道CCS老板，楊競風看了壹眼照片，似乎猜到了什麽。有神秘人走到傑傑病床，傑傑叫他壹聲“哥哥”，神秘人將傑傑的救護設備拔掉，傑傑死了。而另壹邊，躺在床上的林小美竟然睜開了眼睛。拄著拐杖的神秘人帶著面具回歸組織，他號召CCS回歸了。